PDB-5wcq: Phosphotriesterase variant S2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wcq

タイトル

Phosphotriesterase variant S2

要素

Phosphotriesterase

キーワード

HYDROLASE / phosphotriesterase / organophosphate hydrolase / epistasis / directed evolution / laboratory evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

aryldialkylphosphatase activity / aryldialkylphosphatase / hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.576 Å

データ登録者

Miton, C.M. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J. / Tokuriki, N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphotriesterase variant S2
著者: Miton, C.M. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J. / Tokuriki, N.

履歴

登録	2017年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月26日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wcq.cif.gz	280.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wcq.ent.gz	225.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wcq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5wcq_validation.pdf.gz	470.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wcq_full_validation.pdf.gz	478.3 KB	表示
XML形式データ	5wcq_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	5wcq_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4pcpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ur5-d 2r1p-2 5wj0-d 4zsu-d 3fdk-1 6aml-d 6bhl-d 6frz-d 5wcr-d 5vri-2 3urq-d 4xd4-d 4kev-2 6fwe-1 4xag-d 4h9x-d 4xaz-d 6jss-2 1hzy-d 5wcw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (2)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase

G: Phosphotriesterase

ヘテロ分子

73.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.233, 85.476, 88.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	G-2738- HOH

#1: タンパク質	Phosphotriesterase 分子量: 35940.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GZX0, UniProt: P0A434*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM NaCacodylate, 10% 2-methane-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→39.2 Å / Num. obs: 65611 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 21.89
反射シェル	解像度: 1.58→1.6 Å / 冗長度: 12.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC_1/2: 0.495 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PCP

4pcp

解像度: 1.576→39.197 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1934	4476	5.02 %
R_work	0.1603	-	-
obs	0.1619	89215	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.576→39.197 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4906	0	70	486	5462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5398
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.439	7369
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.364	1990
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	858
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	963

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5763-1.5942	0.2999	147	0.3049	2596	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5942-1.6129	0.3014	142	0.2719	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6129-1.6326	0.2752	135	0.2531	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6326-1.6533	0.262	152	0.2562	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6533-1.675	0.2931	141	0.2645	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
1.675-1.698	0.2991	145	0.2522	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.698-1.7222	0.2811	143	0.2388	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7222-1.7479	0.2607	160	0.2261	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7479-1.7753	0.2335	142	0.2157	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7753-1.8044	0.2396	151	0.2056	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8044-1.8355	0.2411	147	0.2004	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8355-1.8689	0.2445	138	0.1833	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8689-1.9048	0.212	156	0.1758	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9048-1.9437	0.2247	144	0.1726	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9437-1.9859	0.1856	142	0.164	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9859-2.0321	0.1867	152	0.1544	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0321-2.083	0.2078	133	0.1655	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.083-2.1393	0.1933	148	0.1466	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1393-2.2022	0.1938	143	0.1476	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2022-2.2733	0.2156	142	0.1506	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2733-2.3545	0.1885	168	0.1463	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3545-2.4488	0.181	149	0.1464	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4488-2.5602	0.1847	156	0.1466	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5602-2.6952	0.1914	142	0.1487	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6952-2.864	0.1713	152	0.1501	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.864-3.085	0.1999	164	0.1466	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.085-3.3953	0.184	149	0.1377	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3953-3.8862	0.143	171	0.1305	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8862-4.8948	0.1492	159	0.1308	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8948-39.2086	0.1984	163	0.1706	3040	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1566	-0.163	-0.2909	0.9056	0.2155	2.2117	0.0291	-0.0651	0.1114	0.0078	-0.0199	0.1073	-0.1271	-0.1957	-0.0106	0.1085	0.006	0.0056	0.161	-0.0103	0.1891	13.3865	25.0579	36.2902
2	1.4993	-0.3612	-0.2916	0.7449	0.0804	1.6391	0.0315	-0.1425	-0.1001	0.0137	-0.0268	-0.0337	0.1067	0.1288	-0.003	0.1095	-0.0181	-0.0139	0.1537	0.0051	0.1772	30.0184	15.3028	37.6925
3	2.0242	-1.0871	-1.7719	2.5775	-1.0882	3.6319	0.0653	-0.4461	-0.5506	-0.0413	-0.0548	0.2126	0.3794	0.0066	-0.0027	0.2045	-0.0134	-0.0124	0.2381	0.0759	0.2096	22.6302	7.2361	51.3867
4	1.1923	-0.0841	-0.5159	1.0848	-0.4177	2.4537	-0.0116	-0.3844	-0.0938	0.1656	0.0398	0.1052	0.1564	-0.1632	-0.0402	0.1462	-0.0059	0.0265	0.2413	0.0379	0.1742	14.3031	14.4262	50.6928
5	0.7386	-0.2537	-0.299	1.599	-0.0211	1.9219	-0.0093	0.1687	0.0209	-0.4475	0.0096	0.254	-0.1435	-0.2614	0.0106	0.3111	0.013	-0.0558	0.1793	0.0071	0.1931	18.5358	23.1786	-3.1683
6	0.9191	0.5649	-0.3247	1.6006	0.3481	1.8938	-0.002	-0.0471	0.074	-0.1978	-0.0429	-0.0587	-0.171	0.0451	0.0082	0.1664	0.0004	0.0003	0.1469	0.0051	0.1551	30.2962	23.6576	19.8087
7	1.1974	0.0401	-0.8068	1.6914	0.7053	2.0411	0.0271	0.1892	0.1411	-0.405	0.0683	-0.1131	-0.6284	0.2195	-0.0852	0.2603	-0.0322	0.0227	0.189	0.021	0.2035	32.6039	30.386	4.7184
8	0.7872	0.2058	-0.218	1.0006	-0.2983	1.6339	-0.0087	-0.0059	0.047	-0.1101	-0.021	0.042	0.0113	-0.1012	0.0225	0.1673	0.0087	-0.0255	0.1288	-0.0153	0.1456	17.9882	17.9601	10.4022
9	1.1538	0.8687	-0.0795	1.5819	-0.0808	2.3925	0.0283	-0.0172	0.0084	-0.1082	-0.0359	-0.0544	0.0768	-0.1487	0.0256	0.1543	0.0009	-0.0383	0.1562	-0.0192	0.1432	15.9	14.3761	9.8207
10	0.4555	0.3937	-0.297	0.8934	0.3707	1.5913	0.0114	0.0058	-0.1007	-0.0963	-0.037	-0.0143	0.2606	-0.0273	0.0196	0.2709	-0.007	-0.0341	0.155	-0.0123	0.1811	18.9039	2.4544	1.2019
11	1.0518	0.1128	0.0797	1.1429	0.3424	1.8868	0.1019	0.0471	-0.1118	-0.1204	0.0262	-0.3441	0.36	0.3934	-0.1113	0.3466	0.0577	0.048	0.2306	-0.0213	0.2704	35.7596	7.1205	-3.7159
12	0.7979	0.0239	0.0266	0.7767	0.1934	2.2207	0.0025	0.0283	-0.0232	-0.2333	0.0189	-0.1403	0.1121	0.4192	-0.0871	0.1989	0.0258	0.0431	0.2023	-0.0064	0.2093	37.653	17.322	8.4298
13	1.4686	-0.4114	-0.2727	0.9846	0.5717	2.0913	-0.0244	0.261	-0.1519	-0.2825	0.0081	-0.0545	-0.0587	0.1316	0.0241	0.3618	-0.0047	0.0199	0.2096	-0.0084	0.1863	28.6225	15.6165	-12.0347

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 35 through 120 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 121 through 236 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 237 through 276 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 277 through 363 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'G' and (resid 34 through 58 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'G' and (resid 59 through 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 76 through 92 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'G' and (resid 93 through 155 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'G' and (resid 156 through 177 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'G' and (resid 178 through 252 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 253 through 298 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'G' and (resid 299 through 323 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'G' and (resid 324 through 362 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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