PDB-5wec: Structure of an alternative pilotin from the type II secretion sy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wec

タイトル

Structure of an alternative pilotin from the type II secretion system of Vibrio cholerae

要素

Lipoprotein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / GENERAL SECRETORY PATHWAY / PILOTIN / SECRETIN / VC_1064 / EXSB

機能・相同性

: / Type 3 secretion system pilotin / Type III secretion system lipoprotein chaperone (YscW) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Lipoprotein

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.563 Å

データ登録者

Williamson, Z.A. / Reed, R.W. / Korotkov, K.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and function of a new pilotin from the type II secretion system of Vibrio cholerae
著者: Williamson, Z.A. / Reed, R.W. / Korotkov, K.V.

履歴

登録	2017年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wec.cif.gz	98.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wec.ent.gz	76.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wec_validation.pdf.gz	417.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wec_full_validation.pdf.gz	417.2 KB	表示
XML形式データ	5wec_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	5wec_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5wec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5wec	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2yh0-d 4jh1-d 6wi8-1 4xt0-d 1nki-d 3qaw-d 1z6u-d 3io8-1 1mpg-2 6y0e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipoprotein

B: Lipoprotein

25.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.890, 60.120, 73.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lipoprotein 分子量: 12875.714 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-143 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌) 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: VC0395_A0582 / プラスミド: pCDF-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3AJJ8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Lipoprotein

分子量: 12875.714 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-143 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: VC0395_A0582 / プラスミド: pCDF-NT / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3AJJ8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: rectangular prism
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES PH 6.5, 10% PEG6000, FINAL PH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月12日
詳細: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1

放射

モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.56→46.619 Å / Num. obs: 34736 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.347 % / B_iso Wilson estimate: 18.82 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 0.938 / Net I/σ(I): 10.55

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.56-1.6	3.98	0.954	1.38	2082	0.521	1.092	82.2
1.6-1.65	6.26	0.943	2.05	2483	0.723	1.027	99.1
1.65-1.7	6.655	0.784	2.66	2458	0.8	0.85	100
1.7-1.75	6.587	0.627	3.3	2348	0.863	0.681	99.9
1.75-1.8	6.487	0.484	4.08	2318	0.918	0.526	99.8
1.8-1.87	6.128	0.364	5.21	2215	0.941	0.398	99.6
1.87-1.94	6.762	0.259	7.05	2157	0.973	0.281	100
1.94-2.02	6.693	0.18	9.43	2055	0.987	0.195	99.9
2.02-2.11	6.601	0.144	11.31	2013	0.989	0.157	99.9
2.11-2.21	6.255	0.129	11.88	1886	0.99	0.141	99.6
2.21-2.33	6.539	0.111	13.99	1824	0.992	0.12	99.9
2.33-2.47	6.771	0.103	15.14	1720	0.993	0.111	100
2.47-2.64	6.68	0.094	16.12	1635	0.995	0.102	99.9
2.64-2.85	6.231	0.083	17.41	1510	0.994	0.09	99.9
2.85-3.13	6.658	0.071	20.85	1406	0.995	0.077	99.9
3.13-3.5	6.73	0.068	23.13	1276	0.996	0.074	99.8
3.5-4.04	6.347	0.068	23.81	1145	0.995	0.074	99.8
4.04-4.94	6.29	0.068	24.36	972	0.994	0.074	99.6
4.94-6.99	6.327	0.068	23.68	777	0.995	0.074	100
6.99-46.619	5.75	0.06	24.03	456	0.996	0.066	99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE	VERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170601	データスケーリング
PHASER	2.8.0	位相決定
PHENIX	1.12rc1_2815	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS	VERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170601	データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.563→46.619 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2089	3151	4.82 %	RANDON SELECTION
R_work	0.1822	-	-	-
obs	0.1834	34735	97.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.18 Å² / B_iso mean: 26.6838 Å² / B_iso min: 11.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.563→46.619 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1748	0	0	235	1983
B_iso mean	-	-	-	32	-
残基数	-	-	-	-	225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1792
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.725	2439
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	312
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.701	1096

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.563-1.5864	0.3187	77	0.3278	1770	1847	64
1.5864-1.6112	0.3512	124	0.3158	2714	2838	97
1.6112-1.6376	0.2768	143	0.287	2702	2845	99
1.6376-1.6658	0.2595	138	0.2676	2778	2916	100
1.6658-1.6961	0.2888	118	0.2588	2752	2870	100
1.6961-1.7287	0.2831	156	0.2492	2766	2922	100
1.7287-1.764	0.2343	136	0.2336	2764	2900	99
1.764-1.8024	0.2513	149	0.23	2713	2862	100
1.8024-1.8443	0.2569	152	0.2347	2723	2875	99
1.8443-1.8904	0.3066	127	0.2092	2795	2922	100
1.8904-1.9416	0.2447	139	0.2014	2762	2901	100
1.9416-1.9987	0.1897	137	0.1809	2743	2880	99
1.9987-2.0632	0.1979	159	0.1682	2721	2880	100
2.0632-2.1369	0.1906	139	0.1748	2758	2897	100
2.1369-2.2225	0.233	117	0.1735	2746	2863	99
2.2225-2.3236	0.1798	126	0.1662	2792	2918	100
2.3236-2.4461	0.1984	147	0.1663	2766	2913	100
2.4461-2.5994	0.1713	146	0.1863	2740	2886	100
2.5994-2.8001	0.2223	165	0.174	2751	2916	100
2.8001-3.0818	0.198	176	0.1766	2710	2886	100
3.0818-3.5276	0.2178	133	0.1654	2783	2916	100
3.5276-4.4439	0.1969	115	0.1523	2753	2868	100
4.4439-46.6395	0.1556	132	0.1615	2780	2912	100

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