PDB-5wk7: P450cam mutant R186A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wk7

タイトル

P450cam mutant R186A

要素

Camphor 5-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / salt bridge interaction / proton coupled electron transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.983 Å

データ登録者

Batabyal, D. / Poulos, T.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Effect of Redox Partner Binding on Cytochrome P450 Conformational Dynamics.
著者: Batabyal, D. / Richards, L.S. / Poulos, T.L.

履歴

登録	2017年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wk7.cif.gz	183.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wk7.ent.gz	142.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wk7_validation.pdf.gz	809.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wk7_full_validation.pdf.gz	814.4 KB	表示
XML形式データ	5wk7_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	5wk7_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/5wk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/5wk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wk9C 2cppS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2a1n-1 1t85-d 4l4b-d 2h7q-d 2a1n-2 1geb-d 2zuj-d 4g3r-2 1gjm-d 6we6-2 2z97-d 1yrc-d 2h7s-2 1dz6-2 4g3r-1 3wrl-2 6wpl-d 2zaw-d 1dz4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Camphor 5-monooxygenase

ヘテロ分子

47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.820, 58.420, 57.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Camphor 5-monooxygenase / Cytochrome P450-cam / Cytochrome P450cam 分子量: 46601.895 Da / 分子数: 1 / 変異: R186A, C334A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camC, cyp101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CAH / 5-EXO-HYDROXYCAMPHOR / (1R,4R)-5α-ヒドロキシボルナン-2-オン分子量: 168.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 50mM Tris, pH 7.4, 400mM KCl, 32% PEG4000, 1.2 mM D-camphor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.127 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月28日
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→55 Å / Num. obs: 25277 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.2 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.046 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1788 / CC_1/2: 0.817 / R_pim(I) all: 0.313 / R_sym value: 0.429 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CPP

2cpp

解像度: 1.983→45.239 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2153	2003	7.94 %
R_work	0.1632	-	-
obs	0.1674	25241	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.983→45.239 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3197	0	56	210	3463

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3345
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.237	4570
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.188	1242
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	493
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	601

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9831-2.0327	0.3113	147	0.2383	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0327-2.0876	0.2901	131	0.2137	1644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0876-2.1491	0.2478	147	0.1928	1637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1491-2.2184	0.2202	136	0.1797	1653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2184-2.2977	0.2557	147	0.1753	1648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2977-2.3897	0.2357	140	0.1714	1656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3897-2.4985	0.2229	144	0.1688	1651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4985-2.6302	0.2228	139	0.1713	1652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6302-2.7949	0.2623	143	0.1787	1657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7949-3.0107	0.2618	142	0.1769	1677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0107-3.3136	0.2141	146	0.168	1640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3136-3.7929	0.1911	143	0.1553	1690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7929-4.7778	0.1701	148	0.128	1676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7778-45.2504	0.1939	150	0.154	1697	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8722	-0.5631	-0.742	0.7215	0.4125	1.5591	0.077	-1.1941	0.1245	0.0996	0.1787	-0.0569	-0.0481	0.3648	-0.1194	0.2582	-0.0657	0.0444	0.5996	-0.1042	0.2256	60.228	-12.9398	27.2543
2	1.8389	-0.5266	-0.1813	0.8683	0.1906	0.632	0.0881	0.107	0.0582	0.024	-0.0675	-0.0379	-0.0207	0.0564	-0.0409	0.1734	-0.0066	-0.0083	0.1287	0.0216	0.2037	68.653	-11.0722	0.5164
3	1.9132	-0.374	-1.7062	1.977	0.1207	2.5921	0.3626	-0.1672	0.4532	0.1035	0.0786	-0.3436	-0.2054	0.2674	-0.2193	0.3253	0.0161	0.0128	0.2355	0.004	0.4103	61.4149	1.139	1.8876
4	3.8286	0.0718	-0.0788	1.3985	-0.1782	2.3696	-0.0775	0.2354	0.3364	-0.0507	0.0804	0.2004	0.0757	-0.4379	-0.1175	0.2126	0.0124	-0.0038	0.1908	0.0314	0.2449	54.6894	-9.2445	-4.3381
5	3.2279	-0.1746	-0.8718	0.5054	0.0331	0.5318	-0.0618	-0.6514	-0.4006	0.0723	-0.0047	0.0042	0.0691	0.2025	0.0723	0.205	0.011	-0.003	0.2346	0.0429	0.1954	70.996	-21.0106	14.9434
6	2.212	0.2049	-0.6497	0.4642	-0.4301	0.693	0.1946	-0.8271	0.51	0.1467	-0.225	0.1172	-0.1104	0.2943	-0.132	0.2035	-0.0752	0.0084	0.3138	-0.1824	0.3178	86.8505	-8.0025	11.2113
7	3.2287	0.0184	1.5682	0.6197	-0.4702	1.877	0.1922	-0.4664	0.6163	0.2704	0.0338	0.0681	-0.0686	-0.0193	0.0077	0.23	-0.0145	-0.0005	0.2572	-0.0422	0.2312	80.6698	-12.7057	12.2931

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 89 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 90 through 170 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 171 through 213 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 214 through 251 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 267 through 377 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 378 through 414 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 253 through 266 )

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