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- PDB-5wmb: Structure of the 10S (-)-cis-BP-dG modified Rev1 ternary complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wmb
タイトルStructure of the 10S (-)-cis-BP-dG modified Rev1 ternary complex (the BP residue is disordered)
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*(DDG))-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*C)-3')
  • DNA repair protein REV1
キーワードtransferase/dna / benzo[a]pyrene Rev1 polymerase carcinogen lesion bypass / DNA BINDING PROTEIN / transferase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / : / : / : / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding ...deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / : / : / : / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / chromatin / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1490 / DNA repair protein Rev1 / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / Ubiquitin-binding motif (UBM) domain profile. / BRCT domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1490 / DNA repair protein Rev1 / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / Ubiquitin-binding motif (UBM) domain profile. / BRCT domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / BRCT domain superfamily / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Helix non-globular / Special / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Translesion synthesis protein REV1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Rechkoblit, O. / Kolbanovsky, A. / Landes, H. / Geacintov, N.E. / Aggarwal, A.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R01 CA200575 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R01 ES024050 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Mechanism of error-free replication across benzo[a]pyrene stereoisomers by Rev1 DNA polymerase.
著者: Rechkoblit, O. / Kolbanovskiy, A. / Landes, H. / Geacintov, N.E. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*(DDG))-3')
T: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*C)-3')
A: DNA repair protein REV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,76220
ポリマ－58,2893
非ポリマー1,47317
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area22610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.307, 65.476, 131.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*(DDG))-3')


分子量: 3798.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5037.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 DNA repair protein REV1 / Reversionless protein 1


分子量: 49452.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: REV1, YOR346W, O6339 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus
参照: UniProt: P12689, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
非ポリマー , 6種, 178分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.25 M sodium citrate pH 6.0 buffer 15-20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→65.83 Å / Num. obs: 26824 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 18.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AQ4

2aq4


解像度: 2.25→65.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.251 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2171 1345 5 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
obs0.17223 25424 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.837 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3 Å20 Å20 Å2
2--1.91 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→65.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3436 552 91 161 4240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0184290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.8655890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01138685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8615448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03624.051158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.22315652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7091522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02881
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.263.4781759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2573.4751758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5335.2012206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5345.2032207
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2954.3422531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.284.3422531
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2436.4113681
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.42142.3474857
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.40442.2094825
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.247→2.305 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 91 -
Rwork0.249 1802 -
obs--97.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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