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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wdk | ||||||
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タイトル | A processive dipeptidyl aminopeptidase secreted from an established commensal bacterium P. distasonis | ||||||
要素 | Aminopeptidase C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Protease (プロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cysteine-type aminopeptidase activity / homocysteine catabolic process / response to toxic substance / タンパク質分解 / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Parabacteroides distasonis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å | ||||||
データ登録者 | Wolan, D.W. / Xu, J.H. / Solania, A. / Chatterjee, S. / Jiang, Z. / ODonoghue, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2018 タイトル: A Commensal Dipeptidyl Aminopeptidase with Specificity for N-Terminal Glycine Degrades Human-Produced Antimicrobial Peptides in Vitro. 著者: Xu, J.H. / Jiang, Z. / Solania, A. / Chatterjee, S. / Suzuki, B. / Lietz, C.B. / Hook, V.Y.H. / O'Donoghue, A.J. / Wolan, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wdk.cif.gz | 860.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wdk.ent.gz | 712.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wdk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/5wdk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/5wdk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45895.367 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 23-405 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis (strain ATCC 8503 / DSM 20701 / CIP 104284 / JCM 5825 / NCTC 11152) (バクテリア) 株: ATCC 8503 / DSM 20701 / CIP 104284 / JCM 5825 / NCTC 11152 遺伝子: BDI_2249 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A6LE66 #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-T1O / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.25 M K/Na tartrate, 17.5% PEG3350, 1 mM ZnCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月8日 詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50.1 Å / Num. obs: 120727 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 46.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Rpim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 5972 / CC1/2: 0.744 / Rpim(I) all: 0.4 / Rsym value: 0.96 / Χ2: 0.683 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PW3 解像度: 2.36→50.1 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.26
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 162.08 Å2 / Biso mean: 60.7596 Å2 / Biso min: 26.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.36→50.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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