[日本語] English
万見
- PDB-5woq: Crystal structure of an XRE family protein transcriptional regula... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5woq
タイトルCrystal structure of an XRE family protein transcriptional regulator from Mycobacterium smegmatis
要素Transcriptional regulator ClgR
キーワードTRANSCRIPTION / NIAID / structural genomics / transcription factor / tuberculosis / clgR / resistance / Rv2745c / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator ClgR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an XRE family protein transcriptional regulator from Mycobacterium smegmatis
著者: Edwards, T.E. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2017年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator ClgR
B: Transcriptional regulator ClgR
C: Transcriptional regulator ClgR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3203
ポリマ－39,3203
非ポリマー00
水2,162120
1
A: Transcriptional regulator ClgR

A: Transcriptional regulator ClgR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2142
ポリマ－26,2142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area1620 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional regulator ClgR
C: Transcriptional regulator ClgR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2142
ポリマ－26,2142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.500, 54.870, 60.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator ClgR


分子量: 13106.833 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: clgR, MSMEG_2694, MSMEI_2628 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QVU1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: MysmA.01657.a.B1.PS38057 at 18.6 mg/mL against JCSG+ F3 0.1 M Tris pH 8.0, 20% MPD, crystal tracking ID 285293f3, unique puck ID quf9-9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 23311 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.986 % / Biso Wilson estimate: 34.16 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 26.54
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 5.018 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Num. unique obs: 1720 / CC1/2: 0.893 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(1.12_2829)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F51

3f51


解像度: 1.95→31.74 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2365 1978 8.49 %
Rwork0.1919 --
obs0.1958 23304 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.76 Å2 / Biso mean: 50.0117 Å2 / Biso min: 20.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→31.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1829 0 0 120 1949
Biso mean---48.57 -
残基数----248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7132624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6751246
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.94750.29821140.268415431657100
1.9475-2.00010.31671430.263314921635100
2.0001-2.0590.30251400.24415461686100
2.059-2.12540.27761340.240615021636100
2.1254-2.20140.27781610.218315081669100
2.2014-2.28950.26371330.218215091642100
2.2895-2.39370.28761260.224315451671100
2.3937-2.51980.28351300.203515191649100
2.5198-2.67760.24771560.206815011657100
2.6776-2.88420.25931470.208615281675100
2.8842-3.17420.21851540.190515051659100
3.1742-3.6330.23361440.177115291673100
3.633-4.5750.1921470.152715361683100
4.575-31.74430.22011490.18331563171299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.8181-6.5129-6.78088.46916.11695.41350.7068-0.62470.7441-0.91690.0486-0.7222-1.00990.7207-0.66730.3493-0.04060.01580.3102-0.01640.276815.846-23.3206-15.7957
23.55182.094-0.07275.4112-1.23725.450.3743-0.9694-0.07890.0268-0.20570.31240.3455-0.2706-0.14670.3462-0.0366-0.03250.29080.06540.3088.127-31.8088-10.5939
39.8897-6.34581.51725.2018-1.4030.40740.34350.34410.0982-0.44590.1444-0.33630.51030.69690.03410.39590.03330.09940.38240.02950.371918.078-32.1475-17.4537
45.0112-1.4463-2.86357.24094.66063.903-0.0936-0.0024-0.1992-0.3645-0.11840.04270.0831-0.06650.17230.3346-0.04090.00610.33790.04640.21263.9985-25.1166-19.1201
52.33350.059-4.11132.896-0.66429.30820.5226-1.46090.41840.4495-0.1319-0.277-1.22180.9548-0.36860.5003-0.08980.02430.4021-0.04020.340217.1079-15.9783-22.6404
65.42091.9248-3.33618.1243-2.64586.9403-0.02020.4990.0065-0.33290.1315-0.1004-0.00890.007-0.08090.2029-0.0046-0.00630.3493-0.0230.1849.024-17.14190.0523
78.09010.6826-0.60638.8518-1.33998.37420.1871-0.8054-0.46850.2153-0.2059-0.0940.46730.53010.01410.2089-0.01180.00810.29820.01940.19117.0367-22.545810.1466
85.36752.9249-3.64185.27130.29947.24710.2749-0.4477-0.2316-0.1110.0708-0.0982-0.20190.5962-0.34180.1892-0.0531-0.0140.332-0.09110.280415.4794-14.48640.2642
92.91810.6781-1.46366.31241.05121.19220.6269-0.69821.34720.2260.3064-0.4724-0.97810.641-0.6150.7678-0.31270.30440.617-0.25980.783916.76435.52724.6423
100.6564-0.1118-0.29781.6225-0.13641.55310.7871-0.76580.83480.34180.42240.2583-1.1590.5271-0.35890.916-0.35630.34550.3946-0.30580.767610.50462.8135.3925
113.4514-2.68384.20685.4817-2.39556.2814-0.68490.31190.21460.26490.7124-1.1393-0.35220.5833-0.00680.3952-0.12390.05580.643-0.31620.656625.7849-8.56643.5188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 20 )A2 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 42 )A21 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 49 )A43 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 50 through 63 )A50 - 63
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 64 through 81 )A64 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 19 )B1 - 19
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 20 through 49 )B20 - 49
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 50 through 85 )B50 - 85
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 3 through 31 )C3 - 31
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 32 through 63 )C32 - 63
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 64 through 85 )C64 - 85

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る