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- PDB-5wyj: Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Dhr1-dep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wyj
タイトルCryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Dhr1-depleted, Enp1-TAP, state 1)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 18
  • (Helical domain ...) x 2
  • (Nucleolar protein ...) x 2
  • (Ribosomal RNA-processing protein ...) x 2
  • (Ribosome biogenesis protein ...) x 2
  • (U3 small nucleolar RNA-associated protein ...) x 6
  • (U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ...) x 2
  • 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
  • 18S ribosomal RNA
  • 5ETS RNA
  • Enp2
  • Essential nuclear protein 1
  • KRR1 small subunit processome component
  • Mpp10,U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10
  • Periodic tryptophan protein 2
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
  • Sof1
  • U3 RNA
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
  • Unassigned helices
  • Utp11
  • Utp15
  • Utp17
  • Utp20
  • Utp4
  • Utp5
  • Utp7
  • Utp8
  • Utp9
  • rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
  • rRNA biogenesis protein RRP5
  • rRNA-processing protein FCF1
キーワードRIBOSOME / 90S / pre-ribosome / protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


box H/ACA snoRNA binding / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / RNA fragment catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / CURI complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / t-UTP complex / UTP-C complex / Mpp10 complex ...box H/ACA snoRNA binding / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / RNA fragment catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / CURI complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / t-UTP complex / UTP-C complex / Mpp10 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / nuclear microtubule / regulation of rRNA processing / histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA binding / snRNA binding / positive regulation of RNA binding / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / septum digestion after cytokinesis / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / tRNA export from nucleus / rDNA heterochromatin / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / regulation of transcription by RNA polymerase I / U4/U6 snRNP / single-stranded telomeric DNA binding / rRNA primary transcript binding / 90S preribosome assembly / rRNA base methylation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / O-methyltransferase activity / SUMOylation of RNA binding proteins / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / poly(U) RNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / rRNA methylation / U4 snRNP / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / U3 snoRNA binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / poly(A)+ mRNA export from nucleus / preribosome, small subunit precursor / establishment of cell polarity / snoRNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spliceosomal complex assembly / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / proteasome assembly / regulation of translational fidelity / Ub-specific processing proteases / ribosomal subunit export from nucleus / Cajal body / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / enzyme activator activity / RNA endonuclease activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / nuclear periphery / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / unfolded protein binding / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding
類似検索 - 分子機能
rRNA biogenesis protein Rrp5 / : / : / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / Ribosomal RNA assembly KRR1 / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / NOL6/Upt22 ...rRNA biogenesis protein Rrp5 / : / : / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / Ribosomal RNA assembly KRR1 / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / NOL6/Upt22 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 4 / Nrap protein, domain 5 / Nrap protein, domain 6 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein PAP/OAS-like domain / Nrap protein domain 3 / Nrap protein nucleotidyltransferase domain 4 / Nrap protein PAP/OAS1-like domain 5 / Nrap protein domain 6 / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Ribosomal RNA-processing protein 7, C-terminal domain / Ribosomal RNA-processing protein 7 / Rrp7, RRM-like N-terminal domain / Fcf1 / Ribosomal RNA-processing protein 7 (RRP7) C-terminal domain / Rrp7 RRM-like N-terminal domain / Nucleolar protein 58/56, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / NOP5NT (NUC127) domain / BP28, C-terminal domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13, C-terminal / Periodic tryptophan protein 2 / Utp13 specific WD40 associated domain / Small-subunit processome, Utp12 / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / Dip2/Utp12 Family / Small-subunit processome, Utp21 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / Mpp10 protein / Utp21 specific WD40 associated putative domain / Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / EMG1/NEP1 methyltransferase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / Krr1, KH1 domain / Krr1 KH1 domain / Bystin / Bystin / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / U3 snoRNP protein/Ribosome production factor 1 / Large family of predicted nucleotide-binding domains / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / PIN domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Brix domain / Brix domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Brix domain profile. / Brix / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Ribosomal RNA-processing protein 7 / KRR1 small subunit processome component / Periodic tryptophan protein 2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Ribosome biogenesis protein UTP30 / Essential nuclear protein 1 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / Small ribosomal subunit protein eS12 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / rRNA biogenesis protein RRP5 / rRNA-processing protein FCF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / Ribosome biogenesis protein BMS1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / Nucleolar protein 56 / Nucleolar protein 58 / Small ribosomal subunit protein eS28A / Pre-rRNA-processing protein PNO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Ye, K. / Zhu, X. / Sun, Q.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Molecular architecture of the 90S small subunit pre-ribosome.
著者: Qi Sun / Xing Zhu / Jia Qi / Weidong An / Pengfei Lan / Dan Tan / Rongchang Chen / Bing Wang / Sanduo Zheng / Cheng Zhang / Xining Chen / Wei Zhang / Jing Chen / Meng-Qiu Dong / Keqiong Ye /
要旨: Eukaryotic small ribosomal subunits are first assembled into 90S pre-ribosomes. The complete 90S is a gigantic complex with a molecular mass of approximately five megadaltons. Here, we report the ...Eukaryotic small ribosomal subunits are first assembled into 90S pre-ribosomes. The complete 90S is a gigantic complex with a molecular mass of approximately five megadaltons. Here, we report the nearly complete architecture of 90S determined from three cryo-electron microscopy single particle reconstructions at 4.5 to 8.7 angstrom resolution. The majority of the density maps were modeled and assigned to specific RNA and protein components. The nascent ribosome is assembled into isolated native-like substructures that are stabilized by abundant assembly factors. The 5' external transcribed spacer and U3 snoRNA nucleate a large subcomplex that scaffolds the nascent ribosome. U3 binds four sites of pre-rRNA, including a novel site on helix 27 but not the 3' side of the central pseudoknot, and crucially organizes the 90S structure. The 90S model provides significant insight into the principle of small subunit assembly and the function of assembly factors.
履歴
登録2017年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Structure summary
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / em_software
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6695
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
3A: U3 RNA
3B: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
3C: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
3D: Nucleolar protein 56
3E: Nucleolar protein 58
3F: Ribosomal RNA-processing protein 9
3G: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
3H: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
5A: 5ETS RNA
AA: Utp4
AB: Utp5
AC: Utp8
AD: Utp9
AE: U3 small nucleolar RNA-associated protein 10,Utp10
AF: Utp15
AG: Utp17
B1: Ribosome biogenesis protein BMS1
BA: Periodic tryptophan protein 2
BB: U3 small nucleolar RNA-associated protein 12
BC: U3 small nucleolar RNA-associated protein 13
BD: U3 small nucleolar RNA-associated protein 18
BE: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21
CA: Ribosomal RNA-processing protein 7
CB: U3 small nucleolar RNA-associated protein 22
E1: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
E2: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
E3: Essential nuclear protein 1
E4: Enp2
K1: KRR1 small subunit processome component
MA: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3
MB: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
MC: Mpp10,U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10
P1: Pre-rRNA-processing protein PNO1
R1: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
R2: rRNA biogenesis protein RRP5
S1: Sof1
SA: 18S ribosomal RNA
SC: 40S ribosomal protein S1-A
SF: 40S ribosomal protein S4-A
SG: 40S ribosomal protein S5
SH: 40S ribosomal protein S6-A
SI: 40S ribosomal protein S7-A
SJ: 40S ribosomal protein S8-A
SK: 40S ribosomal protein S9-A
SM: 40S ribosomal protein S11-A
SN: 40S ribosomal protein S12
SO: 40S ribosomal protein S13
SP: 40S ribosomal protein S14-A
SR: 40S ribosomal protein S16-A
SX: 40S ribosomal protein S22-A
SY: 40S ribosomal protein S23-A
SZ: 40S ribosomal protein S24-A
Sc: 40S ribosomal protein S27-A
Sd: 40S ribosomal protein S28-A
Sf: 40S ribosomal protein S30-A
Sg: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
U1: Utp7
U2: Utp11
U3: Utp20
U4: rRNA-processing protein FCF1
U5: Ribosome biogenesis protein UTP30
UA: Helical domain protein
UB: Helical domain protein
UC: Unassigned helices


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,111,92264
ポリマ－4,111,92264
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 3A5ASA

#1: RNA鎖 U3 RNA


分子量: 106503.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#7: RNA鎖 5ETS RNA


分子量: 225543.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1262303
#34: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 583636.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 874346701

+
タンパク質 , 24種, 27分子 3B3C3G3HAAABACADAFAGBAE1E2E3E4K1MCP1R1R2S1SgU1U2U3U4UC

#2: タンパク質 rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA- ...Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA-associated protein NOP1


分子量: 34525.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P15646, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#6: タンパク質 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein 1


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39990
#8: タンパク質 Utp4


分子量: 66059.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#9: タンパク質 Utp5


分子量: 54740.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#10: タンパク質 Utp8


分子量: 60697.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#11: タンパク質 Utp9


分子量: 48953.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#13: タンパク質 Utp15


分子量: 43676.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#14: タンパク質 Utp17


分子量: 76271.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#16: タンパク質 Periodic tryptophan protein 2 / U three protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 1 / U3 snoRNA-associated protein 1


分子量: 104097.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25635
#23: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / 18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / ...18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / Essential for mitotic growth protein 1 / Nucleolar essential protein 1


分子量: 27936.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: Q06287, rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1
#24: タンパク質 Essential nuclear protein 1


分子量: 55207.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38333
#25: タンパク質 Enp2


分子量: 60187.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#26: タンパク質 KRR1 small subunit processome component / KRR-R motif-containing protein 1 / Ribosomal RNA assembly protein KRR1


分子量: 37226.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25586
#29: タンパク質 Mpp10,U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / U3 snoRNA-associated protein MPP10 / M phase phosphoprotein 10


分子量: 54936.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47083
#30: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein PNO1 / Partner of NOB1 / Ribosomal RNA-processing protein 20


分子量: 30380.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99216
#31: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein


分子量: 40220.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08096
#32: タンパク質 rRNA biogenesis protein RRP5 / Ribosomal RNA-processing protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein RRP5 / U3 snoRNA- ...Ribosomal RNA-processing protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein RRP5 / U3 snoRNA-associated protein RRP5


分子量: 193411.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05022
#33: タンパク質 Sof1


分子量: 41634.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#53: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 17254.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05759
#54: タンパク質 Utp7


分子量: 47166.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#55: タンパク質 Utp11


分子量: 21294.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#56: タンパク質 Utp20


分子量: 212188.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#57: タンパク質 rRNA-processing protein FCF1 / FAF1-copurifying factor 1


分子量: 21650.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05498
#61: タンパク質 Unassigned helices


分子量: 87930.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c

-
Nucleolar protein ... , 2種, 2分子 3D3E

#3: タンパク質 Nucleolar protein 56 / Ribosome biosynthesis protein SIK1 / Suppressor of I kappa b protein 1


分子量: 56961.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12460
#4: タンパク質 Nucleolar protein 58 / Nucleolar protein 5


分子量: 57060.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12499

-
Ribosomal RNA-processing protein ... , 2種, 2分子 3FCA

#5: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 9


分子量: 65146.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06506
#21: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 7


分子量: 34526.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25368

-
U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 6種, 6分子 AEBBBCBDBECB

#12: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 10,Utp10 / U3 snoRNA-associated protein 10 / U three protein 10 / U3 protein 10 required for transcription / t-UTP10


分子量: 173592.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P42945
#17: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / U3 snoRNA-associated protein 12 / DOM34-interacting protein 2 / U three protein 12


分子量: 106481.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12220
#18: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 snoRNA-associated protein 13 / U three protein 13


分子量: 91132.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05946
#19: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / U3 snoRNA-associated protein 18 / U three protein 18


分子量: 66494.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40362
#20: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / U3 snoRNA-associated protein 21 / U three protein 21


分子量: 104927.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06078
#22: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 snoRNA-associated protein 22 / U three protein 22


分子量: 140660.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53254

-
Ribosome biogenesis protein ... , 2種, 2分子 B1U5

#15: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BMS1


分子量: 135792.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08965
#58: タンパク質 Ribosome biogenesis protein UTP30 / U3 snoRNP-associated protein UTP30


分子量: 31668.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36144

-
U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ... , 2種, 2分子 MAMB

#27: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / U3 snoRNP protein IMP3 / Interacting with MPP10 protein 3


分子量: 21928.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32899
#28: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 snoRNP protein IMP4 / Interacting with MPP10 protein 4


分子量: 33536.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53941

-
40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 SCSFSGSHSISJSKSMSNSOSPSRSXSYSZScSdSf

#35: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A / RP10A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33442
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX35
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / YS8


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26783
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX37
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26786
#40: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX39
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / YP28 / YS11


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13516
#42: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX47
#43: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48589
#44: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / S27a / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05756
#45: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / RP59A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P06367
#46: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / RP61R


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX51
#47: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / YP58 / YS22


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W1
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX29
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / RP50


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX31
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35997
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / S33 / YS27


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7X9
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S30-A


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX33

-
Helical domain ... , 2種, 2分子 UAUB

#59: タンパク質 Helical domain protein


分子量: 137462.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#60: タンパク質 Helical domain protein


分子量: 84015.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c

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詳細

配列の詳細(1) For chains AA, AB, AC, AD, AF, AG, E4, S1, U1, U2 and U3, The authors know the sequences, but ...(1) For chains AA, AB, AC, AD, AF, AG, E4, S1, U1, U2 and U3, The authors know the sequences, but they was unable to assign the sequences to the coordinates. The correct sequences are as follows. chain AA (UNP Q06679 1-776) MSSSLLSVLKEKSRSLKIRNKPVKMTSQERMIVHRCRFVDFTPATITSLAFSHKSNINKLTPSDLRLAIGRSNGNIEIWNPRNNWFQEMVIEGGKDRSIEGLCWSNVNGESLRLFSIGGSTVVTEWDLATGLPLRNYDCNSGVIWSISINDSQDKLSVGCDNGTVVLIDISGGPGVLEHDTILMRQEARVLTLAWKKDDFVIGGCSDGRIRIWSAQKNDENMGRLLHTMKVDKAKKESTLVWSVIYLPRTDQIASGDSTGSIKFWDFQFATLNQSFKAHDADVLCLTTDTDNNYVFSAGVDRKIFQFSQNTNKSQKNNRWVNSSNRLLHGNDIRAICAYQSKGADFLVSGGVEKTLVINSLTSFSNGNYRKMPTVEPYSKNVLVNKEQRLVVSWSESTVKIWTMGTDSSTEQNYKLVCKLTLKDDQNISTCSLSPDGQVLVVGRPSTTKVFHLQPVGNKLKVTKLDNDLLLRTSTKLVKFIDNSKIVICSCEDDVFIVDLESEEDEKPQEVELLEVTSTKSSIKVPYINRINHLEVDQNIAVISRGCGVVDILDLKARISKPLARLNNFITAVHINTSRKSVVVITADNKIYEFNMNLNSEAENEDSESVLTQWSKNNTDNLPKEWKTLKENCVGIFSDIENSSRLWFWGATWISRIDFDVDFPINKRRKQKKRTHEGLTITDESNFMNDEEDDEDDDIDMEISENLNVLLNQGNKIKSTDVQRNEESSGHFFFTDKYKPLLFVDLISSNELAIIERNPLTFHSKQKAFIQPKLVF chain AB (UNP Q04177 1-643) MDSPVLQSAYDPSGQYLCYVTVALDKQRVGVQPTQRATSSGVDTVWNENFLYLEDSKLKVTCLKWVNLASSDTVAIILGMNNGEIWLYSVLANEVTYKFTTGNSYEIKDIDLMGNQLWCIDSSDAFYQFDLLQFKLLQHFRINNCVQLNKLTIVPAGDSVAQLLVASHSISLIDIEEKKVVMTFPGHVSPVSTLQVITNEFFISGAEGDRFLNVYDIHSGMTKCVLVAESDIKELSHSGQADSIAVTTEDGSLEIFVDPLVSSSTKKRGNKSKKSSKKIQIVSKDGRKVPIYNAFINKDLLNVSWLQNATMPYFKNLQWREIPNEYTVEISLNWNNKNKSADRDLHGKDLASATNYVEGNARVTSGDNFKHVDDAIKSWERELTSLEQEQAKPPQANELLTETFGDKLESSTVARISGKKTNLKGSNLKTATTTGTVTVILSQALQSNDHSLLETVLNNRDERVIRDTIFRLKPALAVILLERLAERIARQTHRQGPLNVWVKWCLIIHGGYLVSIPNLMSTLSSLHSTLKRRSDLLPRLLALDARLDCTINKFKTLNYEAGDIHSSEPVVEEDEDDVEYNEELDDAGLIEDGEESYGSEEEEEGDSDNEEEQKHTSSKQDGRLETEQSDGEEEAGYSDVEME chain AC (UNP P53276 1-713) MPSLSQPFRLATLPKIASLSNFSLQADYVQVADGTFNESTNNITLGISGSSISQYIINPTPKLTFDYPIPSTNIITACNAEKGQANIDGNIEASTDDEANNEKTINTQKKRNVEIWAFGLMVNKGNYTLNVITKALEDTTDTSNDHLSESDIDNKAYTGSDEFLSQYKIKAKAKVMSIKIDTKNSLVIAILQNGLIEIFDFKLTLLHSFDISYDNLKYAKWFTENGTEYVFVLCPLQDDKVCYKLLELTDCGSGESSPIKELSSTIIEGFSFENSKLCYQFGKLYKLNQGKIYIYSLPHCQLQQVIEFPMVDKLSPGDDLISFQPVSVNRVLLTVNNVIYLLDLLHCSTLSQRELTHVKTFQLLKSAVINSEKSHNSKTIAIGISTKNGPNPTSSLEIINIDVGTNTLKDSLGKSFQVGNNDSSVILKPLFDDKDINDKRVKCNDVSGDSSVPVLHCNEVIEKLSALQDNDITSFDDIFFKELKIKEEHYTEKDRYISDPGFLNKVLDLIFGKFSGNDYPKTLTFLLTHPLFPLSRTRNLLSLLRDQPRLFKQAIVTCPNLPLNELLEELFSIRNRELLLDISFRILQDFTRDSIKQEMKKLSKLDVQNFIEFITSGGEDSSPECFNPSQSTQLFQLLSLVLDSIGLFSLEGALLENLTLYIDKQVEIAERNTELWNLIDTKGFQHGFASSTFDNGTSQKRALPTYTMEYLDI chain AD (UNP P38882 1-575) MGSSLDLVASFSHDSTRFAFQASVAQKNNVDIYPLNETKDYVVNSSLVSHIDYETNDMKVSDVIFFGWCSDLIDTQSSNIKRKLDEDEGTGESSEQRCENFFVNGFPDGRIVVYSSNGKDIVNIIKNKKEILGADTDESDIWILDSDKVVKKLQYNNSKPLKTFTLVDGKDDEIVHFQILHQNGTLLVCIITKQMVYIVDPSKRRPSTKYSFEISDAVACEFSSDGKYLLIANNEELIAYDLKEDSKLIQSWPVQVKTLKTLDDLIMALTTDGKINNYKIGEADKVCSIVVNEDLEIIDFTPINSKQQVLISWLNVNEPNFESISLKEIETQGYITINKNEKNNADEADQKKLEEKEEEAQPEVQHEKKETETKINKKVSKSDQVEIANILSSHLEANSTEILDDLMSGSWTEPEIKKFILTKINTVDHLSKIFLTISKSITQNPWNEENLLPLWLKWLLTLKSGELNSIKDKHTKKNCKHLKSALRSSEEILPVLLGIQGRLEMLRRQAKLREDLAQLSMQEGEDDEIEVIEHSNVISNPLQDQASPVEKLEPDSIVYANGESDEFVDASEYKD chain AF (UNP Q04305 1-513) MSTARPRIITSKAPLLPQQTTPEQRYWRQYTSAQLVKEHNSVTHISFNPQHPHDFAVTSSTRVQIFSSRTRQVIKTFSRFKDVVYSASFRSDGKLLCAGDATGLVSVYDSYNPRTILLSINASTHPTHVTKFHTQDNKILATASDDRVTRLWDISNAYEPQLELTGATDYVRTLSFIPAAPHLVATGSYDGLIRLYDTRSSGSTPIYSLNHDQPVENVIAVSPTQIVSCGGNNFKVWDLTSNKKLYERGNFNKAVTCLDYVENFDSPMQSALIASSLDGHVKVFDPLDNFQVKFGWKFSGPVLSCAVSPSTAQGNRHLVAGLSSGLLAIRTKKKEKRSSDKENAPASFNKNAKSNNFQRMMRGSEYQGDQEHIIHNDKVRSQRRMRAFERNINQFKWSEALDNAFVPGMAKELTLTVLQELRKRGKVRVALYGRDESTLEPLLNWCLKGIEDVRSASIVADWVAVVLELYGNTLESSPVLQELMIDLKTKVRHEIHKSKEAQRIEGMLQLLTS chain AG (UNP Q02931 1-896) MTQSLGIEQYKLSVVSGGKPALNNLSSVTGNKNIARLSQDQRNYIIPFNNQIKVYSVETRQCVKTLKFANNSLLSGIFLQEEENNESIVKILLGDITVPQQEDAHLITVFTNNGHVIVLNYKGKLVESPKHFKISLADEKLANVFHSEGNYRILTTFKDPSQKAHNSLQSYRLYALTFDDAKKQFEVAHQAEWHNVILSNISSNGKLLAHMCKDVSTKDHEHKSISVVSLFDDSVNLSFPLGSILSSQTQSLSYNTRYVSSMAIDNMGQQLAVGFASGVISIVSLADLQIRLLKWHIDSVLSLSFSHDGSYLLSGGWEKVMSLWQLETNSQQFLPRLNGIIIDCQVLGPQGNYYSLILQMTENNSNSDYQFLLLNASDLTSKLSINGPLPVFNSTIKHIQQPISAMNTKNSNSITSLNHSKKKQSRKLIKSRRQDFTTNVEINPINKNLYFPHISAVQIFDFYKNEQVNYQYLTSGVNNSMGKVRFELNLQDPIITDLKFTKDGQWMITYEIEYPPNDLLSSKDLTHILKFWTKNDNETNWNLKTKVINPHGISVPITKILPSPRSVNNSQGCLTADNNGGLKFWSFDSHESNWCLKKISLPNFNHFSNSVSLAWSQDGSLIFHGFDDKLQILDFDTFKKFESLENTKTVSEFTLDSEIQTVKLINDTNLIVATRTTLNAINLLRGQVINSFDLYPFVNGVYKNGHMDRLITCDERTGNIALVINQQLTDLDGVPTINYKSRIIIFDSDLSTKLGNFTHHEYISWIGWNYDTDFIFLDIESTLGVVGTTVNTQLSDEVNNEGILDGLVSNTITTSASNSDIFAEQLHKLSSRGKKSDTRDKNTNDNDEDEEDIALEFINGEKKDKLVNMNSFTSMFDNIQNVQMDTFFDRVMKVLT chain E4 (UNP P48234 1-707) MVLKSTSANDVSVYQVSGTNVSRSLPDWIAKKRKRQLKNDLEYQNRVELIQDFEFSEASNKIKVSRDGQYCMATGTYKPQIHVYDFANLSLKFDRHTDAENVDFTILSDDWTKSVHLQNDRSIQFQNKGGLHYTTRIPKFGRSLVYNKVNCDLYVGASGNELYRLNLEKGRFLNPFKLDTEGVNHVSINEVNGLLAAGTETNVVEFWDPRSRSRVSKLYLENNIDNRPFQVTTTSFRNDGLTFACGTSNGYSYIYDLRTSEPSIIKDQGYGFDIKKIIWLDNVGTENKIVTCDKRIAKIWDRLDGKAYASMEPSVDINDIEHVPGTGMFFTANESIPMHTYYIPSLGPSPRWCSFLDSITEELEEKPSDTVYSNYRFITRDDVKKLNLTHLVGSRVLRAYMHGFFINTELYDKVSLIANPDAYKDEREREIRRRIEKERESRIRSSGAVQKPKIKVNKTLVDKLSQKRGDKVAGKVLTDDRFKEMFEDEEFQVDEDDYDFKQLNPVKSIKETEEGAAKRIRALTAAEESDEERIAMKDGRGHYDYEDEESDEEESDDETNQKSNKEELSEKDLRKMEKQKALIERRKKEKEQSERFMNEMKAGTSTSTQRDESAHVTFGEQVGELLEVENGKKSNESILRRNQRGEAELTFIPQRKSKKDGNYKSRRHDNSSDEEGIDENGNKKDNGRSKPRFENRRRASKNAFRGM chain S1 (UNP P33750 1-489) MKIKTIKRSADDYVPVKSTQESQMPRNLNPELHPFERAREYTKALNATKLERMFAKPFVGQLGYGHRDGVYAIAKNYGSLNKLATGSADGVIKYWNMSTREEFVSFKAHYGLVTGLCVTQPRFHDKKPDLKSQNFMLSCSDDKTVKLWSINVDDYSNKNSSDNDSVTNEEGLIRTFDGESAFQGIDSHRENSTFATGGAKIHLWDVNRLKPVSDLSWGADNITSLKFNQNETDILASTGSDNSIVLYDLRTNSPTQKIVQTMRTNAICWNPMEAFNFVTANEDHNAYYYDMRNLSRSLNVFKDHVSAVMDVDFSPTGDEIVTGSYDKSIRIYKTNHGHSREIYHTKRMQHVFQVKYSMDSKYIISGSDDGNVRLWRSKAWERSNVKTTREKNKLEYDEKLKERFRHMPEIKRISRHRHVPQVIKKAQEIKNIELSSIKRREANERRTRKDMPYISERKKQIVGTVHKYEDSGRDRKRRKEDDKRDTQEK chain U1 (UNP P40055 1-554) MGHKKNGHRRQIKERENQNKFERSTYTNNAKNNHTQTKDKKLRAGLKKIDEQYKKAVSSAAATDYLLPESNGYLEPENELEKTFKVQQSEIKSSVDVSTANKALDLSLKEFGPYHIKYAKNGTHLLITGRKGHVASMDWRKGQLRAELFLNETCHSATYLQNEQYFAVAQKKYTFIYDHEGTELHRLKQHIEARHLDFLPYHYLLVTAGETGWLKYHDVSTGQLVSELRTKAGPTMAMAQNPWNAVMHLGHSNGTVSLWSPSMPEPLVKLLSARGPVNSIAIDRSGYYMATTGADRSMKIWDIRNFKQLHSVESLPTPGTNVSISDTGLLALSRGPHVTLWKDALKLSGDSKPCFGSMGGNPHRNTPYMSHLFAGNKVENLGFVPFEDLLGVGHQTGITNLIVPGAGEANYDALELNPFETKKQRQEQEVRTLLNKLPADTITLDPNSIGSVDKRSSTIRLNAKDLAQTTMDANNKAKTNSDIPDVKPDVKGKNSGLRSFLRKKTQNVIDERKLRVQKQLDKEKNIRKRNHQIKQGLISEDHKDVIEEALSRFG chain U2 (UNP P34247 1-250) MAKLVHDVQKKQHRERSQLTSRSRYGFLEKHKDYVKRAQDFHRKQSTLKVLREKAKERNPDEYYHAMHSRKTDAKGLLISSRHGDEEDESLSMDQVKLLKTQDSNYVRTLRQIELKKLEKGAKQLMFKSSGNHTIFVDSREKMNEFTPEKFFNTTSEMVNRSENRLTKDQLAQDISNNRNASSIMPKESLDKKKLKKFKQVKQHLQRETQLKQVQQRMDAQRELLKKGSKKKIVDSSGKISFKWKKQRKR chain U3 (UNP P35194 1-2493) MAKQRQTTKSSKRYRYSSFKARIDDLKIEPARNLEKRVHDYVESSHFLASFDQWKEINLSAKFTEFAAEIEHDVQTLPQILYHDKKIFNSLVSFINFHDEFSLQPLLDLLAQFCHDLGPDFLKFYEEAIKTLINLLDAAIEFESSNVFEWGFNCLAYIFKYLSKFLVKKLVLTCDLLIPLLSHSKEYLSRFSAEALSFLVRKCPVSNLREFVRSVFEKLEGDDEQTNLYEGLLILFTESMTSTQETLHSKAKAIMSVLLHEALTKSSPERSVSLLSDIWMNISKYASIESLLPVYEVMYQDFNDSLDATNIDRILKVLTTIVFSESGRKIPDWNKITILIERIMSQSENCASLSQDKVAFLFALFIRNSDVKTLTLFHQKLFNYALTNISDCFLEFFQFALRLSYERVFSFNGLKFLQLFLKKNWQSQGKKIALFFLEVDDKPELQKVREVNFPEEFILSIRDFFVTAEINDSNDLFEIYWRAIIFKYSKLQNTEIIIPLLERIFSTFASPDNFTKDMVGTLLKIYRKEDDASGNNLLKTILDNYENYKESLNFLRGWNKLVSNLHPSESLKGLMSHYPSLLLSLTDNFMLPDGKIRYETLELMKTLMILQGMQVPDLLSSCMVIEEIPLTLQNARDLTIRIKNVGAEFGKTKTDKLVSSFFLKYLFGLLTVRFSPVWTGVFDTLPNVYTKDEALVWKLVLSFIKLPDENQNLDYYQPLLEDGANKVLWDSSVVRLRDTIDTFSHIWSKYSTQNTSIISTTIERRGNTTYPILIRNQALKVMLSIPQVAENHFVDIAPFVYNDFKTYKDEEDMENERVITGSWTEVDRNVFLKTLSKFKNIKNVYSATELHDHLMVLLGSRNTDVQKLALDALLAYKNPTLNKYRDNLKNLLDDTLFKDEITTFLTENGSQSIKAEDEKVVMPYVLRIFFGRAQVPPTSGQKRSRKIAVISVLPNFKKPYINDFLSLASERLDYNYFFGNSHQINSSKATLKTIRRMTGFVNIVNSTLSVLRTNFPLHTNSVLQPLIYSIAMAYYVLDTESTEEVHLRKMASNLRQQGLKCLSSVFEFVGNTFDWSTSMEDIYAVVVKPRISHFSDENLQQPSSLLRLFLYWAHNPSLYQFLYYDEFATATALMDTISNQHVKEAVIGPIIEAADSIIRNPVNDDHYVDLVTLICTSCLKILPSLYVKLSDSNSISTFLNLLVSITEMGFIQDDHVRSRLISSLISILKGKLKKLQENDTQKILKILKLIVFNYNCSWSDIEELYTTISSLFKTFDERNLRVSLTELFIELGRKVPELESISKLVADLNSYSSSRMHEYDFPRILSTFKGLIEDGYKSYSELEWLPLLFTFLHFINNKEELALRTNASHAIMKFIDFINEKPNLNEASKSISMLKDILLPNIRIGLRDSLEEVQSEYVSVLSYMVKNTKYFTDFEDMAILLYNGDEEADFFTNVNHIQLHRRQRAIKRLGEHAHQLKDNSISHYLIPMIEHYVFSDDERYRNIGNETQIAIGGLAQHMSWNQYKALLRRYISMLKTKPNQMKQAVQLIVQLSVPLRETLRIVRDGAESKLTLSKFPSNLDEPSNFIKQELYPTLSKILGTRDDETIIERMPIAEALVNIVLGLTNDDITNFLPSILTNICQVLRSKSEELRDAVRVTLGKISIILGAEYLVFVIKELMATLKRGSQIHVLSYTVHYILKSMHGVLKHSDLDTSSSMIVKIIMENIFGFAGEEKDSENYHTKVKEIKSNKSYDAGEILASNISLTEFGTLLSPVKALLMVRINLRNQNKLSELLRRYLLGLNHNSDSESESILKFCHQLFQESEMSNSPQIPKKKVKDQVDEKEDFFLVNLESKSYTINSNSLLLNSTLQKFALDLLRNVITRHRSFLTVSHLEGFIPFLRDSLLSENEGVVISTLRILITLIRLDFSDESSEIFKNCARKVLNIIKVSPSTSSELCQMGLKFLSAFIRHTDSTLKDTALSYVLGRVLPDLNEPSRQGLAFNFLKALVSKHIMLPELYDIADTTREIMVTNHSKEIRDVSRSVYYQFLMEYDQSKGRLEKQFKFMVDNLQYPTESGRQSVMELINLIITKANPALLSKLSSSFFLALVNVSFNDDAPRCREMASVLISTMLPKLENKDLEIVEKYIAAWLKQVDNASFLNLGLRTYKVYLKSIGFEHTIELDELAIKRIRYILSDTSVGSEHQWDLVYSALNTFSSYMEATESVYKHGFKDIWDGIITCLLYPHSWVRQSAANLVHQLIANKDKLEISLTNLEIQTIATRILHQLGAPSIPENLANVSIKTLVNISILWKEQRTPFIMDVSKQTGEDLKYTTAIDYMVTRIGGIIRSDEHRMDSFMSKKACIQLLALLVQVLDEDEVIAEGEKILLPLYGYLETYYSRAVDEEQEELRTLSNECLKILEDKLQVSDFTKIYTAVKQTVLERRKERRSKRAILAVNAPQISADKKLRKHARSREKRKHEKDENGYYQRRNKRKRA (2) For chains AE and MC Authors know the sequence and partially assigned the sequence (AE 1-808, MC 429-593) to the coordinates. The correct sequences are as follows. chain AE (UNP P42945 1-1769) MSSLSDQLAQVASNNATVALDRKRRQKLHSASLIYNSKTAATQDYDFIFENASKALEELSQIEPKFAIFSRTLFSESSISLDRNVQTKEEIKDLDNAINAYLLLASSKWYLAPTLHATEWLVRRFQIHVKNTEMLLLSTLNYYQTPVFKRILSIIKLPPLFNCLSNFVRSEKPPTALTMIKLFNDMDFLKLYTSYLDQCIKHNATYTNQLLFTTCCFINVVAFNSNNDEKLNQLVPILLEISAKLLASKSKDCQIAAHTILVVFATALPLKKTIILAAMETILSNLDAKEAKHSALLTICKLFQTLKGQGNVDQLPSKIFKLFDSKFDTVSILTFLDKEDKPVCDKFITSYTRSIARYDRSKLNIILSLLKKIRLERYEVRLIITDLIYLSEILEDKSQLVELFEYFISINEDLVLKCLKSLGLTGELFEIRLTTSLFTNADVNTDIVKQLSDPVETTKKDTASFQTFLDKHSELINTTNVSMLTETGERYKKVLSLFTEAIGKGYKASSFLTSFFTTLESRITFLLRVTISPAAPTALKLISLNNIAKYINSIEKEVNIFTLVPCLICALRDASIKVRTGVKKILSLIAKRPSTKHYFLSDKLYGENVTIPMLNPKDSEAWLSGFLNEYVTENYDISRILTPKRNEKVFLMFWANQALLIPSPYAKTVLLDNLNKSPTYASSYSSLFEEFISHYLENRSSWEKSCIANKTNFEHFERSLVNLVSPKEKQSFMIDFVLSALNSDYEQLANIAAERLISIFASLNNAQKLKIVQNIVDSSSNVESSYDTVGVLQSLPLDSDIFVSILNQNSISNEMDQTDFSKRRRRRSSTSKNAFLKEEVSQLAELHLRKLTIILEALDKVRNVGSEKLLFTLLSLLSDLETLDQDGGLPVLYAQETLISCTLNTITYLKEHGCTELTNVRADILVSAIRNSASPQVQNKLLLVIGSLATLSSEVILHSVMPIFTFMGAHSIRQDDEFTTKVVERTILTVVPALIKNSKGNEKEEMEFLLLSFTTALQHVPRHRRVKLFSTLIKTLDPVKALGSFLFLIAQQYSSALVNFKIGEARILIEFIKALLVDLHVNEELSGLNDLLDIIKLLTSSKSSSEKKKSLESRVLFSNGVLNFSESEFLTFMNNTFEFINKITEETDQDYYDVRRNLRLKVYSVLLDETSDKKLIRNIREEFGTLLEGVLFFINSVELTFSCITSQENEEASDSETSLSDHTTEIKEILFKVLGNVLQILPVDEFVNAVLPLLSTSTNEDIRYHLTLVIGSKFELEGSEAIPIVNNVMKVLLDRMPLESKSVVISQVILNTMTALVSKYGKKLEGSILTQALTLATEKVSSDMTEVKISSLALITNCVQVLGVKSIAFYPKIVPPSIKLFDASLADSSNPLKEQLQVAILLLFAGLIKRIPSFLMSNILDVLHVIYFSREVDSSIRLSVISLIIENIDLKEVLKVLFRIWSTEIATSNDTVAVSLFLSTLESTVENIDKKSATSQSPIFFKLLLSLFEFRSISSFDNNTISRIEASVHEISNSYVLKMNDKVFRPLFVILVRWAFDGEGVTNAGITETERLLAFFKFFNKLQENLRGIITSYFTYLLEPVDMLLKRFISKDMENVNLRRLVINSLTSSLKFDRDEYWKSTSRFELISVSLVNQLSNIENSIGKYLVKAIGALASNNSGVDEHNQILNKLIVEHMKASCSSNEKLWAIRAMKLIYSKIGESWLVLLPQLVPVIAELLEDDDEEIEREVRTGLVKVVENVLGEPFDRYLD chain MC (UNP P47083 1-593) MSELFGVLKSNAGRIILKDPSATSKDVKAYIDSVINTCKNGSITKKAELDEITVDGLDANQVWWQVKLVLDSIDGDLIQGIQELKDVVTPSHNLSDGSTLNSSSGEESELEEAESVFKEKQMLSADVSEIEEQSNDSLSENDEEPSMDDEKTSAEAAREEFAEEKRISSGQDERHSSPDPYGINDKFFDLEKFNRDTLAAEDSNEASEGSEDEDIDYFQDMPSDDEEEEAIYYEDFFDKPTKEPVKKHSDVKDPKEDEELDEEEHDSAMDKVKLDLFADEEDEPNAEGVGEASDKNLSSFEKQQIEIRKQIEQLENEAVAEKKWSLKGEVKAKDRPEDALLTEELEFDRTAKPVPVITSEVTESLEDMIRRRIQDSNFDDLQRRTLLDITRKSQRPQFELSDVKSSKSLAEIYEDDYTRAEDESALSEELQKAHSEISELYANLVYKLDVLSSVHFVPKPASTSLEIRVETPTISMEDAQPLYMSNASSLAPQEIYNVGKAEKDGEIRLKNGVAMSKEELTREDKNRLRRALKRKRSKANLPNVNKRSKRNDVVDTLSKAKNITVINQKGEKKDVSGKTKKSRSGPDSTNIKL (3) For chains UA, UB and UC The authors don't know the sequence.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 90S small subunit pre-ribosome (Dhr1-depleted, Enp1-TAP)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMpotassium acetateCH3COOK1
220 mMHEPES-KHEPES-K1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: OD280=2
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 倍率（補正後）: 79545 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2055
画像スキャン横: 4000 / 縦: 4000

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13RELION1.4３次元再構成
画像処理詳細: detector is Falcon III
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 420755
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30995 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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