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万見
- PDB-5wt7: FAS1-IV domain of Human Periostin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wt7
タイトルFAS1-IV domain of Human Periostin
要素Periostinペリオスチン
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / Periostin (ペリオスチン) / Integrin (インテグリン) / Cancer (悪性腫瘍) / Chronic allergic inflammation disease
機能・相同性
機能・相同性情報


bone regeneration / cellular response to vitamin K / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of Notch signaling pathway / tissue development / regulation of systemic arterial blood pressure / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / response to muscle activity / neuron projection extension ...bone regeneration / cellular response to vitamin K / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of Notch signaling pathway / tissue development / regulation of systemic arterial blood pressure / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / response to muscle activity / neuron projection extension / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of smooth muscle cell migration / response to mechanical stimulus / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cell adhesion molecule binding / extracellular matrix organization / 細胞外マトリックス / neuromuscular junction / ゴルジ体 / response to estradiol / heparin binding / cellular response to tumor necrosis factor / collagen-containing extracellular matrix / response to hypoxia / 細胞接着 / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FAS1 domain / FAS1 domain / TGF beta-induced protein/periostin / EMI domain / EMI domain profile. / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / Fasciclin domain / FAS1/BIgH3 domain profile. / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. ...FAS1 domain / FAS1 domain / TGF beta-induced protein/periostin / EMI domain / EMI domain profile. / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / Fasciclin domain / FAS1/BIgH3 domain profile. / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ペリオスチン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Yun, H. / Lee, C.W.
資金援助Korea, Democratic People's Republic Of, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation of KoreaNRF-2013R1A1A2009419 to C.W.LKorea, Democratic People's Republic Of
引用ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2018
タイトル: 1H,13C, and 15N resonance assignments of FAS1-IV domain of human periostin, a component of extracellular matrix proteins.
著者: Yun, H. / Kim, E.H. / Lee, C.W.
履歴
登録2016年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periostin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7111
ポリマ－15,7111
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8760 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)23 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Periostin / ペリオスチン / PN / Osteoblast-specific factor 2 / OSF-2


分子量: 15711.108 Da / 分子数: 1 / 断片: FAS1-IV domain, UNP residues 496-632 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POSTN, OSF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15063

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
213isotropic22D 1H-15N HSQC
224isotropic33D (H)CCH-TOCSY
234isotropic33D (H)CCH-COSY
244isotropic33D CCH-TOCSY
254isotropic23D HNCA
284isotropic23D HN(CO)CA
274isotropic23D HN(CA)CB
264isotropic23D CBCA(CO)NH
294isotropic23D HNCO
1103isotropic13D 1H-15N NOESY-HSQC
1113isotropic13D 1H-15N TOCSY-HSQC
3125isotropic22D 1H-13C HSQC
3135isotropic23D 1H-13C NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution3524 uM [U-99% 15N] Fasciclin1-IV, 90% H2O/10% D2O10 mM Sodium phosphate, 50 mM Sodium chloride, 0.04% Sodium azide, 10 uM DSS15N FAS1-IV90% H2O/10% D2O
solution4587 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Fasciclin1-IV, 90% H2O/10% D2O10 mM Sodium phosphate, 50 mM Sodium chloride, 0.04% Sodium azide, 10 uM DSS13C and 15N FAS1-IV90% H2O/10% D2O
solution5587 uM [U-100% 13C] Fasciclin1-IV, 100% D2O10 mM Sodium phosphate, 50 mM Sodium chloride, 0.04% Sodium azide, 10 uM DSS13C and 15N FAS1-IV100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
524 uMFasciclin1-IV[U-99% 15N]3
587 uMFasciclin1-IV[U-99% 13C; U-99% 15N]4
587 uMFasciclin1-IV[U-100% 13C]5
試料状態
Conditions-IDIonic strength unitsLabelpH圧 (kPa)温度 (K)詳細
1Not defined15N FAS1-IV7.0 ambient atm288 K
2Not defined13C and 15N FAS1-IV7.0 ambient atm288 K
3Not defined13C and 15N FAS1-IV7.0 ambient atm288 K100% D2O

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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