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万見
- PDB-5x02: Crystal structure of the FLT3 kinase domain bound to the inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x02
タイトルCrystal structure of the FLT3 kinase domain bound to the inhibitor FF-10101
要素Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INIHIBITOR / tyrosine kinase (プロテインチロシンキナーゼ) / transferase (転移酵素) / irreversible inhibitor complex (酵素阻害剤) / kinase catalytic domain / TRANSFERASE-TRANSFERASE INIHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants ...FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants / sorafenib-resistant FLT3 mutants / sunitinib-resistant FLT3 mutants / tandutinib-resistant FLT3 mutants / linifanib-resistant FLT3 mutants / tamatinib-resistant FLT3 mutants / leukocyte homeostasis / lymphocyte proliferation / pro-B cell differentiation / common myeloid progenitor cell proliferation / dendritic cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / STAT5 Activation / nuclear glucocorticoid receptor binding / myeloid progenitor cell differentiation / FLT3 signaling through SRC family kinases / cellular response to glucocorticoid stimulus / cytokine receptor activity / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / growth factor binding / cellular response to cytokine stimulus / 造血 / PI3K Cascade / animal organ regeneration / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / FLT3 signaling by CBL mutants / Negative regulation of FLT3 / response to organonitrogen compound / FLT3 Signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / B cell differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of MAP kinase activity / 受容体型チロシンキナーゼ / cytokine-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / : / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / regulation of apoptotic process / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / endosome membrane / 小胞体 / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / 小胞体 / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F6M / Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Fujikawa, N. / Hirano, D. / Takasaki, M. / Terada, D. / Hagiwara, S. / Park, S.-Y. / Sugiyama, K.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2018
タイトル: A novel irreversible FLT3 inhibitor, FF-10101, shows excellent efficacy against AML cells withFLT3mutations.
著者: Yamaura, T. / Nakatani, T. / Uda, K. / Ogura, H. / Shin, W. / Kurokawa, N. / Saito, K. / Fujikawa, N. / Date, T. / Takasaki, M. / Terada, D. / Hirai, A. / Akashi, A. / Chen, F. / Adachi, Y. / ...著者: Yamaura, T. / Nakatani, T. / Uda, K. / Ogura, H. / Shin, W. / Kurokawa, N. / Saito, K. / Fujikawa, N. / Date, T. / Takasaki, M. / Terada, D. / Hirai, A. / Akashi, A. / Chen, F. / Adachi, Y. / Ishikawa, Y. / Hayakawa, F. / Hagiwara, S. / Naoe, T. / Kiyoi, H.
履歴
登録2017年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8295
ポリマ－40,0111
非ポリマー8194
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.993, 81.993, 143.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 / FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem ...FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem cell tyrosine kinase 1 / STK-1


分子量: 40010.543 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 564-710,762-958 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLT3, CD135, FLK2, STK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P36888, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-F6M / N-[(2S)-1-[5-[2-[(4-cyanophenyl)amino]-4-(propylamino)pyrimidin-5-yl]pent-4-ynylamino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-4-(dimethylamino)-N-methyl-but-2-enamide


分子量: 530.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H38N8O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 2.2-2.4M Na/K Phosphate, 0.1M CAPS (pH6.7), 0.2M Litium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 19769 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.2 % / Net I/σ(I): 57.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RJB

1rjb


解像度: 2.401→36.906 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.96
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2766 1007 5.11 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.236 19705 99.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.59 Å2 / Biso mean: 74.3646 Å2 / Biso min: 42.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.401→36.906 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2448 0 54 12 2514
Biso mean--88.36 61.81 -
残基数----305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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