PDB-5wgc: propionyl-DpsC in complex with oxetane-bearing probe

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wgc

タイトル

propionyl-DpsC in complex with oxetane-bearing probe

要素

Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme-probe complex

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolite biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces peucetius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Milligan, J.C. / Ellis, B.D. / White, A.R. / Vanderwal, C.D. / Tsai, S.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: An Oxetane-Based Polyketide Surrogate To Probe Substrate Binding in a Polyketide Synthase.
著者: Ellis, B.D. / Milligan, J.C. / White, A.R. / Duong, V. / Altman, P.X. / Mohammed, L.Y. / Crump, M.P. / Crosby, J. / Luo, R. / Vanderwal, C.D. / Tsai, S.C.

履歴

登録	2017年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wgc.cif.gz	270.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wgc.ent.gz	218.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wgc_validation.pdf.gz	972.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wgc_full_validation.pdf.gz	985.7 KB	表示
XML形式データ	5wgc_validation.xml.gz	30.5 KB	表示
CIF形式データ	5wgc_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/5wgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/5wgc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tt4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xsa-d 4xsb-d 5tt4-d 4xs9-d 2wkw-d 6pdl-4 6k8k-2 6pdl-2 4xs7-d 3lgx-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase

B: Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase

ヘテロ分子

76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.619, 91.619, 316.062
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase / DpsC 分子量: 37597.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア) 遺伝子: dpsC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q54816, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-AFY / (3-{[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]sulfanyl}oxetan-3-yl)acetic acid 分子量: 472.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₉N₂O₁₀PS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.06 M magnesium chloride, 0.6 M calcium chloride, 0.1 M imidazole, pH 7.0, 0.1 M MES, pH 6.7, 15% PEG4000, 30% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月25日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→70.909 Å / Num. obs: 43341 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.26
反射シェル	解像度: 2.15→2.2038 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.26 / CC_1/2: 0.978 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2124: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5TT4

5tt4

解像度: 2.15→70.909 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	2000	4.63 %
R_work	0.1785	-	-
obs	0.1801	43233	98.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→70.909 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5073	0	60	246	5379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5299
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.182	7232
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.797	3129
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	780
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	954

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2038	0.3243	137	0.2753	2825	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2038-2.2634	0.3286	137	0.2472	2834	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2634-2.33	0.2772	138	0.2328	2834	X-RAY DIFFRACTION	97
2.33-2.4052	0.2685	139	0.2185	2862	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4052-2.4911	0.2895	138	0.2144	2840	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4911-2.5909	0.2519	139	0.2	2864	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5909-2.7088	0.2897	140	0.1932	2899	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7088-2.8516	0.2574	141	0.1875	2924	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8516-3.0303	0.2123	144	0.1759	2939	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0303-3.2643	0.1883	145	0.1664	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2643-3.5927	0.1963	145	0.1573	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5927-4.1126	0.1687	147	0.1479	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1126-5.1812	0.1615	149	0.1497	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1812-70.9473	0.2126	161	0.1909	3314	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4945	0.1387	-0.4072	0.5009	-0.2225	0.3501	0.0893	0.0712	0.0879	0.0428	0.0061	0.1128	-0.0643	-0.0561	0.0003	0.1185	0.0436	0.0008	0.2513	0.0581	0.2071	26.2995	-21.6524	3.7852
2	0.3555	-0.2635	-0.1274	0.5512	-0.1772	0.2525	-0.014	0.0102	0.0431	0.028	0.0124	0.0563	-0.0117	0.043	-0	0.1317	0.0051	-0.0028	0.3527	0.0597	0.2149	34.1053	-29.7509	1.9378
3	0.2077	0.4472	-0.0285	0.9675	-0.0967	0.1714	-0.2529	-0.5114	0.0954	0.7039	0.125	0.3096	-0.3876	-0.1658	0.0654	0.5434	0.0767	-0.0553	0.6615	-0.0621	0.4226	48.1321	-25.2722	17.6652
4	0.6055	0.177	-0.0759	0.1517	-0.0112	0.0198	0.0116	0.1182	0.2591	-0.0183	0.0181	-0.0654	-0.1305	0.0233	0	0.2114	-0.0032	-0.0123	0.3734	0.1032	0.2872	40.3157	-18.7961	-7.4305
5	0.4979	-0.006	0.0091	0.4988	-0.279	0.1493	-0.0266	-0.1148	-0.0994	0.0928	-0.0271	-0.0929	-0.0343	0.1446	0.0005	0.1677	0.0601	0.0148	0.4042	0.0853	0.2197	37.519	-47.015	17.1332
6	0.08	0.1126	0.0305	0.2273	0.0906	0.1568	-0.0641	0.0357	-0.0014	-0.0221	0.0353	0.0291	-0.0446	0.1179	0.0001	0.1603	0.0134	0.0207	0.3653	0.0613	0.2619	35.8195	-44.0691	1.8279
7	0.0407	-0.003	0.0403	0.0971	-0.0132	0.0383	0.0383	-0.2802	0.2478	0.3664	-0.0471	0.0239	0.0857	-0.0839	-0.0001	0.2921	0.0449	0.0287	0.4583	0.0544	0.2657	28.4067	-42.4198	26.5155
8	0.1532	0.2015	-0.0489	0.328	0.0436	0.156	-0.0452	-0.1191	-0.1701	0.0058	0.0499	0.2038	0.0317	0.0636	0.0008	0.1218	0.05	0.0173	0.3589	0.036	0.2456	24.1657	-44.7124	6.6986
9	0.3443	-0.5308	0.0867	1.2304	-0.2581	0.0603	0.12	-0.4474	0.5001	0.6525	-0.1856	-0.1375	-0.3466	-0.006	-0.0085	0.4645	0.014	0.0419	0.5543	0.0115	0.3477	15.4391	-33.7885	22.2644
10	0.0756	-0.0651	0.0179	0.0522	-0.0119	0.002	0.019	0.1194	-0.114	0.0073	-0.0498	0.0007	-0.0513	-0.1227	-0.0002	0.1864	-0.0053	0.0114	0.3707	0.052	0.3085	11.9022	-50.7836	7.0613
11	0.1585	-0.1502	0.0841	0.1451	-0.0401	0.1913	-0.0056	-0.088	-0.0763	0.146	0.0325	0.0832	0.0646	-0.0581	0	0.2161	0.0333	0.0495	0.3783	0.1311	0.3257	23.7032	-59.0546	16.0309
12	0.2304	0.1927	-0.0975	0.1651	-0.0585	0.1486	-0.0868	-0.1513	-0.0112	0.0659	0.103	-0.1838	0.1726	-0.047	0.0002	0.1964	0.056	0.0166	0.3288	0.0925	0.3458	30.1749	-60.4893	7.8705

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 104 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 105 through 208 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 209 through 229 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 230 through 350 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 104 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 105 through 147 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 148 through 167 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 168 through 208 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 209 through 229 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 230 through 251 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 252 through 312 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 313 through 350 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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