PDB-5wdd: Crystal structure of chicken BOK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wdd

タイトル

Crystal structure of chicken BOK

要素

Bcl-2-related ovarian killer protein

キーワード

APOPTOSIS / Bcl-2 / Pro-apoptotic / Cell death

機能・相同性

機能・相同性情報

extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / membrane => GO:0016020 / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.799 Å

データ登録者

Cowan, A.D. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Embryogenesis and Adult Life in the Absence of Intrinsic Apoptosis Effectors BAX, BAK, and BOK.
著者: Ke, F.F.S. / Vanyai, H.K. / Cowan, A.D. / Delbridge, A.R.D. / Whitehead, L. / Grabow, S. / Czabotar, P.E. / Voss, A.K. / Strasser, A.

履歴

登録	2017年7月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年9月9日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wdd.cif.gz	138.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wdd.ent.gz	108.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wdd_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wdd_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	5wdd_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	5wdd_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/5wdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/5wdd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bd8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4oq5-2 4r0s-1 2rg8-2 4qnq-7 6iae-1 1i9a-1 1i9a-2 6o4u-2 2pq5-1 2rg8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Bcl-2-related ovarian killer protein

B: Bcl-2-related ovarian killer protein

ヘテロ分子

37.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bcl-2-related ovarian killer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomeric on gel filtration
18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bcl-2-related ovarian killer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomeric by gel filtration
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.559, 59.620, 64.083
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bcl-2-related ovarian killer protein 分子量: 18332.191 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: BOK / プラスミド: pGEX-6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q9I8I2
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 22.5% PEG 3350, 90 mM trisodium citrate pH 3.5, 3% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.799→36.53 Å / Num. obs: 28655 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06552 / R_pim(I) all: 0.03741 / Net I/σ(I): 12.93
反射シェル	解像度: 1.799→1.863 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 2.155 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2803 / CC_1/2: 0.593 / R_pim(I) all: 1.255 / % possible all: 95.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BD8

4bd8

解像度: 1.799→36.526 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.72

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2317	1996	6.98 %	Random selection
R_work	0.1948	-	-	-
obs	0.1973	28604	98.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.799→36.526 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2387	0	28	82	2497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2470
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.653	3346
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.027	1470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	400
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	414

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.799-1.8439	0.4818	136	0.4372	1812	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8439-1.8938	0.4552	143	0.4103	1898	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8938-1.9495	0.3789	140	0.3757	1873	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9495-2.0124	0.3649	144	0.315	1909	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0124-2.0844	0.3564	144	0.2911	1924	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0844-2.1678	0.2611	140	0.2506	1872	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1678-2.2664	0.2571	145	0.21	1926	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2664-2.3859	0.2347	143	0.1956	1901	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3859-2.5354	0.2258	143	0.1868	1909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5354-2.7311	0.2155	142	0.1875	1918	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7311-3.0058	0.2542	146	0.191	1936	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0058-3.4405	0.222	143	0.1746	1916	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4405-4.3335	0.1806	146	0.1503	1926	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3335-36.5335	0.1894	141	0.1597	1888	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6885	2.3724	-4.0011	6.4674	-2.0388	3.8903	-0.1141	0.3621	-0.3783	-0.8275	0.011	0.3486	0.1092	-0.5574	0.0538	0.4117	-0.0189	-0.1069	0.3309	-0.0371	0.3331	24.3776	6.7431	55.4669
2	7.4361	3.0788	-0.2582	4.7475	0.1436	7.6745	0.3362	-0.1135	-0.4914	0.0331	-0.1216	-0.0284	0.0622	-0.2134	-0.2531	0.3021	0.0293	-0.0293	0.2356	0.0061	0.3371	30.7568	17.8155	59.3819
3	1.3568	1.6189	-2.4146	2.6023	-2.9551	4.3659	-0.0141	-0.5841	0.633	-1.5203	-0.2223	-1.3576	0.4176	1.2584	0.4913	0.6538	-0.0181	-0.0397	0.8864	0.0653	0.8009	45.3677	4.941	57.137
4	2.0157	-1.5482	-1.0877	5.3352	0.1687	6.7456	-0.1072	-0.1527	-0.0917	-0.3037	0.0794	-0.1246	0.5442	0.0835	-0.0044	0.1845	-0.0401	-0.011	0.3103	0.0216	0.3377	35.0917	5.5706	63.3352
5	3.7446	-0.342	-2.354	3.9104	-0.1408	6.4054	-0.3656	-0.1669	-0.2265	0.1278	0.1639	0.6541	0.4381	-0.2828	0.1951	0.1432	-0.028	-0.0761	0.3	0.005	0.3609	25.4493	5.5763	64.4559
6	5.7057	-3.2445	2.2072	4.9147	-1.4407	3.1645	0.2118	0.1838	-0.004	-0.0237	-0.2998	0.5061	0.0385	-0.4638	0.0673	0.3861	0.0707	0.0702	0.428	-0.0154	0.3758	27.5256	26.7473	37.6501
7	2.1999	0.3463	3.5421	3.1952	0.5986	5.6992	-0.4332	-0.2871	0.3539	0.0015	-0.0279	0.6497	-0.7168	-0.8938	0.4284	0.6873	0.1209	0.0748	0.499	0.0005	0.5028	26.7316	25.2997	48.9365
8	7.7003	-1.7293	-1.6476	7.4703	1.4005	4.0991	-0.0018	-0.1516	-0.2734	0.05	-0.0936	0.0688	0.6638	-0.1162	0.1149	0.585	-0.0439	0.0442	0.3149	-0.0168	0.3084	30.9732	14.8692	35.7057
9	6.7043	-1.6653	-1.0233	2.4548	-2.776	4.9189	-0.0213	-0.2152	-0.3158	-0.7012	0.8191	-1.8716	0.2657	0.5904	-0.0302	0.6631	-0.0837	-0.014	0.6322	-0.1041	0.6541	47.8015	23.6651	34.8135
10	2.8049	1.7363	0.7285	4.4634	0.9828	7.7639	-0.1363	0.0887	0.1332	-0.3694	0.0674	-0.1704	-0.2607	0.2255	0.0723	0.3462	0.0276	0.0138	0.2617	0.018	0.2689	39.3127	27.5879	32.3406
11	2.9231	0.8397	0.8838	3.2959	0.8909	5.9228	-0.1566	0.2109	0.1328	-0.6583	0.1573	0.2696	-0.7287	-0.236	0.0189	0.3848	0.076	0.0113	0.3582	0.0339	0.3178	29.6909	27.6751	31.0279

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 86 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 87 through 99 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 100 through 140 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 141 through 180 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 22 through 45 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 46 through 62 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 63 through 81 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 82 through 99 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 100 through 140 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 141 through 180 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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