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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wmb | |||||||||
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タイトル | Structure of the 10S (-)-cis-BP-dG modified Rev1 ternary complex (the BP residue is disordered) | |||||||||
要素 |
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キーワード | transferase/dna / benzo[a]pyrene Rev1 polymerase carcinogen lesion bypass / DNA BINDING PROTEIN / transferase-dna complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding ...deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / chromatin / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Rechkoblit, O. / Kolbanovsky, A. / Landes, H. / Geacintov, N.E. / Aggarwal, A.K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Mechanism of error-free replication across benzo[a]pyrene stereoisomers by Rev1 DNA polymerase. 著者: Rechkoblit, O. / Kolbanovskiy, A. / Landes, H. / Geacintov, N.E. / Aggarwal, A.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wmb.cif.gz | 130.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wmb.ent.gz | 94.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wmb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/5wmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/5wmb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#1: DNA鎖 | 分子量: 3798.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 5037.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#3: タンパク質 | 分子量: 49452.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: REV1, YOR346W, O6339 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus 参照: UniProt: P12689, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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-非ポリマー , 6種, 178分子
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-DCP / | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 化合物 | ChemComp-PEG / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.25 M sodium citrate pH 6.0 buffer 15-20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→65.83 Å / Num. obs: 26824 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 18.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2AQ4 解像度: 2.25→65.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.251 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.837 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.25→65.83 Å
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拘束条件 |
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