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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4o8v | ||||||
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Title | O-Acetyltransferase Domain of Pseudomonas putida AlgJ | ||||||
![]() | Alginate biosynthesis protein AlgJ | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SGNH Hydrolase-like | ||||||
Function / homology | Alginate O-acetyltranferase AlgJ / AlgX/AlgJ, SGNH hydrolase-like domain / SGNH hydrolase-like domain, acetyltransferase AlgX / alginic acid biosynthetic process / acyltransferase activity / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / periplasmic space / plasma membrane / Probable alginate O-acetylase AlgJ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ricer, T. / Little, D.J. / Whitney, J.C. / Robinson, H. / Howell, P.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: P. aeruginosa SGNH Hydrolase-Like Proteins AlgJ and AlgX Have Similar Topology but Separate and Distinct Roles in Alginate Acetylation. Authors: Baker, P. / Ricer, T. / Moynihan, P.J. / Kitova, E.N. / Walvoort, M.T. / Little, D.J. / Whitney, J.C. / Dawson, K. / Weadge, J.T. / Robinson, H. / Ohman, D.E. / Codee, J.D. / Klassen, J.S. / ...Authors: Baker, P. / Ricer, T. / Moynihan, P.J. / Kitova, E.N. / Walvoort, M.T. / Little, D.J. / Whitney, J.C. / Dawson, K. / Weadge, J.T. / Robinson, H. / Ohman, D.E. / Codee, J.D. / Klassen, J.S. / Clarke, A.J. / Howell, P.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 236.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 200.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 431.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 434.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34565.609 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.96 Å3/Da / Density % sol: 37.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 17, 2012 |
Radiation | Monochromator: 111 sagittal bend cryo cooled double crystal monochrometer Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.815→50 Å / Num. obs: 48465 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.101 |
Reflection shell | Resolution: 1.815→1.9 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / % possible all: 96.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.815→48.096 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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