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- PDB-5wmj: KVWGSI segment from Superoxide Dismutase 1,residues 30-35 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wmj
タイトルKVWGSI segment from Superoxide Dismutase 1,residues 30-35
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid Fibril
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / retrograde axonal transport / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / superoxide metabolic process / heart contraction / superoxide dismutase / positive regulation of catalytic activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / neuronal action potential / ectopic germ cell programmed cell death / ovarian follicle development / positive regulation of phagocytosis / axon cytoplasm / embryo implantation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / glutathione metabolic process / : / positive regulation of superoxide anion generation / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / locomotory behavior / determination of adult lifespan / sensory perception of sound / placenta development / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / regulation of blood pressure / small GTPase binding / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / Platelet degranulation / gene expression / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
trifluoroacetic acid / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sangwan, S. / Sawaya, M. / Eisenberg, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG054022 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Atomic structures of corkscrew-forming segments of SOD1 reveal varied oligomer conformations.
著者: Sangwan, S. / Sawaya, M.R. / Murray, K.A. / Hughes, M.P. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4943
ポリマ－1,3802
非ポリマー1141
水1086
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,97512
ポリマ－5,5198
非ポリマー4564
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z2
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_645x+3/2,-y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_535x+1/2,-y-3/2,-z1
crystal symmetry operation4_635x+3/2,-y-3/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)9.518, 20.282, 44.249
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 689.823 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-36 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸


分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Reservoir solution contained 4M Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→100 Å / Num. obs: 1738 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 11623
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.4-1.453.10.551320.986175
1.45-1.5130.4781410.705177
1.51-1.5850.5031680.873184.4
1.58-1.666.10.4261650.816191.2
1.66-1.766.20.3761700.732195
1.76-1.980.3281820.853189.2
1.9-2.0990.1821731.093194.5
2.09-2.398.60.1591871.147193.5
2.39-3.028.40.1561931.092196.5
3.02-1007.20.0792271.282197

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACK1.98.7データスケーリング
PHASER2.52位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2 ANTI-PARALLEL BETA STRANDS

解像度: 1.4→22.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.1566 / WRfactor Rwork: 0.1474 / FOM work R set: 0.8693 / SU B: 1.26 / SU ML: 0.047 / SU R Cruickshank DPI: 0.0866 / SU Rfree: 0.0714 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1698 157 9.1 %RANDOM
Rwork0.1707 ---
obs0.1706 1564 89.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 26.04 Å2 / Biso mean: 5.399 Å2 / Biso min: 2.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2--0.34 Å2-0 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→22.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数98 0 7 7 112
Biso mean--12.58 17.75 -
残基数----12
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02120
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0021.913165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6293253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.078512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.21203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.81519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1960.216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.0229
LS精密化 シェル解像度: 1.398→1.434 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 5 -
Rwork0.28 77 -
all-82 -
obs--64.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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