[日本語] English
万見
- PDB-5x4s: Structure of the N-terminal domain (NTD)of SARS-CoV spike protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x4s
タイトルStructure of the N-terminal domain (NTD)of SARS-CoV spike protein
要素Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV / spike / N-terminal domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human SARS coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yuan, Y. / Zhang, Y. / Qi, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structures of MERS-CoV and SARS-CoV spike glycoproteins reveal the dynamic receptor binding domains.
著者: Yuan Yuan / Duanfang Cao / Yanfang Zhang / Jun Ma / Jianxun Qi / Qihui Wang / Guangwen Lu / Ying Wu / Jinghua Yan / Yi Shi / Xinzheng Zhang / George F Gao /
要旨: The envelope spike (S) proteins of MERS-CoV and SARS-CoV determine the virus host tropism and entry into host cells, and constitute a promising target for the development of prophylactics and ...The envelope spike (S) proteins of MERS-CoV and SARS-CoV determine the virus host tropism and entry into host cells, and constitute a promising target for the development of prophylactics and therapeutics. Here, we present high-resolution structures of the trimeric MERS-CoV and SARS-CoV S proteins in its pre-fusion conformation by single particle cryo-electron microscopy. The overall structures resemble that from other coronaviruses including HKU1, MHV and NL63 reported recently, with the exception of the receptor binding domain (RBD). We captured two states of the RBD with receptor binding region either buried (lying state) or exposed (standing state), demonstrating an inherently flexible RBD readily recognized by the receptor. Further sequence conservation analysis of six human-infecting coronaviruses revealed that the fusion peptide, HR1 region and the central helix are potential targets for eliciting broadly neutralizing antibodies.
履歴
登録2017年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0413
ポリマ－32,3951
非ポリマー6462
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area12980 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)73.291, 73.291, 240.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-783-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 32395.363 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-292 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (ウイルス)
株: BJ01 / 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59594
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細be based on strain, BJ01

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.3 M Na/K hydrogen phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.039 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.039 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 20329 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.1 % / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 1980 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.2→38.312 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2824 1040 5.14 %
Rwork0.2519 --
obs0.2535 20247 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.312 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2194 0 0 84 2278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7423080
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.73807
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2002-2.31620.34181730.2942640X-RAY DIFFRACTION100
2.3162-2.46130.3531250.28982707X-RAY DIFFRACTION100
2.4613-2.65120.37831450.30182704X-RAY DIFFRACTION100
2.6512-2.9180.34831540.28942705X-RAY DIFFRACTION100
2.918-3.340.30921530.26312747X-RAY DIFFRACTION100
3.34-4.20720.2461420.21992779X-RAY DIFFRACTION100
4.2072-38.31750.23951480.24012925X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0576-0.1680.02371.22720.43711.81920.03360.4020.0461-0.28630.17070.05550.03560.0694-0.00720.2832-0.05620.02930.4453-0.02420.388415.5135-31.6583-1.2876
21.7453-0.73450.41620.9564-0.29491.61080.01990.37850.1561-0.2017-0.05470.0648-0.07830.0835-0.00750.33080.00160.06890.35780.00090.323212.3081-24.8708-0.801
35.1993-0.1392-0.39020.25730.24671.9091-0.00690.17370.7364-0.37280.27450.1029-0.2034-0.5266-0.10810.53120.06490.10440.4430.02870.65035.4148-10.95632.6851
41.3432-0.2986-0.44560.8139-0.10482.02850.06180.04850.287-0.1924-0.0083-0.1718-0.10940.1110.00120.4021-0.01550.02360.3232-0.01430.411217.0843-26.79254.2729
52.9353.5729-1.17565.8119-1.66822.46980.45140.18150.37930.2083-0.36650.1413-0.1761-0.0427-0.08250.44510.02180.06660.43940.00940.313117.5628-23.0875-7.8378
61.2765-0.3434-0.01111.2620.49692.14780.1426-0.1743-0.0991-0.4362-0.0626-0.26631.1440.1518-0.11380.8359-0.0270.00680.3445-0.07070.484218.9734-51.14186.5753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 146 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 160 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 161 through 239 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 240 through 257 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 258 through 289 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る