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- PDB-5wzy: Crystal structure of the P2X4 receptor from zebrafish in the pres... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wzy
タイトルCrystal structure of the P2X4 receptor from zebrafish in the presence of CTP at 2.8 Angstroms
要素p2X purinoceptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Platelet homeostasis / purine nucleotide binding / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / ATP-gated ion channel activity / CTP binding / monoatomic ion channel complex / response to ATP / monoatomic cation transport ...Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Platelet homeostasis / purine nucleotide binding / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / ATP-gated ion channel activity / CTP binding / monoatomic ion channel complex / response to ATP / monoatomic cation transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / calcium ion transmembrane transport / calcium ion transport / postsynapse / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2X4 purinoceptor / atp-gated p2x4 ion channel / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / ATP P2X receptor / ATP P2X receptors signature. / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily / Helix Hairpins / Sandwich ...P2X4 purinoceptor / atp-gated p2x4 ion channel / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / ATP P2X receptor / ATP P2X receptors signature. / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily / Helix Hairpins / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / P2X purinoceptor 4a / P2X purinoceptor 4a
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.799 Å
データ登録者Kasuya, G. / Hattori, M. / Nureki, O.
資金援助 日本, 中国, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science24227004 日本
National Natural Science Foundation of China31650110469 中国
National Natural Science Foundation of China31570838 中国
Ministry of Science and Technology of China2016YFA0502800 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the nucleotide base specificity of P2X receptors
著者: Kasuya, G. / Fujiwara, Y. / Tsukamoto, H. / Morinaga, S. / Ryu, S. / Touhara, K. / Ishitani, R. / Furutani, Y. / Hattori, M. / Nureki, O.
履歴
登録2017年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / diffrn_source
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p2X purinoceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0796
ポリマ－38,1181
非ポリマー1,9625
水1,29772
1
A: p2X purinoceptor
ヘテロ分子

A: p2X purinoceptor
ヘテロ分子

A: p2X purinoceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,23718
ポリマ－114,3533
非ポリマー5,88515
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area19250 Å2
ΔGint43 kcal/mol
Surface area45100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.242, 129.242, 251.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-652-

HOH

21A-670-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 p2X purinoceptor


分子量: 38117.625 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-365 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: p2rx4a
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6NYR1, UniProt: F8W463*PLUS

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 75分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3 mM CTP, 20-26% PEG 2000, 300 mM Mg(NO3)2, 100 mM Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.799→50 Å / Num. obs: 20237 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 67.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 1.854 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.855.20.9381.063198.8
2.85-2.960.8421.043199.8
2.9-2.966.60.7841.032199.9
2.96-3.027.10.6671.0861100
3.02-3.087.30.5631.1771100
3.08-3.157.40.5231.1611100
3.15-3.237.60.4271.2071100
3.23-3.327.80.3551.261199.9
3.32-3.427.90.2931.3111100
3.42-3.538.20.2321.424199.9
3.53-3.658.20.1931.4861100
3.65-3.88.40.1581.5571100
3.8-3.978.40.1291.5961100
3.97-4.188.50.1071.7581100
4.18-4.448.70.0862.0281100
4.44-4.798.70.0772.2581100
4.79-5.278.60.0832.9451100
5.27-6.038.40.0883.4361100
6.03-7.598.50.0763.3081100
7.59-508.10.0533.359198.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
HKLデータスケーリング
精密化解像度: 2.799→40.101 Å / SU ML: 0.72 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 2000 9.89 %
Rwork0.213 --
obs0.2165 20230 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / Bsol: 41.932 Å2 / ksol: 0.277 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 195.08 Å2 / Biso mean: 78.5943 Å2 / Biso min: 37.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.6797 Å20 Å2-0 Å2
2---5.6797 Å20 Å2
3---11.3593 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.799→40.101 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2453 0 127 72 2652
Biso mean--85.87 61.99 -
残基数----324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5683613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.66976
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7992-2.86910.43551400.39521281142199
2.8691-2.94670.42051410.341812851426100
2.9467-3.03340.3311390.288112691408100
3.0334-3.13120.29041420.24912911433100
3.1312-3.24310.27181420.230812911433100
3.2431-3.37290.29791410.23112821423100
3.3729-3.52630.24391420.211813071449100
3.5263-3.71210.24791420.200912911433100
3.7121-3.94450.24011420.181112881430100
3.9445-4.24870.18271440.172113111455100
4.2487-4.67570.17721440.137313201464100
4.6757-5.35090.16531440.14713201464100
5.3509-6.73640.25721460.201913231469100
6.7364-40.10560.28991510.27611371152298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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