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万見
- PDB-3vkt: Assimilatory nitrite reductase (Nii3) - NH2OH complex from tobbac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vkt
タイトルAssimilatory nitrite reductase (Nii3) - NH2OH complex from tobbaco leaf
要素Nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3 alpha/beta domains / reductase / siroheme / Fe4S4 / hydroxylamine
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-nitrite reductase / ferredoxin-nitrite reductase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 2 - #20 / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 2 / Nitrite/sulphite reductase iron-sulphur/sirohaem-binding site / Nitrite and sulfite reductases iron-sulfur/siroheme-binding site. / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily ...Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 2 - #20 / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 2 / Nitrite/sulphite reductase iron-sulphur/sirohaem-binding site / Nitrite and sulfite reductases iron-sulfur/siroheme-binding site. / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROXYAMINE / : / IRON/SULFUR CLUSTER / SIROHEME / Nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Nakano, S. / Takahashi, M. / Sakamoto, A. / Morikawa, H. / Katayanagi, K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: The reductive reaction mechanism of tobacco nitrite reductase derived from a combination of crystal structures and ultraviolet-visible microspectroscopy
著者: Nakano, S. / Takahashi, M. / Sakamoto, A. / Morikawa, H. / Katayanagi, K.
履歴
登録2011年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年12月27日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8727
ポリマ－66,4611
非ポリマー1,4116
水19,0961060
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.514, 133.514, 77.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1114-

HOH

21A-1258-

HOH

31A-1468-

HOH

41A-1909-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Nitrite reductase / NII3


分子量: 66460.898 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-587 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: nii3 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q76KB0, ferredoxin-nitrite reductase

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非ポリマー , 6種, 1066分子

#2: 化合物 ChemComp-SRM / SIROHEME


分子量: 916.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H44FeN4O16
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-HOA / HYDROXYAMINE / ヒドロキシルアミン


分子量: 33.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H3NO
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1060 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, Tris-HCl, MgCl2, MPD, NH2OH, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月19日 / 詳細: Two dimensional focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) Double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 170763 / Num. obs: 170763 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Χ2: 1.132 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.3-1.3513.40.4654.94168050.54399.3
1.35-1.413.30.3796.04167950.55799.2
1.4-1.4613.20.3057.73168440.56199
1.46-1.5413.10.23310.34168900.59699.5
1.54-1.6413.10.17913.84169550.64399.7
1.64-1.7613.10.1418.64170550.71199.9
1.76-1.9413.30.11327.29171050.96399.9
1.94-2.2213.60.1138.88171751.925100
2.22-2.813.80.08451.24172941.821100
2.8-5014.30.06975.31178452.67899.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B0G

3b0g


解像度: 1.3→37.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / WRfactor Rfree: 0.1565 / WRfactor Rwork: 0.1474 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9219 / SU B: 0.487 / SU ML: 0.022 / SU R Cruickshank DPI: 0.0399 / SU Rfree: 0.0396 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1643 8554 5 %RANDOM
Rwork0.1541 ---
all0.1546 170703 --
obs0.1546 170703 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.66 Å2 / Biso mean: 13.7358 Å2 / Biso min: 3.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.23 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.116 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→37.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4246 0 76 1060 5382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.9945997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0215537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.24524.195205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.58515784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1921537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.22351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.23079
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0890.2934
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1110.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4341.52680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86524344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41431752
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3154.51641
LS精密化 シェル解像度: 1.299→1.333 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 602 -
Rwork0.176 11635 -
all-12237 -
obs-12237 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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