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- PDB-5wqg: Structure of fungal meroterpenoid isomerase Trt14 complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wqg
タイトルStructure of fungal meroterpenoid isomerase Trt14 complexed with terretonin D
要素Isomerase trt14
キーワードISOMERASE / meroterpenoid / terretonin
機能・相同性: / 異性化酵素 / terpenoid biosynthetic process / isomerase activity / methyl / Isomerase trt14
機能・相同性情報
生物種Aspergillus terreus NIH 2624 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mori, T. / Matsuda, Y. / Abe, I.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Molecular basis for the unusual ring reconstruction in fungal meroterpenoid biogenesis
著者: Mori, T. / Iwabuchi, T. / Hoshino, S. / Wang, H. / Matsuda, Y. / Abe, I.
履歴
登録2016年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isomerase trt14
B: Isomerase trt14
C: Isomerase trt14
D: Isomerase trt14
E: Isomerase trt14
F: Isomerase trt14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,60515
ポリマ－109,9416
非ポリマー1,6649
水3,441191
1
A: Isomerase trt14
C: Isomerase trt14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2025
ポリマ－36,6472
非ポリマー5553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
2
B: Isomerase trt14
D: Isomerase trt14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2025
ポリマ－36,6472
非ポリマー5553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
3
E: Isomerase trt14
F: Isomerase trt14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2025
ポリマ－36,6472
非ポリマー5553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.440, 47.130, 121.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Isomerase trt14 / Terretonin synthesis protein 14


分子量: 18323.566 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus terreus NIH 2624 (カビ)
株: NIH 2624 / 遺伝子: trt14, ATEG_10082 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0C8A2, 異性化酵素
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-7MI / methyl (2S,4aR,4bS,5S,6aS,10aS,10bS,12aS)-2,4b,7,7,10a,12a-hexamethyl-12-methylidene-5-oxidanyl-1,4,6,8-tetrakis(oxidanylidene) -5,6a,9,10,10b,11-hexahydro-4aH-naphtho[1,2-h]isochromene-2-carboxylate / methyl (2S,4aR,4bS,5S,6aS,10aS,10bS,12aS)-5-hydroxy-2,4b,7,7,10a,12a-hexamethyl-12-methylene-1,4,6,8-tetraoxohexadecahydro-2H-n aphtho[1,2-h]isochromene-2-carboxylate


分子量: 474.543 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H34O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Imidazole (pH 8.0), 10% PEG 8000, 100mM Ca(OAc)2, 2% 1-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 47601 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.39 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.37
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 3.4 % / Num. unique obs: 7487 / CC1/2: 0.826 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WQF

5wqf


解像度: 2.3→36.478 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 2378 5 %
Rwork0.1957 --
obs0.1981 47576 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.478 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6681 0 108 191 6980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9919393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6712802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611074
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2977-2.34460.31791310.27152494X-RAY DIFFRACTION93
2.3446-2.39560.36421370.2562608X-RAY DIFFRACTION98
2.3956-2.45130.32591400.25812659X-RAY DIFFRACTION99
2.4513-2.51260.28941360.24612591X-RAY DIFFRACTION97
2.5126-2.58050.3231400.22912661X-RAY DIFFRACTION100
2.5805-2.65640.30381390.22472631X-RAY DIFFRACTION98
2.6564-2.74210.30381410.2352680X-RAY DIFFRACTION100
2.7421-2.84010.31091390.21072642X-RAY DIFFRACTION98
2.8401-2.95380.261400.20092654X-RAY DIFFRACTION98
2.9538-3.08810.2581390.22362651X-RAY DIFFRACTION100
3.0881-3.25090.311400.21792659X-RAY DIFFRACTION99
3.2509-3.45440.2911400.19452665X-RAY DIFFRACTION99
3.4544-3.72090.20781410.1852672X-RAY DIFFRACTION99
3.7209-4.09490.21621410.17542686X-RAY DIFFRACTION99
4.0949-4.68630.17441430.15782718X-RAY DIFFRACTION99
4.6863-5.90030.21711440.18442720X-RAY DIFFRACTION99
5.9003-36.4830.21611470.17552807X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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