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- PDB-5wiv: Structure of the sodium-bound human D4 Dopamine receptor in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wiv
タイトルStructure of the sodium-bound human D4 Dopamine receptor in complex with Nemonapride
要素D(4) dopamine receptor, soluble cytochrome b562 chimera
キーワードSIGNALING PROTEIN/ANTAGONIST / GPCR / dopamine receptor / antagonist / sodium / SIGNALING PROTEIN-ANTAGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / positive regulation of sodium:proton antiporter activity / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / response to histamine / epinephrine binding / dopamine neurotransmitter receptor activity / Dopamine receptors / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / dopamine binding / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity ...positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / positive regulation of sodium:proton antiporter activity / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / response to histamine / epinephrine binding / dopamine neurotransmitter receptor activity / Dopamine receptors / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / dopamine binding / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / behavioral response to ethanol / regulation of dopamine metabolic process / fear response / G protein-coupled serotonin receptor activity / inhibitory postsynaptic potential / positive regulation of kinase activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / norepinephrine binding / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / arachidonic acid secretion / dopamine metabolic process / social behavior / behavioral response to cocaine / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / potassium channel regulator activity / negative regulation of protein secretion / behavioral fear response / response to amphetamine / adult locomotory behavior / electron transport chain / positive regulation of MAP kinase activity / regulation of circadian rhythm / SH3 domain binding / intracellular calcium ion homeostasis / rhythmic process / G alpha (i) signalling events / postsynapse / chemical synaptic transmission / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / centrosome / glutamatergic synapse / dendrite / heme binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dopamine D4 receptor / Dopamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Nemonapride / OLEIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Soluble cytochrome b562 / D(4) dopamine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.143 Å
データ登録者Wacker, D. / Wang, S. / Levit, A. / Che, T. / Betz, R.M. / McCorvy, J.D. / Venkatakrishnan, A.J. / Huang, X.-P. / Dror, R.O. / Shoichet, B.K. / Roth, B.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01MH112205 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)HHSN-271-2013-00017-C 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)U19MH082441 米国
University of North CarolinaUNC Michael Hooker Chair for Protein Therapeutics and Translational Proteomics 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: D4 dopamine receptor high-resolution structures enable the discovery of selective agonists.
著者: Wang, S. / Wacker, D. / Levit, A. / Che, T. / Betz, R.M. / McCorvy, J.D. / Venkatakrishnan, A.J. / Huang, X.P. / Dror, R.O. / Shoichet, B.K. / Roth, B.L.
履歴
登録2017年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D(4) dopamine receptor, soluble cytochrome b562 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,40725
ポリマ－45,3071
非ポリマー4,10124
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.861, 162.836, 83.181
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1206-

PO4

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 D(4) dopamine receptor, soluble cytochrome b562 chimera / D(2C) dopamine receptor / Dopamine D4 receptor / Cytochrome b-562


分子量: 45306.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: DRD4, cybC / プラスミド: pFastBac1-HM / 発現宿主: Insecta (節足動物) / 参照: UniProt: P21917, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 6種, 91分子

#2: 化合物 ChemComp-AQD / Nemonapride / N-[(2R,3R)-1-benzyl-2-methylpyrrolidin-3-yl]-5-chloro-2-methoxy-4-(methylamino)benzamide / (+)-ネモナプリド


分子量: 387.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26ClN3O2 / コメント: 抗精神病薬*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 5.9-6.2, 100-140 mM ammonium phosphate dibasic, 180-200 mM sodium chloride, 34% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月11日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.143→30 Å / Num. obs: 24926 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 47.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.214 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.2130.6590.6520.4080.7810.5585.7
2.21-2.283.60.6310.6780.3540.7290.55191.5
2.28-2.374.20.6050.7550.3120.6850.59697.5
2.37-2.464.70.5230.8480.2580.5860.6498.7
2.46-2.575.10.4650.8580.2220.5180.64299
2.57-2.715.50.3790.9140.1740.420.70299.3
2.71-2.885.90.2890.9520.1270.3170.8399.6
2.88-3.160.2240.9680.0980.2450.96399.7
3.1-3.415.70.1610.9760.0730.1781.34699.5
3.41-3.95.90.1050.9910.0460.1161.78599
3.9-4.925.70.080.9930.0360.0892.32898.8
4.92-305.50.0730.9930.0340.0812.42697.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5WIU

5wiu


解像度: 2.143→29.687 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 1237 4.97 %
Rwork0.1953 23675 -
obs0.1969 24912 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.95 Å2 / Biso mean: 59.9002 Å2 / Biso min: 35.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.143→29.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2781 0 263 67 3111
Biso mean--72.39 56.96 -
残基数----379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0754214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006513
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0931148
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.143-2.22880.28391000.26212223232383
2.2288-2.33020.26151450.25092554269995
2.3302-2.4530.24991290.232653278299
2.453-2.60660.23981370.21352664280199
2.6066-2.80770.22831320.19412682281499
2.8077-3.090.24141480.197826962844100
3.09-3.53650.24071460.199627042850100
3.5365-4.45320.23031410.17832707284899
4.4532-29.68960.20321590.18752792295198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0249-0.95410.19171.34830.03081.20170.01150.0095-0.11410.01290.10510.24720.0361-0.0979-0.10150.3429-0.0324-0.04030.33580.01150.3308-17.93361.3923-13.3452
22.12781.0929-0.06971.32090.04080.2381-0.0655-0.1590.51660.2097-0.0260.1087-0.10790.12990.08970.5749-0.0294-0.01860.5013-0.04220.5618-15.6708-40.1533-10.5752
31.2765-0.6919-0.28931.7773-0.51921.00830.03110.1074-0.2196-0.3880.02650.20180.2011-0.0306-0.02010.3989-0.0066-0.04280.4047-0.00130.3871-12.3322-0.2475-21.7619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 227 )A32 - 227
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1001 through 1106 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 383 through 465 )A383 - 465

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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