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- PDB-5wif: Crystal structure of spermidine/spermine N-acetyltransferase SpeG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wif
タイトルCrystal structure of spermidine/spermine N-acetyltransferase SpeG from Yersinia pestis
要素Spermidine N1-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / polyamines / GNAT / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BORIC ACID / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / Spermidine acetyltransferase / Spermidine acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of spermidine/spermine N-acetyltransferase SpeG from Yersinia pestis
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Shatsman, S. / Anderson, W.F.
履歴
登録2017年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spermidine N1-acetyltransferase
B: Spermidine N1-acetyltransferase
C: Spermidine N1-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0497
ポリマ－64,6643
非ポリマー3854
水72140
1
A: Spermidine N1-acetyltransferase
B: Spermidine N1-acetyltransferase
C: Spermidine N1-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Spermidine N1-acetyltransferase
B: Spermidine N1-acetyltransferase
C: Spermidine N1-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Spermidine N1-acetyltransferase
B: Spermidine N1-acetyltransferase
C: Spermidine N1-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Spermidine N1-acetyltransferase
B: Spermidine N1-acetyltransferase
C: Spermidine N1-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,19728
ポリマ－258,65512
非ポリマー1,54116
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
Buried area36680 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area87040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.596, 120.114, 122.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22C
13A
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRBB6 - 1739 - 176
21TYRTYRAA6 - 1739 - 176
12LYSLYSBB-1 - 1742 - 177
22LYSLYSCC-1 - 1742 - 177
13TYRTYRAA6 - 1739 - 176
23TYRTYRCC6 - 1739 - 176

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Spermidine N1-acetyltransferase / Spermidine acetyltransferase


分子量: 21554.619 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: speG, y1405, YP_2698 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q0WD68, UniProt: A0A5P8YIA2*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 44分子

#2: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M MIB buffer, 25% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月11日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 26195 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.9 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1292 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CNP

5cnp


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 21.766 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.258 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24189 1276 4.9 %RANDOM
Rwork0.18841 ---
obs0.19087 24919 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 73.548 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.22 Å2-0 Å20 Å2
2---4 Å2-0 Å2
3---5.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4280 0 22 40 4342
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194416
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9551.9585935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10239512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.935510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4623.691233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.30715806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7321530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02957
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8655.5212055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.865.5212054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6298.2682560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.6298.2692561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3335.8942361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3325.8942361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4868.6733376
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.48260.7714664
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.48260.7884665
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11B10746
12A10746
21B11040
22C11040
31A10788
32C10788
LS精密化 シェル解像度: 2.506→2.571 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 87 -
Rwork0.333 1716 -
obs--94.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7991.92171.355.5943-0.79758.0275-0.18360.1995-0.1855-0.1730.25940.68170.3777-0.5214-0.07580.0541-0.0149-0.00470.1034-0.0320.2259-22.0144128.051724.1404
26.14783.43390.30429.92810.64053.8916-0.2465-0.03580.4411-0.73730.44690.0476-0.01690.1517-0.20040.074-0.037-0.02270.0326-0.01680.0656-11.9605134.933917.0785
36.5144-0.47860.66732.48551.74064.2932-0.1261-0.4649-0.07740.02190.01840.52750.146-0.04680.10770.05850.02680.00580.0451-0.02170.2823-17.4373127.834828.1
46.3996-0.72072.06222.722-1.46581.4848-0.0939-0.39710.23060.5428-0.03360.3396-0.4027-0.13190.12750.27160.05150.01040.1533-0.10150.3105-14.856131.752235.1882
51.30460.20040.14947.0024-2.70483.04950.0144-0.18060.06171.01440.1110.3726-0.482-0.0495-0.12540.15630.00310.06640.0841-0.05060.066-9.2678139.640538.9015
615.9387-4.1017-3.40183.3345-1.72563.6947-0.3606-1.2772-0.14960.57290.74460.4026-0.4734-0.2003-0.3840.2790.01610.10050.24750.05230.0817-12.5191124.809648.6967
719.3652-8.7366-16.59933.94197.488914.2303-0.2444-0.4032-0.04550.10290.18340.02990.21490.34790.0610.1857-0.0581-0.11430.2750.03330.452933.2405154.364828.487
82.7716-1.3298-0.47352.87213.57728.6453-0.0022-0.1719-0.0985-0.3595-0.1116-0.31990.20850.21260.11380.27720.05560.11830.36990.11850.328921.4953136.236419.5676
93.4094-0.2849-2.04113.80490.06771.80080.0446-0.3306-0.103-0.0747-0.2005-0.16920.08760.22850.15580.0438-0.00350.00280.12420.03950.038912.8045136.337222.6227
106.8933-3.43411.21123.4264-0.5191.7443-0.0527-0.12980.12830.40020.006-0.1066-0.27220.23180.04670.1806-0.1075-0.06910.14760.02410.090116.7266149.293626.6208
112.04590.9807-0.40298.8707-2.45791.71840.1045-0.28840.13550.9838-0.11010.0005-0.28990.07750.00560.2033-0.0554-0.02670.1088-0.02440.02359.2942142.046239.4188
126.91663.88311.26564.46375.27349.3535-0.43160.31990.7898-0.26830.16790.4954-0.14940.03350.26370.1288-0.036-0.06260.04350.02940.258611.1453160.261729.0264
1310.80140.8448-3.09980.3865-1.27924.4332-0.02870.69080.27790.14110.0206-0.051-0.5431-0.28710.00810.12760.03850.07870.22140.09110.2207-33.6195162.368919.3104
144.0553.0834-0.76299.08112.32394.5903-0.02110.1631-0.11330.0991-0.0347-0.14980.3333-0.73770.05580.0445-0.01680.02430.2642-0.0060.0808-21.7041145.02383.9423
153.35131.7147-0.79871.49260.31994.4757-0.06070.26910.01990.0490.0019-0.10120.2545-0.43740.05880.0678-0.0084-0.01010.07630.00660.0573-12.0643146.93872.7563
166.79842.06393.4761.57561.85424.3164-0.15150.0560.3749-0.0214-0.03080.3349-0.6322-0.25710.18220.19280.09680.0450.10760.01520.1281-17.3476157.36828.8997
171.34760.1589-0.5981.480.955610.48860.05230.09880.41780.08650.03890.0578-0.8839-0.2659-0.09120.18860.0618-0.0080.0260.02050.1489-9.835165.468-1.5909
1812.92021.5567-3.17796.44120.14510.64420.4856-2.28370.52350.5687-0.40620.0985-0.90840.1944-0.07930.32610.00120.11060.4901-0.15220.2796-10.5432165.086319.0685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3A53 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4A76 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5A110 - 167
6X-RAY DIFFRACTION6A168 - 174
7X-RAY DIFFRACTION7B-1 - 6
8X-RAY DIFFRACTION8B7 - 24
9X-RAY DIFFRACTION9B28 - 93
10X-RAY DIFFRACTION10B94 - 118
11X-RAY DIFFRACTION11B119 - 165
12X-RAY DIFFRACTION12B166 - 175
13X-RAY DIFFRACTION13C0 - 6
14X-RAY DIFFRACTION14C7 - 24
15X-RAY DIFFRACTION15C27 - 86
16X-RAY DIFFRACTION16C87 - 119
17X-RAY DIFFRACTION17C120 - 164
18X-RAY DIFFRACTION18C165 - 174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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