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- PDB-5we0: Structural Basis for Shelterin Bridge Assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5we0
タイトルStructural Basis for Shelterin Bridge Assembly
要素
  • DNA-binding protein rap1
  • Protection of telomeres protein poz1
  • Protection of telomeres protein tpz1
キーワードGENE REGULATION / Telomere / Shelterin / Cooperativity
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleus leading edge / meiotic attachment of telomeric heterochromatin to spindle pole body / meiotic spindle pole body / mitotic telomere tethering at nuclear periphery / telomere-telomerase complex assembly / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / protection from non-homologous end joining at telomere / shelterin complex ...nucleus leading edge / meiotic attachment of telomeric heterochromatin to spindle pole body / meiotic spindle pole body / mitotic telomere tethering at nuclear periphery / telomere-telomerase complex assembly / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / protection from non-homologous end joining at telomere / shelterin complex / telomere maintenance via telomere lengthening / nuclear telomere cap complex / telomere capping / protein localization to chromosome, telomeric region / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / telomere organization / telomere maintenance / DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / S. pombe DNA-binding protein Rap1, C-terminal / Rap1 Myb domain / Rap1 Myb domain / Rap1, DNA-binding domain / Rap1, DNA-binding / TE2IP/Rap1 / Adrenocortical dysplasia protein / BRCT domain profile. / BRCT domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protection of telomeres protein poz1 / Protection of telomeres protein tpz1 / DNA-binding protein rap1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kim, J.-K. / Liu, J. / Hu, X. / Yu, C. / Roskamp, K. / Sankaran, B. / Huang, L. / Komives, E.-A. / Qiao, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098943 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Shelterin Bridge Assembly.
著者: Kim, J.K. / Liu, J. / Hu, X. / Yu, C. / Roskamp, K. / Sankaran, B. / Huang, L. / Komives, E.A. / Qiao, F.
履歴
登録2017年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protection of telomeres protein poz1
B: Protection of telomeres protein tpz1
C: DNA-binding protein rap1
D: Protection of telomeres protein poz1
E: Protection of telomeres protein tpz1
F: DNA-binding protein rap1
G: Protection of telomeres protein poz1
H: Protection of telomeres protein tpz1
I: DNA-binding protein rap1
J: Protection of telomeres protein poz1
K: Protection of telomeres protein tpz1
L: DNA-binding protein rap1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,27516
ポリマ－148,01312
非ポリマー2624
水5,711317
1
A: Protection of telomeres protein poz1
B: Protection of telomeres protein tpz1
C: DNA-binding protein rap1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0694
ポリマ－37,0033
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area14060 Å2
手法PISA
2
D: Protection of telomeres protein poz1
E: Protection of telomeres protein tpz1
F: DNA-binding protein rap1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0694
ポリマ－37,0033
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
3
G: Protection of telomeres protein poz1
H: Protection of telomeres protein tpz1
I: DNA-binding protein rap1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0694
ポリマ－37,0033
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area13920 Å2
手法PISA
4
J: Protection of telomeres protein poz1
K: Protection of telomeres protein tpz1
L: DNA-binding protein rap1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0694
ポリマ－37,0033
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.720, 82.010, 103.510
Angle α, β, γ (deg.)89.99, 89.98, 73.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Protection of telomeres protein poz1 / Pot1-associated protein poz1


分子量: 29695.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: poz1, SPAC19G12.13c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O13852
#2: タンパク質・ペプチド
Protection of telomeres protein tpz1 / Meiotically up-regulated gene 169 protein


分子量: 3964.574 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 476-508 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tpz1, mug169, SPAC6F6.16c, SPAC6F6.18c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14246
#3: タンパク質・ペプチド
DNA-binding protein rap1


分子量: 3343.561 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 467-496 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: rap1, SPBC1778.02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96TL7
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 21% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999996 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→62.71 Å / Num. obs: 77768 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.3 % / Net I/σ(I): 5.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
PHENIX(1.11.1_2575: ???)位相決定
Coot0.8モデル構築
MOSFLM7.2.1data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→62.705 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 1978 2.54 %
Rwork0.1986 --
obs0.1994 77753 97.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→62.705 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8863 0 4 317 9184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12312117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4375537
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.36861260.27445512X-RAY DIFFRACTION97
2.3575-2.42130.28841250.25165313X-RAY DIFFRACTION97
2.4213-2.49250.27651490.23995446X-RAY DIFFRACTION97
2.4925-2.5730.28971580.22415374X-RAY DIFFRACTION97
2.573-2.66490.26831420.22195359X-RAY DIFFRACTION97
2.6649-2.77160.21711400.21445438X-RAY DIFFRACTION98
2.7716-2.89780.26171560.21795386X-RAY DIFFRACTION98
2.8978-3.05050.24551340.21845387X-RAY DIFFRACTION97
3.0505-3.24170.20951460.20755424X-RAY DIFFRACTION98
3.2417-3.49190.31531320.20325439X-RAY DIFFRACTION98
3.4919-3.84330.1811410.18915444X-RAY DIFFRACTION98
3.8433-4.39930.17441530.16935470X-RAY DIFFRACTION99
4.3993-5.54210.21281350.16955472X-RAY DIFFRACTION99
5.5421-62.72850.20761410.18675311X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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