PDB-5wd8: Crystal structure of Legionella pneumophila effector lpg2328

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wd8

タイトル

Crystal structure of Legionella pneumophila effector lpg2328

要素

Lem22

キーワード

PROTEIN BINDING / bacterial effector / Legionella / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.944 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Wong, K. / Gehring, K. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the Legionella effector Lem22.
著者: Kozlov, G. / Wong, K. / Gehring, K.

履歴

登録	2017年7月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity / entity_name_com Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wd8.cif.gz	84.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wd8.ent.gz	68.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wd8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wd8_validation.pdf.gz	288.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wd8_full_validation.pdf.gz	289.3 KB	表示
XML形式データ	5wd8_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/5wd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/5wd8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wd9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xke-2 4ofk-2 6xke-1 3ead-1 6izs-d 6s5w-2 4niq-1 4niq-2 2p9r-1 1mfy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lem22

B: Lem22

21.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lem22

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lem22

登録者が定義した集合体
10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	23.044, 81.143, 45.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.81, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lem22 / lpg2328 分子量: 10670.622 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア) 遺伝子: lp12_2320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: G8UTY6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.988 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→40.575 Å / Num. obs: 12194 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.135 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.94→1.98 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1083 / R_sym value: 0.506 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.944→40.572 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.04

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2699	588	4.82 %
R_work	0.2161	-	-
obs	0.2186	12194	98.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.944→40.572 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1458	0	0	174	1632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	1474
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.334	1974
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.107	926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	226
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	250

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9444-1.98	0.3282	150	0.2434	2766	X-RAY DIFFRACTION	95
2.14-2.4497	0.2824	165	0.226	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4497-3.0862	0.2822	134	0.2368	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0862-4.1876	0.2434	139	0.1959	2995	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3197	0.0599	-0.0777	0.2011	0.2027	0.3857	0.0262	-0.1015	-0.051	-0.0191	0.0266	-0.1238	0.0197	0.1932	0	0.2067	0.0062	-0.0042	0.1723	-0.0184	0.1981	-6.4065	-1.3208	-11.4545
2	0.0198	-0.086	0.0155	0.5014	0.0338	0.0866	-0.3414	0.0581	-0.2651	-0.1616	0.0445	0.4982	0.2468	0.2694	-0.0053	0.3217	0.0731	0.0435	0.3582	0.0317	0.2116	-14.8493	-3.8355	5.9286
3	0.5667	-0.2143	-0.0233	0.1833	0.2121	0.3759	-0.1226	0.1876	-0.0942	0.0924	-0.2537	0.266	0.065	-0.3517	-0.0104	0.1812	0.0003	0.0045	0.2295	-0.0051	0.2223	-14.9757	-3.6784	-17.1636
4	0.0191	-0.0523	0.0091	0.1589	0.0329	0.1403	0.0847	-0.153	-0.2379	-0.1396	-0.0336	0.094	0.2417	-0.1524	-0.008	0.2343	-0.008	-0.0291	0.2228	0.0179	0.2052	-4.8293	-25.667	-9.8704
5	0.111	-0.0817	-0.0591	0.0725	0.0936	0.1666	-0.1452	-0.144	0.2538	0.0377	-0.0382	0.1051	0.0292	-0.2146	-0.0144	0.2212	0.0106	0.0153	0.1936	0.0023	0.2595	-2.583	-17.6265	-7.4826
6	0.525	-0.1569	-0.0073	0.2237	-0.2907	0.4292	-0.1128	0.0971	-0.0842	0.0278	-0.159	-0.2484	0.0549	0.2453	-0.002	0.1948	0.0048	-0.0131	0.2213	-0.0063	0.2293	3.5486	-19.2101	-17.234

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 53 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 96 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 8 through 33 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 34 through 63 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 64 through 97 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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