PDB-5wcr: Phosphotriesterase variant R0deltaL7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wcr

タイトル

Phosphotriesterase variant R0deltaL7

要素

Phosphotriesterase variant PTE-R0

キーワード

HYDROLASE / phosphotriesterase / organophosphate hydrolase / epistasis / directed evolution / laboratory evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

aryldialkylphosphatase / hydrolase activity, acting on ester bonds / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Miton, C.M. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J. / Tokuriki, N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphotriesterase variant R0deltaL7
著者: Miton, C.M. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J. / Tokuriki, N.

履歴

登録	2017年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wcr.cif.gz	263.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wcr.ent.gz	212.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wcr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wcr_validation.pdf.gz	466 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wcr_full_validation.pdf.gz	470.1 KB	表示
XML形式データ	5wcr_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	5wcr_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cpcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wiz-d 3ur5-d 3urq-d 5wcw-d 6aml-d 5wms-2 5vri-2 5wj0-d 3ura-d 5wcq-d 5w3z-1 6g1j-1 4kev-2 3urb-d 2oql-d 3a3x-1 6gbl-d 3ur2-d 2vc5-1 6bhl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase variant PTE-R0

G: Phosphotriesterase variant PTE-R0

ヘテロ分子

71.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.051, 86.167, 88.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphotriesterase variant PTE-R0 分子量: 35271.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GYS1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate 分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM NaCacodylate, 10% 2-methane-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→43.08 Å / Num. obs: 67222 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Net I/σ(I): 12.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CPC

4cpc

解像度: 1.75→39.461 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2013	3432	5.11 %
R_work	0.1849	-	-
obs	0.1858	67134	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.461 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4869	0	30	178	5077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5136
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.82	6967
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.264	3063
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	806
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	905

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.774	0.4421	155	0.4158	2467	X-RAY DIFFRACTION	100
1.774-1.7993	0.4393	134	0.3967	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7993-1.8262	0.3895	117	0.3658	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8262-1.8547	0.3716	161	0.3388	2474	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8547-1.8851	0.3436	133	0.3074	2507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.9176	0.2802	119	0.2778	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9176-1.9525	0.2748	146	0.2603	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9525-1.9901	0.2985	104	0.2445	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9901-2.0307	0.2514	108	0.224	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0307-2.0748	0.2624	128	0.2172	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0748-2.1231	0.2507	103	0.2194	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1231-2.1762	0.2311	113	0.1864	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1762-2.235	0.2046	154	0.1864	2485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.235-2.3008	0.2293	105	0.1837	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3008-2.375	0.2165	174	0.1808	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.4599	0.2219	167	0.1813	2507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4599-2.5584	0.212	150	0.1839	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5584-2.6748	0.2268	125	0.1857	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6748-2.8158	0.2073	116	0.1869	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8158-2.9921	0.2243	112	0.1892	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9921-3.2231	0.1997	159	0.1842	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2231-3.5472	0.1904	134	0.175	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5472-4.0601	0.1605	204	0.1505	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0601-5.1135	0.1438	151	0.1398	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1135-39.4711	0.1761	160	0.1622	2734	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5913	0.2363	-0.0666	1.9865	-1.1687	1.8362	0.1	0.2511	-0.2282	-0.2686	-0.1895	0.0103	0.2376	-0.0226	0.1034	0.2119	0.0005	0.0235	0.2862	-0.0291	0.3203	19.8556	-29.3318	-0.6721
2	0.4253	0.0117	0.5907	0.8133	0.4701	2.6459	0.0491	0.0359	-0.1113	0.179	0.0486	0.2928	0.1795	-0.2243	-0.0901	0.2028	-0.022	0.0398	0.3016	-0.0063	0.337	7.2447	-22.6996	12.3868
3	1.549	0.7321	1.0341	0.9105	0.6757	1.9813	0.0711	-0.0082	-0.0649	0.0963	-0.0667	0.102	0.0833	-0.1863	-0.016	0.2122	-0.0041	0.0228	0.2763	-0.0124	0.3224	15.3602	-25.9173	7.6069
4	1.1773	0.2806	0.2406	1.1883	0.1355	1.4771	0.0696	0.0174	0.0114	0.1418	-0.054	-0.033	0.0265	0.0228	-0.0181	0.2027	0.0155	0.0073	0.2393	0	0.2767	30.2785	-19.061	10.8494
5	1.4176	1.159	0.5412	1.8397	-0.1234	1.4943	-0.0065	0.1965	0.2396	-0.1007	-0.0067	0.118	-0.3042	-0.0273	-0.0057	0.2522	0.0319	0.0355	0.3494	0.0406	0.3406	26.4033	-8.7086	-3.6221
6	4.0578	0.3411	-0.9154	2.5183	-0.7315	3.3089	-0.0297	0.6421	0.5513	-0.5652	0.135	0.2177	-0.1211	0.3047	-0.1382	0.3033	-0.0157	-0.0151	0.449	0.1129	0.339	18.4086	-10.3049	-13.4791
7	1.2335	0.2047	0.1317	0.1237	-0.1293	1.0724	-0.0748	0.0941	0.089	0.007	0.0343	0.2518	-0.303	-0.3709	0.0344	0.2792	0.0508	0.0219	0.3498	0.0239	0.3894	7.3379	-12.8735	5.2659
8	1.6223	-0.2987	0.4379	2.8028	-0.7158	3.0752	-0.114	0.7168	0.0658	-0.3384	-0.0034	0.0795	0.1726	0.1824	0.0622	0.2507	-0.0522	-0.0044	0.4848	-0.0088	0.2965	17.7107	-19.8206	-13.0581
9	0.7529	-0.3467	-0.0972	1.0019	0.3114	1.2039	-0.0106	-0.0882	-0.0506	0.492	-0.0331	0.1028	0.064	-0.0532	0.0476	0.4927	-0.0078	0.0508	0.2498	0.0034	0.2658	20.0183	-19.355	35.6777
10	1.1222	-0.4435	1.0144	1.3368	-0.178	1.5891	-0.029	-0.004	0.1263	0.4212	-0.007	-0.1564	-0.2633	0.1774	0.0556	0.7342	-0.0304	0.0314	0.3071	-0.0247	0.3008	26.4978	-4.2745	47.953
11	0.8127	-0.0175	0.0177	0.5597	0.1798	1.8896	-0.1251	-0.2042	0.025	0.4916	0.0683	-0.0425	0.2673	0.1947	-0.0109	0.6898	0.0119	-0.0515	0.325	-0.0029	0.3006	31.5761	-16.8375	48.2497

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 34 through 58 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 92 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 120 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 121 through 194 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 195 through 267 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 268 through 289 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 290 through 321 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 322 through 354 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'G' and (resid 34 through 194 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'G' and (resid 195 through 289 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 290 through 353 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)