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- PDB-5wm9: Crystal Structure of TetR family regulator Rv0078 from Mycobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wm9
タイトルCrystal Structure of TetR family regulator Rv0078 from Mycobacterium tuberculosis
要素Rv0078
キーワードTRANSCRIPTION / Mycobacterium tuberculosis / Rv0078 / TetR
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable transcriptional regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85000290276 Å
データ登録者Hsu, H.C. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI070285 米国
引用ジャーナル: MBio / 年: 2018
タイトル: Cytokinin Signaling in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Samanovic, M.I. / Hsu, H.C. / Jones, M.B. / Jones, V. / McNeil, M.R. / Becker, S.H. / Jordan, A.T. / Strnad, M. / Xu, C. / Jackson, M. / Li, H. / Darwin, K.H.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rv0078
B: Rv0078
C: Rv0078
D: Rv0078
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2007
ポリマ－93,9124
非ポリマー2883
水8,053447
1
A: Rv0078
D: Rv0078
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0523
ポリマ－46,9562
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
2
B: Rv0078
C: Rv0078
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1484
ポリマ－46,9562
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)224.909, 67.075, 56.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.187, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 7 or resseq 10 or resseq...A7
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要素

#1: タンパク質
Rv0078 / transcriptional regulatory protein


分子量: 23477.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv0078 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O53623
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 1.3 M lithium sulfate
PH範囲: 6.4-6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月21日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→111.01 Å / Num. obs: 67749 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 22.6440283861 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 9693 / CC1/2: 0.88 / Rpim(I) all: 0.261 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PHENIX1.10.1_2155位相決定
PHENIX1.10.1_2155モデル構築
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85000290276→36.3782148197 Å / SU ML: 0.227919634992 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3378407559 / 位相誤差: 24.7458719766
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.240324718465 3427 5.0604686877 %
Rwork0.207406524933 64294 -
obs0.209026281237 67721 96.1618198341 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.6814423048 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85000290276→36.3782148197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5925 0 15 447 6387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005098125467746017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6716294580028159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0436333001873947
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005512637224451073
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.99195345073677
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.87640.3058682320361470.2835959810972609X-RAY DIFFRACTION94.4158958547
1.8764-1.90440.3053295197291140.2655447646232658X-RAY DIFFRACTION94.9315068493
1.9044-1.93420.287589303711640.2524903031682618X-RAY DIFFRACTION94.6258503401
1.9342-1.96590.3168084317781360.2386724455742641X-RAY DIFFRACTION95.7916522939
1.9659-1.99980.2639570917871460.2297236540862636X-RAY DIFFRACTION95.2413557001
1.9998-2.03620.2496899270811550.2231769915252661X-RAY DIFFRACTION96.0109103307
2.0362-2.07530.2923720120611470.2282379525272639X-RAY DIFFRACTION95.5746140652
2.0753-2.11770.2781103818141410.2250094766612633X-RAY DIFFRACTION96.2526023595
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2.1637-2.2140.2802053436221310.2184352674432678X-RAY DIFFRACTION96.529209622
2.214-2.26940.2572128766431380.2189793171132644X-RAY DIFFRACTION95.8979662185
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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