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- PDB-5wx3: Alkyldiketide-CoA synthase from Evodia rutaecarpa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wx3
タイトルAlkyldiketide-CoA synthase from Evodia rutaecarpa
要素Alkyldiketide-CoA synthase
キーワードTRANSFERASE / polyketidesynthase
機能・相同性
機能・相同性情報


polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Alkyldiketide-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetradium ruticarpum (ゴシュユ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Matsui, T. / Kodama, T. / Tadakoshi, T. / Morita, H.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: 2-Alkylquinolone alkaloid biosynthesis in the medicinal plant Evodia rutaecarpa involves collaboration of two novel type III polyketide synthases
著者: Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Tadakoshi, T. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H.
履歴
登録2017年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyldiketide-CoA synthase
B: Alkyldiketide-CoA synthase
C: Alkyldiketide-CoA synthase
D: Alkyldiketide-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,08212
ポリマ－176,6274
非ポリマー3,4548
水8,179454
1
A: Alkyldiketide-CoA synthase
C: Alkyldiketide-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0416
ポリマ－88,3142
非ポリマー1,7274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area24760 Å2
手法PISA
2
B: Alkyldiketide-CoA synthase
D: Alkyldiketide-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0416
ポリマ－88,3142
非ポリマー1,7274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.590, 84.120, 138.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Alkyldiketide-CoA synthase


分子量: 44156.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tetradium ruticarpum (ゴシュユ) / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: A0A1W7GKH6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細the sequence database references for this protein does not currently exist in the UniProt database. ...the sequence database references for this protein does not currently exist in the UniProt database. this sequence has already been deposited to GenBank as LC208543. residues from MET (-11) to SER 0 are expression tags.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M Ammonium sulfate, 25%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.04
反射解像度: 1.8→47.484 Å / Num. obs: 142923 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 17.37
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.910.4772.80.848197.8
1.91-2.040.2744.970.942199.6
2.04-2.20.1688.020.977199.6
2.2-2.410.10912.080.989199.6
2.41-2.70.07217.360.994199.6
2.7-3.110.04525.30.998199.7
3.11-3.810.02838.760.999199.5
3.81-5.370.02249.170.999199.5
5.37-47.4840.02351.030.999198

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.573
最高解像度最低解像度
Rotation39.74 Å2.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WD7

3wd7


解像度: 1.801→39.737 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.59
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 7290 5.1 %Random
Rwork0.1918 ---
obs0.1937 142922 99.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.2 Å2 / Biso mean: 29.6887 Å2 / Biso min: 10.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.801→39.737 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11385 0 212 454 12051
Biso mean--56.34 25.7 -
残基数----1461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89916099
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541777
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.177070
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.801-1.83210.37463360.33826379671590
1.8321-1.86540.31643580.2976801715995
1.8654-1.90130.30083560.27576758711495
1.9013-1.94010.28913550.25596741709695
1.9401-1.98220.25223590.23316818717795
1.9822-2.02840.25873550.2296758711395
2.0284-2.07910.23763560.22026754711095
2.0791-2.13530.26243600.20856845720595
2.1353-2.19810.2343570.20326791714895
2.1981-2.26910.22493560.19726761711795
2.2691-2.35010.24613590.20246810716995
2.3501-2.44420.25043560.19556768712495
2.4442-2.55540.24733590.19926826718595
2.5554-2.69010.26623590.19736814717395
2.6901-2.85860.23863570.20136796715395
2.8586-3.07930.22193610.19746845720695
3.0793-3.3890.21253590.1896833719295
3.389-3.8790.20413600.16186842720295
3.879-4.88570.1693630.13436891725495
4.8857-39.17430.19273660.17846943730994
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69260.04740.01290.49440.25061.0474-0.06220.12580.1503-0.02280.00680.0709-0.25250.03440.03370.2027-0.022-0.02740.11140.03290.1854-7.5366.155429.0249
21.13490.4002-0.00581.41530.03731.2457-0.0447-0.13190.22990.18860.030.0939-0.1911-0.06530.00360.19660.0317-0.00680.1104-0.02840.1856-18.54635.092146.553
38.0312-2.5468-5.05381.91461.82685.1736-0.1520.10680.13730.07970.03810.0872-0.0292-0.04520.10620.1647-0.0213-0.03010.05360.01160.1253-10.02072.045935.371
41.77590.4104-1.90191.6150.70353.3967-0.14930.0950.3484-0.01120.1704-0.14490.13390.051-0.06460.1469-0.0092-0.0350.11860.00230.144-10.3793-0.750829.419
54.8812-2.732-1.6025.77341.26422.6418-0.0506-0.11760.25560.17170.04790.5437-0.3858-0.59430.00410.18810.04710.00380.2594-0.06220.2793-32.99580.795941.3063
64.90424.45751.74514.5391.65450.6267-0.14020.212-0.3424-0.03480.1811-0.16070.00280.1746-0.02450.1873-0.00610.01390.1655-0.01760.2101-2.4206-10.755734.9734
71.6120.6686-0.00321.92420.06171.1860.01220.1538-0.0136-0.0553-0.01850.17960.0435-0.17540.00930.14170.0021-0.01960.1616-0.0190.1562-24.7822-8.766826.6454
84.4415-1.71091.91122.0001-0.77272.666-0.0886-0.1162-0.02560.01190.03030.3005-0.0865-0.47980.04590.1181-0.0028-0.01210.1757-0.04220.1977-29.9347-6.100932.3616
91.53240.4190.80560.50050.6031.55610.0229-0.0050.1728-0.0064-0.06260.0403-0.0022-0.05560.04810.1293-0.02210.00090.10680.00880.176431.81517.22629.1627
101.25130.07810.10840.43140.35521.41060.0517-0.1321-0.15270.1106-0.06450.03280.369-0.1430.01290.2294-0.0679-0.00760.15190.00950.19231.4013-4.944220.5088
111.180.30210.43290.66570.19950.42610.0297-0.14690.01250.1528-0.0114-0.01560.0321-0.0267-0.01740.2210.0036-0.00310.1231-0.00770.1506-0.4754-5.492357.7641
123.36232.0427-0.42382.1705-0.2190.6566-0.0143-0.07480.18180.1480.0220.0846-0.0204-0.031-0.00530.18580.01780.00710.109-0.02090.1457-1.4379-0.676558.4696
133.42850.2271-0.4062.2826-0.65013.51830.0884-0.3967-0.31940.4515-0.01220.63860.1531-0.5878-0.0810.2386-0.06350.05990.3565-0.03930.2669-24.0262-6.98565.2907
141.257-0.2281-0.17380.3809-0.02820.79790.0881-0.15330.35120.0244-0.07160.0688-0.42820.0579-0.02420.3073-0.0398-0.01330.1632-0.04620.2811-0.068212.740754.9484
152.80880.0145-0.19771.4938-0.31652.1340.1053-0.50350.30850.3683-0.12960.1188-0.1269-0.06910.02040.3126-0.04710.02230.281-0.09030.1888-8.3172.170973.2154
160.76390.3415-0.38431.9377-1.98574.08660.0739-0.50510.17030.2779-0.08240.2569-0.0684-0.24620.01340.3162-0.02670.08670.3636-0.08070.1848-18.0321.110171.2677
171.50170.23030.06410.67960.72421.02930.00560.3567-0.2491-0.04590.189-0.19710.29370.4925-0.00150.1960.07430.02350.3812-0.11270.281258.1583-4.90772.6435
182.9150.3769-0.67463.1331-3.42349.42610.02560.2375-0.08050.03480.2277-0.1326-0.06690.35-0.26510.14410.03180.02950.2456-0.12040.263356.4095-1.30394.3747
192.77450.2177-0.44861.5541.03751.6328-0.02850.0709-0.20810.10210.1214-0.19940.1920.5324-0.07840.15310.0754-0.01520.3226-0.07920.255462.7518-0.368513.5313
203.12731.90842.63491.19071.60742.2208-0.32250.62070.1747-0.40980.3819-0.0871-0.57510.5494-0.07550.266-0.08510.0330.35490.00960.275753.602513.05361.1704
214.3354-0.77971.52374.0944-0.49382.5854-0.0864-0.02680.27840.59120.3008-0.1147-0.25050.5318-0.2010.2402-0.01620.05130.4087-0.12820.336571.167811.555619.5063
221.7718-0.2241-0.06770.93130.71861.4308-0.00420.1499-0.0130.06090.2605-0.29020.00910.6513-0.20580.21720.05560.03630.5576-0.14480.365473.79312.05710.7894
235.087-2.47880.66612.855-0.59420.345-0.0827-0.2783-0.13780.15080.2251-0.34680.14330.5037-0.06090.19430.1059-0.0390.4686-0.09810.297470.48091.598120.9567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 132 )A9 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 133 through 174 )A133 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 175 through 199 )A175 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 200 through 219 )A200 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 220 through 240 )A220 - 240
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 241 through 264 )A241 - 264
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 265 through 349 )A265 - 349
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 350 through 383 )A350 - 383
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 9 through 155 )B9 - 155
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 156 through 383 )B156 - 383
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 9 through 174 )C9 - 174
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 175 through 219 )C175 - 219
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 220 through 240 )C220 - 240
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 241 through 268 )C241 - 268
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 269 through 349 )C269 - 349
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 350 through 383 )C350 - 383
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 9 through 174 )D9 - 174
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 175 through 199 )D175 - 199
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 200 through 240 )D200 - 240
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 241 through 264 )D241 - 264
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 265 through 300 )D265 - 300
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 301 through 349 )D301 - 349
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 350 through 383 )D350 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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