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万見
- PDB-5x00: Nucleoside Diphosphate Kinase from Vibrio cholerae is a Thermolab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x00
タイトルNucleoside Diphosphate Kinase from Vibrio cholerae is a Thermolabile Type II tetramer
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / nucleoside diphosphate kinase / dimer / vibrio cholerae
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Agnihotri, P. / Mishra, A.K. / Pratap, J.V.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nucleoside Diphosphate Kinase from Vibrio cholerae is a Thermolabile Type II tetramer.
著者: Agnihotri, P. / Mishra, A.K. / Pratap, J.V.
履歴
登録2017年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1792
ポリマ－32,1792
非ポリマー00
水59433
1
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase

A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3574
ポリマ－64,3574
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x+1/2,-y,z+1/21
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.370, 71.210, 89.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase / NDP kinase / Nucleoside-2-P kinase


分子量: 16089.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain M66-2) (コレラ菌)
株: M66-2 / 遺伝子: ndk, VCM66_0714 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLys / 参照: UniProt: C3LT09, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→55.64 Å / Num. obs: 5538 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / CC1/2: 0.9 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/av σ(I): 8.2 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 3.06→3.31 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1162 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.49 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
iMOSFLM7.2.1データ削減
Aimless1.10.26データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S0M

4s0m


解像度: 3.06→55.637 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.67
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2577 282 5.11 %0.05
Rwork0.2282 ---
obs0.2298 5522 89.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→55.637 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1761 0 0 33 1794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4642435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5271080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.06-3.310.29521390.25032655X-RAY DIFFRACTION93
3.8558-55.64590.23861430.21522585X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.7689 Å / Origin y: -3.7836 Å / Origin z: -2.2182 Å
111213212223313233
T0.2315 Å20.0109 Å20.0209 Å2-0.2817 Å20.0228 Å2--0.2498 Å2
L3.234 °20.1499 °21.0967 °2-3.455 °21.4646 °2--4.0881 °2
S-0.0441 Å °-0.0138 Å °0.2345 Å °-0.067 Å °0.171 Å °-0.0885 Å °-0.3488 Å °0.3284 Å °-0.1047 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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