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万見
- PDB-5x4v: Roseoflavin substituted OaPAC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x4v
タイトルRoseoflavin substituted OaPAC
要素Photoactivated adenylyl cyclase
キーワードLYASE / cAMP / BLUF domain / optogenetics / photoactivation / allostery
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / FAD binding / cell projection / intracellular signal transduction / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Acylphosphatase-like domain superfamily / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RS3 / Family 3 adenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanobacteria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Ohki, M. / Park, S.-Y.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanism of photoactivation of a light-regulated adenylate cyclase.
著者: Ohki, M. / Sato-Tomita, A. / Matsunaga, S. / Iseki, M. / Tame, J.R.H. / Shibayama, N. / Park, S.Y.
履歴
登録2017年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoactivated adenylyl cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4242
ポリマ－41,0191
非ポリマー4051
水1,44180
1
A: Photoactivated adenylyl cyclase
ヘテロ分子

A: Photoactivated adenylyl cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8484
ポリマ－82,0382
非ポリマー8112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area30000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.872, 76.872, 204.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Photoactivated adenylyl cyclase


分子量: 41018.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyanobacteria (バクテリア) / 発現宿主: Cyanobacteria (バクテリア) / 参照: UniProt: K9TLZ5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-RS3 / 1-deoxy-1-[8-(dimethylamino)-7-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-D-ribitol / Roseoflavin / ロセオフラビン


分子量: 405.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C18H23N5O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100mM Sodium Citrate pH 5.0, 10% PEG 20000, 5mM ApCpp, 2mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 23093 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 14.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREPモデル構築
精密化解像度: 2→32.855 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.64 / 位相誤差: 28.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 1120 4.85 %
Rwork0.2332 --
obs0.2363 23091 91.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2758 0 29 81 2868
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1793825
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6381060
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005485
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0003-2.09130.38941200.37172633X-RAY DIFFRACTION90
2.0913-2.20150.40681530.31512661X-RAY DIFFRACTION92
2.2015-2.33940.33911310.27992690X-RAY DIFFRACTION92
2.3394-2.520.30031390.25632746X-RAY DIFFRACTION94
2.52-2.77350.29361550.23452816X-RAY DIFFRACTION95
2.7735-3.17450.30161360.22882873X-RAY DIFFRACTION96
3.1745-3.99850.26791680.19082919X-RAY DIFFRACTION97
3.9985-32.85980.25911180.19942633X-RAY DIFFRACTION81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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