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- PDB-5wpj: Structure of the class II 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA reductas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wpj
タイトルStructure of the class II 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA reductase from Streptococcus pneumoniae bound to NADPH in open conformations
要素3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA reductase / HMG-CoA / conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA reductase / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADH) activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #660 / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, bacterial-type / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #660 / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, bacterial-type / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase / 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Miller, B.R. / Kung, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116029 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Features and Domain Movements Controlling Substrate Binding and Cofactor Specificity in Class II HMG-CoA Reductase.
著者: Miller, B.R. / Kung, Y.
履歴
登録2017年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,9459
ポリマ－185,8314
非ポリマー1,1145
水29,7791653
1
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8455
ポリマ－92,9162
非ポリマー9303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area28180 Å2
手法PISA
2
C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1004
ポリマ－92,9162
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9970 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area29330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.990, 84.000, 94.210
Angle α, β, γ (deg.)108.16, 100.60, 109.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase / HMG-CoA reductase


分子量: 46457.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: mvaA, mvaA_1, mvaA_3, AWW74_09880, ERS019416_00185, ERS019687_00346, ERS020135_00205, ERS020138_01692, ERS020141_01867, ERS020145_01986, ERS020146_01579, ERS020155_00051, ERS020158_01777, ...遺伝子: mvaA, mvaA_1, mvaA_3, AWW74_09880, ERS019416_00185, ERS019687_00346, ERS020135_00205, ERS020138_01692, ERS020141_01867, ERS020145_01986, ERS020146_01579, ERS020155_00051, ERS020158_01777, ERS020520_02006, ERS020525_01644, ERS020528_00536, ERS020531_01915, ERS020532_00514, ERS020539_01756, ERS020726_02213, ERS020726_02223, ERS020822_01277, ERS021354_03805, ERS021629_07183, ERS021733_05462, ERS232524_02161, ERS367337_00780, ERS409444_00519
プラスミド: pSKB3
詳細 (発現宿主): N-terminal hexa-his-tag with kanomycin cassette
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D6J7E8, UniProt: Q8DNS5*PLUS, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, pH 8.5, 100-250 mM lithium sulfate, 30-40% PEG4000
Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月21日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→72.72 Å / Num. obs: 95302 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 20.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1159 / Net I/σ(I): 5.02
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4474 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QAE

3qae


解像度: 2→72.72 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 4683 4.91 %
Rwork0.164 --
obs0.167 95287 93.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→72.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11861 0 72 1653 13586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812183
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24316552
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7554461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471920
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062159
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02280.32451310.28132956X-RAY DIFFRACTION92
2.0228-2.04660.32491440.25853022X-RAY DIFFRACTION92
2.0466-2.07150.30591460.25273032X-RAY DIFFRACTION93
2.0715-2.09770.30511440.23723009X-RAY DIFFRACTION94
2.0977-2.12530.27221500.23163068X-RAY DIFFRACTION94
2.1253-2.15450.28931610.22063003X-RAY DIFFRACTION93
2.1545-2.18520.29721350.21233064X-RAY DIFFRACTION94
2.1852-2.21790.28911390.20583023X-RAY DIFFRACTION93
2.2179-2.25250.26011660.20613023X-RAY DIFFRACTION93
2.2525-2.28950.25931410.19863088X-RAY DIFFRACTION94
2.2895-2.32890.27071560.18363035X-RAY DIFFRACTION93
2.3289-2.37130.25881490.18822986X-RAY DIFFRACTION93
2.3713-2.41690.21421400.18093041X-RAY DIFFRACTION92
2.4169-2.46620.27391560.18262944X-RAY DIFFRACTION91
2.4662-2.51990.2361270.18012852X-RAY DIFFRACTION87
2.5199-2.57850.26491410.16873068X-RAY DIFFRACTION94
2.5785-2.6430.23641940.16233042X-RAY DIFFRACTION95
2.643-2.71440.23991660.16723016X-RAY DIFFRACTION94
2.7144-2.79430.23481700.16033058X-RAY DIFFRACTION94
2.7943-2.88450.24721780.15923046X-RAY DIFFRACTION95
2.8845-2.98760.22851750.15633057X-RAY DIFFRACTION95
2.9876-3.10720.20151410.15133039X-RAY DIFFRACTION94
3.1072-3.24860.2391680.15313062X-RAY DIFFRACTION94
3.2486-3.41990.21261590.14082974X-RAY DIFFRACTION92
3.4199-3.63420.20991600.13712800X-RAY DIFFRACTION87
3.6342-3.91480.17591620.12413016X-RAY DIFFRACTION94
3.9148-4.30870.14311580.11233117X-RAY DIFFRACTION97
4.3087-4.9320.16951610.11213135X-RAY DIFFRACTION96
4.932-6.21330.19661880.14453050X-RAY DIFFRACTION95
6.2133-72.7720.19161770.17052978X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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