PDB-3ang: Crystal structure of Thermus thermophilus FadR in complex with E....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ang

タイトル

Crystal structure of Thermus thermophilus FadR in complex with E. coli-derived dodecyl-CoA

要素

Transcriptional repressor, TetR family

キーワード

TRANSCRIPTION / All alpha protein / Tetracyclin repressor-like / C-terminal domain / Transcriptional Repressor / DNA Binding / Acyl-CoA

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Agari, Y. / Sakamoto, K. / Agari, K. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A.

引用

ジャーナル: Microbiology / 年: 2011
タイトル: TetR-family transcriptional repressor Thermus thermophilus FadR controls fatty acid degradation.
著者: Agari, Y. / Agari, K. / Sakamoto, K. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A.

履歴

登録	2010年9月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ang.cif.gz	183 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ang.ent.gz	147 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ang.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/3ang ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/3ang	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3anpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3anp-2 3anp-1 2f07-d 3lhq-d 3hgy-1 3eup-d 5wm9-1 3qbm-d 5xaz-4 3hta-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Transcriptional repressor, TetR family

A: Transcriptional repressor, TetR family

D: Transcriptional repressor, TetR family

B: Transcriptional repressor, TetR family

ヘテロ分子

98.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Transcriptional repressor, TetR family

D: Transcriptional repressor, TetR family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Transcriptional repressor, TetR family

B: Transcriptional repressor, TetR family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.182, 104.857, 109.816
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transcriptional repressor, TetR family 分子量: 23711.828 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 2-203 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0101 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 株 (発現宿主): B834 (DE3) transformed by pRARE2 which derived from Rosetta 2 (DE3) 参照: UniProt: Q5SM42
#2: 化合物	ChemComp-DCC / DODECYL-COA 分子量: 949.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₅₈N₇O₁₇P₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	Mosaicity (°)
1	3.01	59.14	0.614
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	8.5	20% PEG 3350, 0.2M DIAMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 8.5
293	2	蒸発脱水法	8.8	10% PEG 6000, 0.1M TRIS-HCL, 0.2M DIAMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, PH 8.8, EVAPORATION, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9789 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月6日
詳細: vertically bent two dimensional focusing mirror coated in Rhodium

放射

モノクロメーター: Fixed exit Si double crystal monochromater
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9789 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.6 % / Av σ(I) over netI: 42.78 / 数: 347357 / R_merge(I) obs: 0.09 / Χ²: 1.41 / D res high: 2.25 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 53003 / % possible obs: 98.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.85	50	99.8	1	0.048	2.407	5.9
3.85	4.85	100	1	0.063	2.637	6.6
3.36	3.85	100	1	0.07	1.873	6.9
3.05	3.36	100	1	0.085	1.227	7
2.83	3.05	100	1	0.12	1.089	7.1
2.67	2.83	100	1	0.169	1.027	7.1
2.53	2.67	99.9	1	0.208	0.969	7
2.42	2.53	99.3	1	0.237	0.93	6.5
2.33	2.42	94.6	1	0.263	0.866	5.9
2.25	2.33	86.9	1	0.271	0.882	5.2

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 55061 / Num. obs: 55061 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / Χ²: 2.154 / Net I/σ(I): 15.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.25-2.33	6.1	0.213	11	5307	1.839	97.4
2.33-2.42	7.2	0.158	14.3	5449	1.216	100
2.42-2.53	7.2	0.128	18.1	5456	1.285	100
2.53-2.67	7.1	0.113	21.5	5458	1.411	100
2.67-2.83	7.1	0.096	27	5499	1.632	100
2.83-3.05	7	0.077	36.3	5469	1.857	100
3.05-3.36	6.9	0.069	46.2	5516	2.434	100
3.36-3.85	6.5	0.068	54	5529	3.615	99.9
3.85-4.85	6.3	0.056	62.1	5582	3.779	99.7
4.85-50	5.7	0.041	61.9	5796	2.896	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing dm

FOM : 0.65 / FOM acentric: 0.65 / FOM centric: 0.68 / 反射: 48664 / Reflection acentric: 44564 / Reflection centric: 4100

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.4-32.795	0.88	0.91	0.79	2400	1864	536
4-6.4	0.89	0.9	0.8	7220	6312	908
3.2-4	0.86	0.87	0.78	8916	8090	826
2.8-3.2	0.72	0.72	0.69	8742	8096	646
2.4-2.8	0.5	0.5	0.48	14451	13589	862
2.3-2.4	0.31	0.31	0.36	6935	6613	322

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.12	位相決定
RESOLVE	2.12	位相決定
CNS	1.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.25→47.31 Å / R_factor R_free error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7969 / Data cutoff high absF: 2509401 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	5545	10.2 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
all	0.224	54515	-	-
obs	-	54515	99 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 38.3808 Å² / k_sol: 0.37 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.37 Å² / B_iso mean: 33.2045 Å² / B_iso min: 8.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-12.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.25 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.34 Å	0.27 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.38 Å	0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6428	0	244	335	7007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	18.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.25
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.05	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.88	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.51	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.86	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.39 Å / R_factor R_free error: 0.013 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	879	10.2 %
R_work	0.308	7759	-
all	-	8638	-
obs	-	8638	95.6 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep.param	dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	carbohydrate.param	carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION	6	dcc_prodrug.param	dcc_prodrug.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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