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万見
- PDB-5wl5: Crystal structure of chalcone isomerase engineered from ancestral... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wl5
タイトルCrystal structure of chalcone isomerase engineered from ancestral inference (ancR5)
要素Engineered Chalcone Isomerase ancR5
キーワードISOMERASE / chalcone isomerase / naringenin / flavanone
機能・相同性10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase - #10 / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / Chalcone isomerase / 3-Layer(bba) Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.513 Å
データ登録者Burke, J.R. / Kaltenbach, M. / Tawfik, D.S. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Evolution of chalcone isomerase from a noncatalytic ancestor.
著者: Kaltenbach, M. / Burke, J.R. / Dindo, M. / Pabis, A. / Munsberg, F.S. / Rabin, A. / Kamerlin, S.C.L. / Noel, J.P. / Tawfik, D.S.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Engineered Chalcone Isomerase ancR5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2235
ポリマ－23,8991
非ポリマー3244
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.510, 65.510, 117.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-461-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Engineered Chalcone Isomerase ancR5


分子量: 23899.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 3.5mM ammonium sulfate and 100mM TAPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→57.19 Å / Num. obs: 40583 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.3 % / Net I/σ(I): 18.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB:4DOI

4doi


解像度: 1.513→57.188 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1908 1999 4.93 %
Rwork0.1785 --
obs0.1791 40569 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.513→57.188 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1597 0 16 280 1893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0732469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.845690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.513-1.55080.24091390.20582677X-RAY DIFFRACTION100
1.5508-1.59280.20981410.19632711X-RAY DIFFRACTION100
1.5928-1.63960.17321400.18842717X-RAY DIFFRACTION100
1.6396-1.69260.22011390.18612691X-RAY DIFFRACTION100
1.6926-1.75310.18681430.18892734X-RAY DIFFRACTION100
1.7531-1.82330.22521410.18532721X-RAY DIFFRACTION100
1.8233-1.90630.18351410.19092718X-RAY DIFFRACTION100
1.9063-2.00680.19811410.18862738X-RAY DIFFRACTION100
2.0068-2.13250.22221430.17942751X-RAY DIFFRACTION100
2.1325-2.29720.21161410.17342742X-RAY DIFFRACTION100
2.2972-2.52830.20361440.18212778X-RAY DIFFRACTION100
2.5283-2.89420.20721440.1872790X-RAY DIFFRACTION100
2.8942-3.64630.18711480.17522833X-RAY DIFFRACTION100
3.6463-57.22870.15491540.16382969X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46670.8764-0.33421.7318-0.26691.03910.09240.00310.15640.463-0.1905-0.3408-0.62260.4510.00160.308-0.1764-0.080.22770.0740.238290.573167.488228.5028
21.07450.1459-0.751.6475-1.53821.88740.2023-0.05290.16160.4403-0.18950.085-0.5944-0.01420.00360.3087-0.03970.02570.0607-0.00810.123578.223169.238427.5295
30.85550.2044-0.39281.578-0.73611.64740.01510.2914-0.0409-0.33960.14240.34030.295-0.5835-0.07950.2099-0.0104-0.00230.17690.03260.160472.224265.88349.4226
40.24490.428-0.17141.6014-1.14361.7384-0.0139-0.0786-0.00070.0134-0.084-0.1961-0.13370.14460.07590.1582-0.00550.01710.07860.01890.133582.514567.270516.5785
51.33890.4316-0.81912.1824-0.17371.09910.1145-0.67580.29960.9989-0.2410.0059-1.090.20750.04520.6364-0.1380.03760.1819-0.0532-0.015679.216771.955135.9091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 100 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 101 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 140 through 196 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 197 through 212 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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