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- PDB-3qbm: Crystal structure of a TetR transcriptional regulator (Caur_2221)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qbm
タイトルCrystal structure of a TetR transcriptional regulator (Caur_2221) from CHLOROFLEXUS AURANTIACUS J-10-FL at 1.80 A resolution
要素TetR transcriptional regulator
キーワードtranscription regulator / DNA/RNA-BINDING THREE-HELICAL BUNDLE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Regulatory protein TetR
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a TetR transcriptional regulator (Caur_2221) from CHLOROFLEXUS AURANTIACUS J-10-FL at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR transcriptional regulator
B: TetR transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,41913
ポリマ－44,3712
非ポリマー1,04811
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.335, 106.449, 45.577
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 198 / Label seq-ID: 2 - 199

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 TetR transcriptional regulator / Regulatory protein TetR


分子量: 22185.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
株: J-10-fl / 遺伝子: Caur_2221 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A9WFT0
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M MgCl2, 20.0% PEG-8000, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537,0.9796,0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
20.97961
30.97931
反射解像度: 1.8→27.255 Å / Num. all: 34688 / Num. obs: 34688 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 16.78 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.852.40.5392.2610925730.53998.9
1.85-1.92.40.4581.5605525410.45898.2
1.9-1.952.40.3751.8581324390.37598.5
1.95-2.012.40.2832.4569623890.28398.5
2.01-2.082.40.2372.6554123270.23798.4
2.08-2.152.40.1744536922350.17498.2
2.15-2.232.40.1554.5505421160.15597.8
2.23-2.322.40.1373.5495520710.13797.8
2.32-2.432.40.1215.7477119950.12198.1
2.43-2.552.40.1016.8458418960.10197.1
2.55-2.682.40.0887.7426317760.08896.7
2.68-2.852.40.0768.9402116720.07696.3
2.85-3.042.40.06610.4381415840.06696
3.04-3.292.40.05412340514420.05495.6
3.29-3.62.30.04414313813460.04494.7
3.6-4.022.30.04512.4277511900.04594.7
4.02-4.652.60.0510.5279610930.0596.4
4.65-5.692.50.0481222869070.04895.7
5.69-8.052.50.0441417997070.04495.6
8.05-27.2552.50.033189653890.03392.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
SCALA3.3.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→27.255 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 5.424 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.13
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3.ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4.WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5.MAGNESIUM (MG) AND POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENTS (PEG AND PGE) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2132 1730 5 %RANDOM
Rwork0.1647 ---
obs0.1672 34661 97.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.3 Å2 / Biso mean: 23.7212 Å2 / Biso min: 8.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å2-0.03 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3060 0 68 311 3439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223309
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.9734491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96735568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9325436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.46622.368152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29315564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2171540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.79532033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5523828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.74753290
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.74881276
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.122111180
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2399 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.585
LOOSE THERMAL2.5110
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 129 -
Rwork0.22 2434 -
all-2563 -
obs--98.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53870.393-0.1741.1649-0.48620.21930.1159-0.07270.040.2223-0.11060.0097-0.10850.0748-0.00530.0612-0.04820.00490.0634-0.01390.016-7.7506-45.24433.1964
20.49540.5817-0.07071.1147-0.27880.3775-0.00110.04030.0651-0.06750.01150.0741-0.02860.0188-0.01050.0232-0.00060.00390.0302-0.0090.0236-13.2814-47.2505-20.3399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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