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- PDB-5wi3: Structure of Acinetobacter baumannii carbapenemase OXA-239 K82D b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wi3
タイトルStructure of Acinetobacter baumannii carbapenemase OXA-239 K82D bound to cefotaxime
要素OXA-239
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / cell wall organization / beta-lactamase
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. enrichment culture clone 8407 (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Harper, T.M. / June, C.M. / Powers, R.A. / Leonard, D.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R15AI082416 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R15AI094489 米国
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Multiple substitutions lead to increased loop flexibility and expanded specificity in Acinetobacter baumannii carbapenemase OXA-239.
著者: Harper, T.M. / June, C.M. / Taracila, M.A. / Bonomo, R.A. / Powers, R.A. / Leonard, D.A.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02018年9月19日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: OXA-239
A: OXA-239
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3674
ポリマ－57,5722
非ポリマー7952
水4,161231
1
B: OXA-239
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1842
ポリマ－28,7861
非ポリマー3971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: OXA-239
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1842
ポリマ－28,7861
非ポリマー3971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.095, 143.032, 44.312
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 31 - 273 / Label seq-ID: 11 - 253

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

-
要素

#1: タンパク質 OXA-239


分子量: 28786.166 Da / 分子数: 2 / 変異: K82D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. enrichment culture clone 8407 (環境試料)
遺伝子: OXA-239 / Variant: K82D / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I6YCI1, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-CEF / CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form


分子量: 397.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15N5O5S2 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 100 mM NaH2PO4, 100 mM citric acid, 200 mM NaCl, 20% PEG 8000, pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07814 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→98.1 Å / Num. obs: 57689 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.811→1.817 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.949 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 542 / CC1/2: 0.873 / Rpim(I) all: 0.505 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K0X

4k0x


解像度: 1.81→80.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 5.389 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20458 2827 4.9 %RANDOM
Rwork0.17993 ---
obs0.18115 54798 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.969 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å20 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----1.87 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.81→80.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3730 0 52 231 4013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193925
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.9635332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00338350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7975496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9225.795176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.44715676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.21514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6672.3311951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6592.331950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7163.4742443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.723.4752444
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8822.7011974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8812.7041975
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8523.9182885
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.19829.0294424
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.19729.0364425
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14926 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 1.811→1.858 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 212 -
Rwork0.331 4007 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8817-0.3253-0.41986.02750.17451.7863-0.0657-0.1289-0.1656-0.2923-0.08720.13090.12010.08740.15290.0388-0.01020.01450.06820.03210.0959-24.1872.557-11.908
23.30910.1201-0.75571.54360.32221.85670.0519-0.10050.11180.130.0251-0.0663-0.09790.2215-0.07690.0266-0.0058-0.01590.0447-0.01620.043-8.28334.006-0.068
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B31 - 273
2X-RAY DIFFRACTION2A31 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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