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- PDB-5wol: Crystal structure of dihydrodipicolinate reductase DapB from Coxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wol
タイトルCrystal structure of dihydrodipicolinate reductase DapB from Coxiella burnetii
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / amino acid biosynthesis / L-lysine biosynthesis / NADPH / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrodipicolinate reductase, conserved site / Dihydrodipicolinate reductase signature. / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-PE3 / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of dihydrodipicolinate reductase DapB from Coxiella burnetii
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2017年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0837
ポリマ－26,2661
非ポリマー1,8176
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.605, 78.795, 84.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-460-

HOH

21A-490-

HOH

31A-512-

HOH

41A-605-

HOH

51A-618-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / HTPA reductase


分子量: 26266.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxiella burnetii (strain RSA 493 / Nine Mile phase I) (バクテリア)
株: RSA 493 / Nine Mile phase I / 遺伝子: dapB, CBU_1709 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: P24703, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

-
非ポリマー , 5種, 233分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-6PC / PYRIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / PICOLINIC ACID / ピコリン酸


分子量: 123.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2
#5: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 2% (w/v) PEG400, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 27235 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 44.96
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.706 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique obs: 1309 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.333 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2733: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREPSIMBAD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YL5

1yl5


解像度: 1.7→28.746 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.43
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2176 1273 4.92 %RANDOM
Rwork0.1777 ---
obs0.1797 25853 94.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1757 0 86 227 2070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.272607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.405741
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6996-1.76760.23861070.2131841X-RAY DIFFRACTION65
1.7676-1.8480.2353990.20222568X-RAY DIFFRACTION89
1.848-1.94540.27171570.20732816X-RAY DIFFRACTION99
1.9454-2.06730.21291720.1822831X-RAY DIFFRACTION100
2.0673-2.22690.20451650.17312827X-RAY DIFFRACTION100
2.2269-2.45080.21491580.17432862X-RAY DIFFRACTION100
2.4508-2.80520.21051210.17552904X-RAY DIFFRACTION100
2.8052-3.53330.20161180.17162940X-RAY DIFFRACTION100
3.5333-28.75020.21631760.16752991X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5883-0.4094-0.42571.11730.43690.85110.17720.14180.1293-0.1956-0.0867-0.0226-0.2431-0.10660.06960.39140.1120.15670.1831-0.01640.24319.3977-7.54089.9703
20.8194-0.5524-0.4850.52920.34350.28780.0170.1372-0.1413-0.1718-0.0235-0.20730.20240.27330.05460.1930.08480.11210.271-0.07960.265826.2646-12.590922.3274
31.03720.15180.15450.61840.22210.55980.0491-0.0039-0.13430.03270.0432-0.17510.10440.1841-0.06240.02840.0583-0.04230.0783-0.03910.07712.7944-11.234939.3109
40.9565-0.23280.98840.6478-0.25121.71410.0514-0.022-0.07940.0355-0.0009-0.0510.12810.0708-0.09880.03680.0357-0.06180.0351-0.0140.03325.4415-13.126340.659
50.7557-0.2595-0.3920.61550.08170.83160.13460.12630.0358-0.2520.0446-0.3162-0.0570.16890.10170.11940.02190.07980.1558-0.10040.190618.2904-2.504327.7894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:79)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 80:113)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 114:157)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 158:198)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 199:239)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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