[日本語] English
万見
- PDB-1rkt: Crystal structure of yfiR, a putative transcriptional regulator f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rkt
タイトルCrystal structure of yfiR, a putative transcriptional regulator from Bacillus subtilis
要素protein yfiR
キーワードTRANSCRIPTION / transcription regulator / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
YfiR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...YfiR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YfiR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Anderson, W.F. / Rajan, S.S. / Yang, X. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of YfiR, an unusual TetR/CamR-type putative transcriptional regulator from Bacillus subtilis.
著者: Rajan, S.S. / Yang, X. / Shuvalova, L. / Collart, F. / Anderson, W.F.
履歴
登録2003年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN The UNK atoms (UNX residues) are placed in unidentified positive density which most ...HETEROGEN The UNK atoms (UNX residues) are placed in unidentified positive density which most likely belongs to a ligand that was carried through purification of the protein. Alignment with structural homologs also indicated this to be the probable binding site of the ligand.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: protein yfiR
B: protein yfiR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,80741
ポリマ－47,8072
非ポリマー039
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.983, 48.765, 57.233
Angle α, β, γ (deg.)71.96, 70.65, 80.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSTHRTHRAA4 - 564 - 56
21THRTHRTHRTHRBB6 - 566 - 56
32GLUGLULYSLYSAA57 - 20557 - 205
42GLUGLULYSLYSBB57 - 20557 - 205

-
要素

#1: タンパク質 protein yfiR


分子量: 23903.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yfiR / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: O31560
#2: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 39 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 10mM CaCl2, 0.1M MES, 30% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月14日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 35124 / Num. obs: 33929 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 16.318
反射 シェル解像度: 1.95→1.97 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 88.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.164 / SU ML: 0.121 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25417 1653 5 %RANDOM
Rwork0.20808 ---
obs0.21047 31133 96.99 %-
all-31133 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.601 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å21.85 Å2-0.3 Å2
2---1.94 Å20.34 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3296 0 39 123 3458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0213455
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9471.9634663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91737305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4275424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.3857
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2440.33574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.52065
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.5214
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.320
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3540.371
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3010.521
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3781.52070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.44223341
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.32331385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.7494.51322
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3135 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.820.05
tight thermal5.240.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.316 123
Rwork0.28 2268
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8044-0.59330.1028.70451.11145.1437-0.2244-0.01710.1298-0.11440.0863-0.5987-0.02580.67120.13820.14850.01110.00890.2670.05130.010150.538851.64071.3012
21.1116-0.2256-0.35831.3444-0.05111.55560.04460.2950.078-0.0925-0.14760.0748-0.0666-0.03950.10310.09910.0323-0.03540.08730.00570.142245.377345.477526.2841
36.86480.4751.92749.4376-1.71877.07030.06250.2497-0.6428-0.45350.1264-0.06970.2148-0.2304-0.18890.14550.09680.07250.2018-0.04230.196165.820510.681121.2686
41.02030.0587-0.33561.7472-0.68111.85870.04950.02910.041-0.0252-0.0785-0.12410.0860.26860.0290.0676-0.0044-0.02880.0552-0.00250.066449.68226.935734.4021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 562 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2AA57 - 20557 - 205
3X-RAY DIFFRACTION3BB6 - 566 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4BB57 - 20557 - 205

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る