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- PDB-5wcl: NMR structure of the N-domain of troponin C bound to switch regio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wcl
タイトルNMR structure of the N-domain of troponin C bound to switch region of troponin I and 3-methyldiphenylamine (solvent exposed mode)
要素Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles,Troponin I, cardiac muscle
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / cardiac troponin / calcium binding protein / EF hand / calcium sensitizer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / troponin C binding / diaphragm contraction / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / cardiac Troponin complex / cardiac myofibril / negative regulation of ATP-dependent activity / troponin complex / regulation of muscle contraction ...regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / troponin C binding / diaphragm contraction / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / cardiac Troponin complex / cardiac myofibril / negative regulation of ATP-dependent activity / troponin complex / regulation of muscle contraction / regulation of smooth muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / response to metal ion / cardiac muscle cell contraction / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / heart contraction / troponin I binding / vasculogenesis / calcium channel inhibitor activity / skeletal muscle contraction / Ion homeostasis / cardiac muscle contraction / sarcomere / intracellular calcium ion homeostasis / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / heart development / actin binding / protein domain specific binding / calcium ion binding / protein kinase binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Troponin I residues 1-32 / Troponin I residues 1-32 / : / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / EF-hand domain pair / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif ...Troponin I residues 1-32 / Troponin I residues 1-32 / : / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / EF-hand domain pair / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
3-methyl-N-phenylaniline / Troponin I, cardiac muscle / Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Cai, F. / Hwang, P.M. / Sykes, B.D.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Heart and Stroke Foundation of CanadaB.D.S., G-14-0005884 カナダ
引用ジャーナル: J. Mol. Cell. Cardiol. / 年: 2016
タイトル: Structures reveal details of small molecule binding to cardiac troponin.
著者: Cai, F. / Li, M.X. / Pineda-Sanabria, S.E. / Gelozia, S. / Lindert, S. / West, F. / Sykes, B.D. / Hwang, P.M.
履歴
登録2017年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles,Troponin I, cardiac muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6792
ポリマ－13,4951
非ポリマー1831
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles,Troponin I, cardiac muscle / TN-C / Cardiac troponin I


分子量: 13495.394 Da / 分子数: 1 / 変異: C35S, C84S,C35S, C84S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNC1, TNNC, TNNI3, TNNC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63316, UniProt: P19429
#2: 化合物 ChemComp-9XG / 3-methyl-N-phenylaniline


分子量: 183.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13N

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNHB
131isotropic13D 1H-15N NOESY
142isotropic13D CBCA(CO)NH
152isotropic13D HN(CA)CB
162isotropic13D HNCO
172isotropic13D HN(CA)CO
182isotropic13D C(CO)NH
192isotropic13D H(CCO)NH
1104isotropic12D 1H-13C HSQC
1113isotropic22D 1H-13C HSQC
1123isotropic23D 1H-13C NOESY
1133isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1143isotropic22D 13C,15N-double-filtered NOESY
1153isotropic23D 13C-filtered NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.25 mM [U-15N] cChimera_protein, 100 mM potassium chloride, 10 mM imidazole, 10 mM calcium chloride, 0.25 mM [U-99% 2H] DSS, 0.5 mM 3-methyldiphenylamine, 95% H2O/5% D2O15N_chimera95% H2O/5% D2O
solution20.5 mM [U-13C; U-15N] cChimera_protein, 100 mM potassium chloride, 10 mM imidazole, 10 mM calcium chloride, 0.25 mM [U-99% 2H] DSS, 0.8 mM 3-methyldiphenylamine, 95% H2O/5% D2O13C_N15_chimera95% H2O/5% D2O
solution30.5 mM [U-13C; U-15N] cChimera_protein, 100 mM potassium chloride, 10 mM [U-99% 2H] imidazole, 10 mM calcium chloride, 0.25 mM [U-99% 2H] DSS, 0.8 mM 3-methyldiphenylamine, 100% D2O13C_N15_chimera_D2O100% D2O
solution40.5 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] cChimera_protein, 100 mM potassium chloride, 10 mM imidazole, 10 mM calcium chloride, 0.25 mM [U-99% 2H] DSS, 0.8 mM 3-methyldiphenylamine, 95% H2O/5% D2O10%13C_N15_chimera95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.25 mMcChimera_protein[U-15N]1
100 mMpotassium chloridenatural abundance1
10 mMimidazolenatural abundance1
10 mMcalcium chloridenatural abundance1
0.25 mMDSS[U-99% 2H]1
0.5 mM3-methyldiphenylaminenatural abundance1
0.5 mMcChimera_protein[U-13C; U-15N]2
100 mMpotassium chloridenatural abundance2
10 mMimidazolenatural abundance2
10 mMcalcium chloridenatural abundance2
0.25 mMDSS[U-99% 2H]2
0.8 mM3-methyldiphenylaminenatural abundance2
0.5 mMcChimera_protein[U-13C; U-15N]3
100 mMpotassium chloridenatural abundance3
10 mMimidazole[U-99% 2H]3
10 mMcalcium chloridenatural abundance3
0.25 mMDSS[U-99% 2H]3
0.8 mM3-methyldiphenylaminenatural abundance3
0.5 mMcChimera_protein[U-10% 13C; U-100% 15N]4
100 mMpotassium chloridenatural abundance4
10 mMimidazolenatural abundance4
10 mMcalcium chloridenatural abundance4
0.25 mMDSS[U-99% 2H]4
0.8 mM3-methyldiphenylaminenatural abundance4
試料状態イオン強度: NA Not defined / Label: NMR_sample / pH: 6.8 / 圧: ambient atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
ARIA2Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
ARIA2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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