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- PDB-5wvx: Crystal Structure of bifunctional Kunitz type Trypsin /amylase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wvx
タイトルCrystal Structure of bifunctional Kunitz type Trypsin /amylase inhibitor (AMTIN) from the tubers of Alocasia macrorrhiza
要素Trypsin/chymotrypsin inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Kunitz type Trypsin inhibitor / Alpha amylase inhibitor
機能・相同性Proteinase inhibitor A/B / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / serine-type endopeptidase inhibitor activity / CITRIC ACID / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Trypsin/chymotrypsin inhibitor
機能・相同性情報
生物種Alocasia macrorrhizos (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.003 Å
データ登録者Palayam, M. / Radhakrishnan, M. / Lakshminarayanan, K. / Balu, K.E. / Ganapathy, J. / Krishnasamy, G.
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into a multifunctional inhibitor, 'AMTIN' from tubers of Alocasia macrorrhizos and its possible role in dengue protease (NS2B-NS3) inhibition.
著者: Palayam, M. / Ganapathy, J. / Balu, K.E. / Pennathur, G. / Krishnasamy, G.
履歴
登録2016年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat / Item: _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin/chymotrypsin inhibitor
B: Trypsin/chymotrypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4136
ポリマ－39,5862
非ポリマー8274
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.340, 84.340, 57.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Trypsin/chymotrypsin inhibitor


分子量: 19793.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alocasia macrorrhizos (植物) / 参照: UniProt: P35812
#2: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: Ammonium sulfate and citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年8月19日
放射モノクロメーター: CuK / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.003→84.34 Å / Num. obs: 8256 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.05494 / Net I/σ(I): 14.36
反射 シェル解像度: 3.003→3.111 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AVA

1ava


解像度: 3.003→84.34 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 44.35 / 位相誤差: 30.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3113 817 9.9 %
Rwork0.2786 --
obs0.2982 8256 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.003→84.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2244 0 54 0 2298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8173173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1981384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0062-3.19450.38511330.30021217X-RAY DIFFRACTION89
3.1945-3.44110.3841330.29761217X-RAY DIFFRACTION90
3.4411-3.78740.33761370.30551248X-RAY DIFFRACTION90
3.7874-4.33530.28631310.28211220X-RAY DIFFRACTION90
4.3353-5.46140.28981360.27311250X-RAY DIFFRACTION90
5.4614-59.64910.31491470.31931275X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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