ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (1.10.1_2155)精密化 | Aimless | 0.5.31データスケーリング | PHASER | 2.6.0位相決定 | PDB_EXTRACT | 3.22 | データ抽出 | XDS | GPLv2データ削減 | | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3V9D 解像度: 1.406→28.063 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.54 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2422 | 799 | 5.01 % |
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Rwork | 0.2218 | 15140 | - |
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obs | 0.2229 | 15939 | 98.91 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 59 Å2 / Biso mean: 31.9462 Å2 / Biso min: 23.48 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.406→28.063 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 568 | 0 | 88 | 656 |
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Biso mean | - | - | - | 42.69 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 28 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.011 | 636 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.199 | 978 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.063 | 110 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.01 | 28 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.341 | 272 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.406-1.4941 | 0.4063 | 116 | 0.366 | 2367 | 2483 | 94 | 1.4941-1.6094 | 0.3432 | 125 | 0.3056 | 2487 | 2612 | 100 | 1.6094-1.7714 | 0.2852 | 124 | 0.2412 | 2511 | 2635 | 100 | 1.7714-2.0276 | 0.2773 | 147 | 0.2371 | 2516 | 2663 | 100 | 2.0276-2.5543 | 0.234 | 144 | 0.241 | 2562 | 2706 | 100 | 2.5543-28.0683 | 0.2252 | 143 | 0.203 | 2697 | 2840 | 99 |
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精密化 TLS | S33: 0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.3466 | -0.675 | -0.4223 | 0.0258 | 0.1058 | 0.1649 | 0.1459 | -0.0686 | 0.012 | -0.1279 | 0.0192 | -0.012 | -0.068 | 0.0172 | 0.2283 | -0.0308 | -0.0453 | 0.2375 | 0.0478 | 0.2437 | 7.6169 | -11.7159 | -1.8263 | 2 | -0.2118 | -0.9871 | -0.1866 | 0.4614 | 0.7688 | 0.228 | 0.104 | -0.1028 | -0.0001 | -0.1131 | 0.0691 | 0.0358 | -0.0046 | 0.0916 | 0.2263 | -0.0637 | -0.0382 | 0.2024 | 0.0516 | 0.223 | 8.1674 | -11.921 | 2.1372 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 1 through 14 )A1 - 14 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'B' and (resid 1 through 14 )B1 - 14 | | | | |
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