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- PDB-5wc9: Human Pit-1 and 4xCATT DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wc9
タイトルHuman Pit-1 and 4xCATT DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*T)-3')
  • Pituitary-specific positive transcription factor 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription regulation / DNA-protein Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenohypophysis development / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin ...adenohypophysis development / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pituitary-specific positive transcription factor 1 / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Pituitary-specific positive transcription factor 1 / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Pituitary-specific positive transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Agarwal, S. / Cho, T.Y.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Biochemical and structural characterization of a novel cooperative binding mode by Pit-1 with CATT repeats in the macrophage migration inhibitory factor promoter.
著者: Agarwal, S. / Cho, T.Y.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Pituitary-specific positive transcription factor 1
A: Pituitary-specific positive transcription factor 1
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*T)-3')
E: Pituitary-specific positive transcription factor 1
F: Pituitary-specific positive transcription factor 1
G: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8048
ポリマ－96,8048
非ポリマー00
水00
1
B: Pituitary-specific positive transcription factor 1
A: Pituitary-specific positive transcription factor 1
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*T)-3')


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Both gel filtration and fluorescence polarization experiments were used to identify the assembly. Molar ratios in the crystal structure match biochemical data.
  • 48.4 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4024
ポリマ－48,4024
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
2
E: Pituitary-specific positive transcription factor 1
F: Pituitary-specific positive transcription factor 1
G: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*T)-3')


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Both gel filtration and fluorescence polarization experiments were used to identify the assembly. Molar ratios in the crystal structure match biochemical data.
  • 48.4 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4024
ポリマ－48,4024
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7550 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.415, 97.518, 85.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Pituitary-specific positive transcription factor 1 / PIT-1 / Growth hormone factor 1 / GHF-1


分子量: 17759.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POU1F1, GHF1, PIT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28069
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*A)-3')


分子量: 6348.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量: 6535.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 % / 解説: Long rods
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 17.5% (w/v) PEG 6000, 5%(v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→47.2 Å / Num. obs: 18198 / % possible obs: 95.92 % / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.2242 / Rpim(I) all: 0.07616 / Net I/σ(I): 10.57
反射 シェル解像度: 3.15→3.263 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5317 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 1681 / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.2808 / % possible all: 87.13

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AU7

1au7


解像度: 3.15→47.2 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.72
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2772 852 4.71 %5% were flagged by Ctruncate
Rwork0.2305 ---
obs0.2327 18100 95.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4194 1640 0 0 5834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5878581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2344207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.34730.32471310.30422618X-RAY DIFFRACTION88
3.3473-3.60570.33611330.27572834X-RAY DIFFRACTION95
3.6057-3.96840.29071580.24082890X-RAY DIFFRACTION98
3.9684-4.54220.2641550.20962927X-RAY DIFFRACTION98
4.5422-5.72120.25981280.21712975X-RAY DIFFRACTION99
5.7212-47.20.2451470.20183004X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6396-2.7901-0.40874.62890.8451.5235-0.1001-0.0297-0.87030.60210.23190.34090.5338-0.2219-0.20740.4877-0.0842-0.09690.24260.14850.4381-20.4906-17.569712.0803
24.6541-1.3994-0.53173.49730.18163.12040.13-0.7431-0.03970.83610.0897-0.55580.28730.1217-0.07630.304-0.0769-0.01860.1760.04740.2913-17.28-6.085913.7194
30.4752-0.1122-0.61840.49450.19361.40150.2346-0.17390.18160.049-0.03820.157-0.6082-0.089-0.02950.54160.22090.24410.4807-0.14240.6053-20.84811.38054.5609
42.03320.6893-0.63213.4584-2.26143.44230.15320.645-0.0179-0.6755-0.0642-0.2620.49650.84440.05840.19880.1021-0.0470.49730.00440.2089-7.9231-4.1791-13.5174
52.56290.5381-2.32814.12760.895.1262-0.4843-0.0711-0.1473-0.43090.32920.43880.41430.23170.08770.4358-0.1273-0.1180.1237-0.03180.4087-46.5932-14.416-6.4695
60.4184-0.11050.15931.36960.53650.940.0187-0.1254-0.08270.0485-0.05510.09780.7575-0.01890.00790.4123-0.05630.0719-0.1794-0.12750.3589-41.7102-12.3781-4.1184
70.74381.5269-0.37133.5319-0.69310.32310.5909-0.3010.26811.067-0.49220.27520.3062-0.3466-0.00890.5958-0.19440.00590.3731-0.11090.226-46.09672.65963.9997
88.9211-2.6389-0.184.08761.51052.51520.46370.59750.6552-1.4107-0.29410.0612-0.31060.0963-0.0720.529-0.01790.02590.15870.06930.549-36.901216.9381-11.3195
90.3216-0.1234-0.29770.1625-0.02090.4596-0.11510.02280.418-0.41760.20420.0504-0.3353-0.0079-0.04870.4012-0.3725-0.2132-0.1954-0.04210.9728-31.964322.8454-3.3413
103.0598-1.79860.61136.98932.65984.5418-0.13610.370.5304-0.20320.4565-0.8484-0.57240.2351-0.03450.1403-0.0082-0.02350.2897-0.03020.0215-35.51167.8763-7.0203
111.8636-0.35690.0632.03150.17790.5895-0.0842-0.6180.98530.13470.00020.0046-0.1879-0.31060.20920.27440.03130.00730.2668-0.04860.3739-41.90562.40811.3881
126.55152.21492.4873.104-0.39354.0886-0.07940.37390.54540.15630.0313-0.0863-0.12370.90230.140.29620.02320.00960.3958-0.00840.328-8.24730.95231.0328
136.8796-0.43550.59282.2608-1.41432.60110.47310.38670.3913-0.0821-0.24620.1483-0.1240.2247-0.10580.3379-0.0812-0.10330.2231-0.02130.4558-8.55530.76071.5676
143.30640.6805-3.58191.2232-0.53693.94080.31150.28550.31360.3160.23880.2775-0.6182-0.2113-0.35350.1766-0.0162-0.02110.2122-0.05640.3182-32.622-1.4627-1.5861
157.1353-1.8184-1.21891.77541.87142.5763-0.3846-0.02180.6297-1.16390.11461.49560.0653-1.0330.05830.4069-0.03-0.27210.3305-0.03690.8386-50.44115.32433.5436
160.46850.29580.51560.83120.43850.59080.16680.43190.0236-0.2549-0.0627-0.2081-0.49250.295-0.12860.33170.00860.38670.9919-0.0864-0.1203-11.600314.2025-60.1462
175.10441.7841.77695.8307-3.38135.7097-0.17010.36020.41710.14360.2346-0.0183-0.77090.83940.09960.2702-0.0578-0.0380.4585-0.04480.288-12.977824.8192-50.8298
187.6303-0.73531.39843.43311.62172.71170.31980.91970.7034-0.8809-0.09550.1952-0.2172-0.41920.02250.32290.05340.0070.6155-0.0150.0932-18.450619.2889-56.7919
190.94120.4594-0.0241.6082-0.26480.0336-0.2202-0.07550.18140.4466-0.0119-0.3715-0.5865-0.47810.30330.17470.0688-0.00320.5840.03860.4223-12.711819.2927-39.2572
203.01011.2117-2.00294.81351.46844.8163-0.0338-0.5957-1.4431-0.246-0.36630.40581.3457-0.9730.16580.4435-0.090.07690.45790.22980.5789-23.0604-0.3382-32.6194
213.90664.763.1368.34053.1653.36310.5212-1.5573-0.57991.3854-0.07240.79670.0131-1.3063-0.35090.3756-0.03720.02811.01430.26760.5016-27.37844.6244-23.3424
224.41791.3508-0.26113.454-3.85168.0158-0.3174-0.704-0.5066-0.18890.29580.38410.5729-0.5475-0.22980.18220.0286-0.0340.37680.01250.3355-24.07947.9842-39.0571
232.3509-1.2773-0.78470.81320.36270.33540.17810.5938-0.6247-0.72850.0813-0.310.40350.71140.05210.69560.40140.21131.3506-0.41670.62113.0792.278-46.0197
243.39641.06810.84144.0275-0.99252.8352-0.24440.3091-0.0277-0.48190.4459-0.48581.32681.0089-0.0920.58170.12420.09410.8796-0.18110.42948.44623.843-43.7084
250.5546-0.6866-0.06871.9592-0.54710.40250.0823-0.16690.2926-0.2689-0.0239-0.2532-0.21560.1511-0.06390.4995-0.00060.09190.7358-0.31510.531414.269516.9776-41.4314
262.44030.07051.65045.9675-0.60481.2355-0.2623-0.87720.54811.0995-0.05470.5606-0.58510.12640.39270.4831-0.0374-0.0911.1583-0.32840.32412.22621.4858-24.3004
270.81360.1953-0.47190.0438-0.10470.34840.0426-0.66940.739-0.0926-0.0011-0.6133-0.16780.5892-0.08820.4049-0.0004-0.01791.1513-0.06750.738117.490914.6185-37.7065
288.93486.81337.34829.49826.0199.2345-0.4917-0.54940.24670.62760.50130.2906-0.0971.1017-0.04910.43240.0519-0.03340.8429-0.06220.45261.699122.3133-40.2473
298.8418-2.46320.83754.2715-0.35410.8379-0.28660.54690.9180.08120.26910.1732-0.2018-0.8878-0.02110.36030.050.07320.75830.04630.5404-24.417617.8919-39.5906
305.61953.5404-2.99886.65080.99515.59260.1648-1.468-0.28850.36110.08940.1455-0.2271-2.2941-0.29990.4570.10240.05940.98260.12430.591-32.40414.4223-42.1897
312.716-2.76552.48713.9985-1.87892.6636-0.4204-1.21910.93080.3590.2775-0.40410.2931-0.65650.24630.3876-0.00030.05860.6454-0.1220.3988-16.22821.4862-38.1018
325.99692.8053-2.53295.1345-2.35646.8620.0904-0.6952-0.60210.7867-0.059-0.4511-0.79740.3817-0.0470.3540.1865-0.03050.8480.01630.3302-0.116513.9904-39.7867
339.7998-0.58954.06175.87541.08067.6611-0.8766-0.08341.61330.65650.5752-1.23090.44621.75830.33670.6612-0.1381-0.17691.3283-0.05180.725817.21522.2926-39.2759
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 2 through 22 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 23 through 73 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 74 through 99 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 100 through 150 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 2 through 38 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 39 through 75 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 76 through 99 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 100 through 117 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 118 through 131 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 132 through 150 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 170 through 179 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 180 through 190 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 170 through 179 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 180 through 184 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 185 through 190 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 3 through 22 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 23 through 51 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 52 through 73 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 74 through 99 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 100 through 117 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 118 through 131 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 132 through 150 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 2 through 43 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 44 through 73 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 74 through 99 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 100 through 150 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 170 through 174 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 175 through 179 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 180 through 190 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 170 through 174 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 175 through 179 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 180 through 184 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 185 through 189 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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