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- PDB-5x1v: PKM2 in complex with compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x1v
タイトルPKM2 in complex with compound 2
要素Pyruvate kinase PKM
キーワードTRANSFERASE / activator / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / MHC class II protein complex binding / extracellular vesicle / protein tyrosine kinase activity / : / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / histone H3T11 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cilium / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily ...Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7XX / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Matsui, Y. / Hanzawa, H.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery and structure-guided fragment-linking of 4-(2,3-dichlorobenzoyl)-1-methyl-pyrrole-2-carboxamide as a pyruvate kinase M2 activator
著者: Matsui, Y. / Yasumatsu, I. / Asahi, T. / Kitamura, T. / Kanai, K. / Ubukata, O. / Hayasaka, H. / Takaishi, S. / Hanzawa, H. / Katakura, S.
履歴
登録2017年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase PKM
B: Pyruvate kinase PKM
C: Pyruvate kinase PKM
D: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,74912
ポリマ－240,2004
非ポリマー2,5498
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20340 Å2
ΔGint-108.9 kcal/mol
Surface area71600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.468, 151.658, 92.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D
13A
23B
33C
43D
14A
24B
34C
44D

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRARGARGAA15 - 4334 - 62
211THRTHRARGARGBB15 - 4334 - 62
311THRTHRARGARGCC15 - 4334 - 62
411THRTHRARGARGDD15 - 4334 - 62
112THRTHRPHEPHEAA45 - 7664 - 95
212THRTHRPHEPHEBB45 - 7664 - 95
312THRTHRPHEPHECC45 - 7664 - 95
412THRTHRPHEPHEDD45 - 7664 - 95
122HISHISSERSERAA84 - 97103 - 116
222HISHISSERSERBB84 - 97103 - 116
322HISHISSERSERCC84 - 97103 - 116
422HISHISSERSERDD84 - 97103 - 116
132ARGARGTHRTHRAA106 - 114125 - 133
232ARGARGTHRTHRBB106 - 114125 - 133
332ARGARGTHRTHRCC106 - 114125 - 133
432ARGARGTHRTHRDD106 - 114125 - 133
142ASPASPLYSLYSAA238 - 247257 - 266
242ASPASPLYSLYSBB238 - 247257 - 266
342ASPASPLYSLYSCC238 - 247257 - 266
442ASPASPLYSLYSDD238 - 247257 - 266
152ASNASNLEULEUAA264 - 297283 - 316
252ASNASNLEULEUBB264 - 297283 - 316
352ASNASNLEULEUCC264 - 297283 - 316
452ASNASNLEULEUDD264 - 297283 - 316
162LYSLYSILEILEAA305 - 389324 - 408
262LYSLYSILEILEBB305 - 389324 - 408
362LYSLYSILEILECC305 - 389324 - 408
462LYSLYSILEILEDD305 - 389324 - 408
113ILEILEILEILEAA156 - 164175 - 183
213ILEILEILEILEBB156 - 164175 - 183
313ILEILEILEILECC156 - 164175 - 183
413ILEILEILEILEDD156 - 164175 - 183
123SERSERLYSLYSAA172 - 186191 - 205
223SERSERLYSLYSBB172 - 186191 - 205
323SERSERLYSLYSCC172 - 186191 - 205
423SERSERLYSLYSDD172 - 186191 - 205
133LEULEULEULEUAA203 - 211222 - 230
233LEULEULEULEUBB203 - 211222 - 230
333LEULEULEULEUCC203 - 211222 - 230
433LEULEULEULEUDD203 - 211222 - 230
114GLUGLULEULEUAA410 - 473429 - 492
214GLUGLULEULEUBB410 - 473429 - 492
314GLUGLULEULEUCC410 - 473429 - 492
414GLUGLULEULEUDD410 - 473429 - 492
124ARGARGPROPROAA489 - 531508 - 550
224ARGARGPROPROBB489 - 531508 - 550
324ARGARGPROPROCC489 - 531508 - 550
424ARGARGPROPRODD489 - 531508 - 550

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1, 1), (1, 1), (1)1
2given(2, -0.759593, -0.422644), (2, -0.427728, -0.247985), (2, 0.489966, -0.871708)0.494358, -0.869225, 0.00759
3given(3, 0.112255, 0.952162), (3, 0.952932, -0.184225), (3, 0.281638, 0.243821)0.284229, 0.240794, -0.928026
4given(4, -0.356395, -0.520749), (4, -0.522923, -0.576892), (4, -0.774296, 0.629298)-0.77576, 0.627492, -0.06671
5given(1, 1), (1, 1), (1)1
6given(2, -0.770785, -0.431626), (2, -0.397727, -0.248598), (2, 0.497699, -0.867121)0.468604, -0.883183, 0.019946
7given(3, 0.121477, 0.942462), (3, 0.951703, -0.199727), (3, 0.281967, 0.268094)0.311463, 0.233176, -0.921206
8given(4, -0.35824, -0.534687), (4, -0.529159, -0.559101), (4, -0.769191, 0.633652)-0.765359, 0.638276, -0.082643
9given(1, 1), (1, 1), (1)1
10given(2, -0.778655, -0.343207), (2, -0.251245, -0.596555), (2, 0.574954, -0.725486)0.525267, -0.762232, 0.378282
11given(3, 0.144644, 0.95828), (3, 0.968095, -0.188578), (3, 0.204622, 0.214796)0.24653, 0.165017, -0.954983
12given(4, -0.29193, -0.521126), (4, -0.807076, -0.315736), (4, -0.51323, 0.79293)-0.802, 0.498938, -0.328415
13given(1, 1), (1, 1), (1)1
14given(2, -0.750348, -0.461471), (2, -0.414095, -0.229981), (2, 0.51527, -0.856827)0.473311, -0.880701, -0.018528
15given(3, 0.149613, 0.950561), (3, 0.960421, -0.205116), (3, 0.234961, 0.233153)0.272119, 0.188462, -0.943628
16given(4, -0.377327, -0.517033), (4, -0.514504, -0.572779), (4, -0.770006, 0.636083)-0.76831, 0.63813, -0.049891

-
要素

#1: タンパク質
Pyruvate kinase PKM / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate kinase 2/3 / Pyruvate kinase muscle isozyme / Thyroid hormone-binding protein 1 / THBP1 / Tumor M2-PK / p58


分子量: 60050.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase
#2: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-7XX / 4-[2,3-bis(chloranyl)phenyl]carbonyl-1-methyl-pyrrole-2-carboxamide


分子量: 297.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10Cl2N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, tryptone, MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 122943 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 6260 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house structure

解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 15.34 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27381 12248 10 %RANDOM
Rwork0.23362 ---
obs0.2376 110648 97.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.705 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.73 Å20 Å2-3.86 Å2
2---1.92 Å2-0 Å2
3---5.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15738 0 156 473 16367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01916150
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7181.98221845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38352047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.26523.94665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.448152896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.83715124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.22507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02112049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A116MEDIUM POSITIONAL0.130.5
12B116MEDIUM POSITIONAL0.110.5
13C116MEDIUM POSITIONAL0.080.5
14D116MEDIUM POSITIONAL0.10.5
11A111LOOSE POSITIONAL0.375
12B111LOOSE POSITIONAL0.335
13C111LOOSE POSITIONAL0.375
14D111LOOSE POSITIONAL0.315
11A116MEDIUM THERMAL8.212
12B116MEDIUM THERMAL7.182
13C116MEDIUM THERMAL1.822
14D116MEDIUM THERMAL1.962
11A111LOOSE THERMAL8.210
12B111LOOSE THERMAL7.3510
13C111LOOSE THERMAL2.1310
14D111LOOSE THERMAL2.6510
21A736MEDIUM POSITIONAL0.150.5
22B736MEDIUM POSITIONAL0.130.5
23C736MEDIUM POSITIONAL0.150.5
24D736MEDIUM POSITIONAL0.10.5
21A661LOOSE POSITIONAL0.585
22B661LOOSE POSITIONAL0.465
23C661LOOSE POSITIONAL0.545
24D661LOOSE POSITIONAL0.485
21A736MEDIUM THERMAL4.692
22B736MEDIUM THERMAL3.132
23C736MEDIUM THERMAL2.512
24D736MEDIUM THERMAL1.912
21A661LOOSE THERMAL5.1110
22B661LOOSE THERMAL3.4810
23C661LOOSE THERMAL3.3610
24D661LOOSE THERMAL2.3710
31A132MEDIUM POSITIONAL0.210.5
32B132MEDIUM POSITIONAL0.180.5
33C132MEDIUM POSITIONAL0.20.5
34D132MEDIUM POSITIONAL0.220.5
31A131LOOSE POSITIONAL0.615
32B131LOOSE POSITIONAL0.715
33C131LOOSE POSITIONAL0.565
34D131LOOSE POSITIONAL0.645
31A132MEDIUM THERMAL13.32
32B132MEDIUM THERMAL2.82
33C132MEDIUM THERMAL19.742
34D132MEDIUM THERMAL9.192
31A131LOOSE THERMAL14.0510
32B131LOOSE THERMAL3.7910
33C131LOOSE THERMAL19.8610
34D131LOOSE THERMAL8.4310
41A428MEDIUM POSITIONAL0.130.5
42B428MEDIUM POSITIONAL0.140.5
43C428MEDIUM POSITIONAL0.160.5
44D428MEDIUM POSITIONAL0.130.5
41A387LOOSE POSITIONAL0.635
42B387LOOSE POSITIONAL0.535
43C387LOOSE POSITIONAL0.685
44D387LOOSE POSITIONAL0.545
41A428MEDIUM THERMAL7.272
42B428MEDIUM THERMAL5.622
43C428MEDIUM THERMAL3.182
44D428MEDIUM THERMAL4.192
41A387LOOSE THERMAL6.9410
42B387LOOSE THERMAL5.3710
43C387LOOSE THERMAL3.4810
44D387LOOSE THERMAL4.3310
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 873 -
Rwork0.348 7864 -
obs--96.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22870.07970.14110.1426-0.05970.20810.01540.0786-0.00450.0009-0.0158-0.0281-0.00680.0310.00040.12950.02680.10490.25530.03940.091923.074919.42515.8915
20.65520.10570.56370.4349-0.18510.6758-0.01030.2362-0.1109-0.11070.1293-0.00190.02260.1234-0.1190.24490.05870.04870.3342-0.0510.038112.58966.818-29.7649
30.1915-0.07880.12320.1856-0.03670.11150.0096-0.0182-0.0268-0.0539-0.0310.05570.00480.02340.02140.18120.01820.03070.1269-0.02760.121410.9962-33.558230.9821
40.25130.09470.02291.0632-0.1422.49380.00060.03030.0001-0.0692-0.0956-0.08650.04940.15670.09510.12370.03880.11840.16860.0290.115746.2708-44.666439.4207
50.17310.0392-0.03460.3236-0.04490.01240.03250.00520.00150.0341-0.0425-0.0455-0.0007-0.0050.010.186-0.00570.02330.15040.00790.089333.5168-4.87145.2159
60.10160.3502-0.08671.67250.2731.08510.0598-0.05980.02650.2297-0.12620.180.0502-0.01750.06630.2147-0.05020.10240.14670.00220.109810.301-21.691371.4963
70.1476-0.08960.06090.333-0.1060.07850.11140.0522-0.0393-0.0471-0.02210.07620.01390.0229-0.08930.1250.04010.01970.23350.00260.1095-10.9908-0.02795.4913
80.2012-0.2461-0.21392.8882-1.4291.9469-0.0495-0.01730.13440.01430.0681-0.0071-0.0314-0.0697-0.01860.06940.0434-0.02410.15570.03550.2456-14.359536.35443.2492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B14 - 116
2X-RAY DIFFRACTION1B219 - 531
3X-RAY DIFFRACTION2B117 - 218
4X-RAY DIFFRACTION3C14 - 116
5X-RAY DIFFRACTION3C219 - 531
6X-RAY DIFFRACTION4C117 - 218
7X-RAY DIFFRACTION5D14 - 116
8X-RAY DIFFRACTION5D219 - 531
9X-RAY DIFFRACTION6D117 - 218
10X-RAY DIFFRACTION7A14 - 116
11X-RAY DIFFRACTION7A219 - 531
12X-RAY DIFFRACTION8A117 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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