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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wpw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of coconut allergen cocosin | ||||||
![]() | 11S globulin isoform 1 | ||||||
![]() | ALLERGEN / 11S globulin / seed storage protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jin, T. / Zhang, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Cocosin, A Potential Food Allergen from Coconut (Cocos nucifera) 著者: Jin, T. / Wang, C. / Zhang, C. / Wang, Y. / Chen, Y.W. / Guo, F. / Howard, A. / Cao, M.J. / Fu, T.J. / McHugh, T.H. / Zhang, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3c3vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48178.266 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 43-466 / 変異: A398E, V416I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.24 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.7M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.847→50 Å / Num. obs: 55347 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / CC1/2: 0.869 / % possible all: 92.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3C3V 解像度: 1.847→29.947 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 36.32
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.847→29.947 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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