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- PDB-5wde: Crystal structure of the KIFC3 motor domain in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wde
タイトルCrystal structure of the KIFC3 motor domain in complex with ADP
要素Kinesin-like protein KIFC3
キーワードMOTOR PROTEIN / kinesin / motor domain / adp / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTUR AL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


zonula adherens maintenance / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / kinesin complex / microtubule motor activity / microtubule-based movement / Golgi organization / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / microtubule-based process / visual perception ...zonula adherens maintenance / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / kinesin complex / microtubule motor activity / microtubule-based movement / Golgi organization / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / microtubule-based process / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / microtubule / centrosome / Golgi apparatus / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily ...Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein KIFC3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Shen, Y. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis of small molecule ATPase inhibition of a human mitotic kinesin motor protein.
著者: Park, H.W. / Ma, Z. / Zhu, H. / Jiang, S. / Robinson, R.C. / Endow, S.A.
履歴
登録2017年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年8月9日ID: 2H58
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIFC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,67349
ポリマ－36,2221
非ポリマー45248
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)187.608, 187.608, 151.363
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細Author states that there is no direct experimental evidence for biological assembly since this is a fragment of full length protein.

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIFC3


分子量: 36221.527 Da / 分子数: 1 / 断片: motor domain (UNP residues 443-770) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIFC3 / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE-3)-RIL / 参照: UniProt: Q9BVG8
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 46 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.2M sodium citrate, 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9176 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→47.69 Å / Num. obs: 86307 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 29.73 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 22.2 / Num. measured all: 549983 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.85-1.886.40.9922941445680.6620.4331.0872100
9.79-47.694.80.02126365540.9990.010.02456.389.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1f9t

1f9t


解像度: 1.85→27.079 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 24.68
詳細: This REDO of the KIFC3 structure was in part motivated by the PDB-REDO model of PDB entry 2H58. Diffraction images that formed the basis for PDB entry 2H58 were reprocessed. Merging ...詳細: This REDO of the KIFC3 structure was in part motivated by the PDB-REDO model of PDB entry 2H58. Diffraction images that formed the basis for PDB entry 2H58 were reprocessed. Merging statistics indicate significant anisotropy of diffraction. For this round of model refinement, new crossvalidation flags were assigned to the reflections using the CCP4 FREERFLAG command. This reassignment was followed by torsion angle simulated annealing. We note the high solvent content of this crystal form and the presence of many uninterpreted features in the difference maps when contoured at 1.5*rmsd (2FOFCWT) or +/-3*rmsd (FOFCWT). We thank CCP4BB participants who responded to questions related to this structure on the board and off-list.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1992 6755 4.02 %
Rwork0.1854 --
obs0.186 168229 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.04 Å2 / Biso mean: 37.5357 Å2 / Biso min: 20.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→27.079 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2405 0 74 126 2605
Biso mean--37.71 40.71 -
残基数----320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7763473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0431544
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.8710.36732310.362954115642100
1.871-1.8930.35622370.343454365673100
1.893-1.91610.35542140.33854105624100
1.9161-1.94040.32172450.319353505595100
1.9404-1.96590.35652410.292454095650100
1.9659-1.99280.30042480.285754355683100
1.9928-2.02130.26262090.261754165625100
2.0213-2.05140.25822160.246553805596100
2.0514-2.08350.25452380.25995403564199
2.0835-2.11760.26332180.237753895607100
2.1176-2.15410.25722090.220854215630100
2.1541-2.19330.22922470.205453785625100
2.1933-2.23540.22222110.213154095620100
2.2354-2.2810.23582420.21895347558999
2.281-2.33060.2262440.20153965640100
2.3306-2.38480.23112480.200154365684100
2.3848-2.44440.20932160.18995414563099
2.4444-2.51040.22240.187653695593100
2.5104-2.58430.21822010.189254115612100
2.5843-2.66760.19652020.19085397559999
2.6676-2.76290.20742330.19635414564799
2.7629-2.87340.2182440.195753755619100
2.8734-3.0040.22362380.1965402564099
3.004-3.16210.18952220.18295378560099
3.1621-3.35990.18381910.16995423561499
3.3599-3.61880.17662250.15595372559799
3.6188-3.98190.13882170.14045384560199
3.9819-4.55570.14782020.13325355555799
4.5557-5.73080.15512380.14815323556198
5.7308-27.08180.17342040.17655031523593
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1697-0.4150.08322.1183-0.70880.5919-0.04030.09940.2284-0.15570.0333-0.0338-0.02150.04710.09310.3009-0.01170.00710.24870.10470.2418-3.856639.634753.6495
20.1864-0.5322-0.16991.3019-0.04530.8420.06840.06860.0191-0.2018-0.0947-0.3109-0.00140.112-00.26850.01590.07580.28890.08170.33312.066822.832957.1074
30.626-0.0389-0.11661.0264-0.10980.7457-0.0629-0.0822-0.1509-0.02210.0508-0.14550.10590.18510.00010.27850.0086-0.00580.29840.06640.2864-1.19911.914864.7465
40.0736-0.01110.04140.2022-0.03570.0414-0.2310.54060.1559-0.32440.1426-0.28720.05950.19870.0020.5589-0.0576-0.04270.47830.14730.31981.524715.519747.2783
50.0503-0.1481-0.10360.892-0.04070.26430.01770.17590.0614-0.24040.01260.10860.14860.066900.34430.0049-0.00260.29120.06540.2993-2.97816.717957.1467
60.0853-0.0074-0.12310.88410.31820.58030.0595-0.0018-0.3757-0.1180.17710.23330.06940.12320.05010.27130.01120.03270.27470.09830.31431.313224.299562.5902
70.50310.1657-0.03470.5644-0.63120.8970.029-0.14010.020.09160.02470.2132-0.0618-0.010.01950.3050.01190.04250.26160.09340.2908-8.851529.196367.9291
80.25730.0181-0.09210.0638-0.05040.084-0.0543-0.03890.22740.21320.10330.5512-0.2122-0.11440.01470.35940.00930.03240.25070.12220.3777-14.826340.781259.0574
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 445 through 546 )A445 - 546
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 547 through 578 )A547 - 578
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 579 through 618 )A579 - 618
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 619 through 634 )A619 - 634
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 635 through 659 )A635 - 659
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 660 through 687 )A660 - 687
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 688 through 748 )A688 - 748
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 749 through 767 )A749 - 767

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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