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- PDB-5x55: Crystal structure of mimivirus uracil-DNA glycosylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x55
タイトルCrystal structure of mimivirus uracil-DNA glycosylase
要素Probable uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / Family-I uracil-DNA glycosylase / long N-domain / insertional motif
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Kwon, E. / Pathak, D. / Kim, D.Y.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation of Korea (NRF)2014R1A4A1071040 韓国
National Research Foundation of Korea (NRF)2014R1A1A1002064 韓国
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of mimivirus uracil-DNA glycosylase
著者: Kwon, E. / Pathak, D. / Chang, H.W. / Kim, D.Y.
履歴
登録2017年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable uracil-DNA glycosylase
B: Probable uracil-DNA glycosylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5542
ポリマ－84,5542
非ポリマー00
水5,765320
1
A: Probable uracil-DNA glycosylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2771
ポリマ－42,2771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable uracil-DNA glycosylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2771
ポリマ－42,2771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.267, 95.618, 132.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Probable uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 42276.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: UNG, MIMI_L249 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5UPT2, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, PEG3350, Isopropanol, CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 27418 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2313: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CXM

3cxm


解像度: 2.302→29.744 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 1376 5.03 %
Rwork0.1731 --
obs0.1753 27381 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.302→29.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4494 0 0 320 4814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9876318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6092759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006796
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3016-2.38380.26521580.21052508X-RAY DIFFRACTION98
2.3838-2.47920.2965940.20592617X-RAY DIFFRACTION100
2.4792-2.59190.23471300.2032585X-RAY DIFFRACTION100
2.5919-2.72850.2431510.19572564X-RAY DIFFRACTION100
2.7285-2.89930.25871540.19372549X-RAY DIFFRACTION100
2.8993-3.1230.25141170.19392603X-RAY DIFFRACTION100
3.123-3.43680.26121430.18222615X-RAY DIFFRACTION100
3.4368-3.93320.1971270.15592613X-RAY DIFFRACTION100
3.9332-4.95170.14721390.13852648X-RAY DIFFRACTION100
4.9517-29.74680.19421630.15852703X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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