PDB-5waw: FcAbVance: Increasing our knowledge of antibody structural space ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5waw

タイトル

FcAbVance: Increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision-making in antibody drug discovery

要素

fAb Heavy Chain
fAb Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / fAb / AbVance project / Pistoia Alliance

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Williams, S.P. / Reid, R.A. / Convery, M.

引用

ジャーナル: Not Published
タイトル: AbVance: Increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision-making in antibody drug discovery.
著者: Williams, S.P. / Reid, R.A. / Convery, M.A.

履歴

登録	2017年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5waw.cif.gz	92 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5waw.ent.gz	73 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5waw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5waw_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5waw_full_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示
XML形式データ	5waw_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	5waw_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/5waw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/5waw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6a0x-1 5i1l-2 4m7z-1 3ejy-3 6p9i-1 6jc2-d 3cfd-1 1kem-d 1hil-2 4h20-d 6ws6-3 5ibu-1 5ibu-2 6d0x-d 6c6x-3 3cmo-1 1jgu-d 5jor-3 4ptt-d 1a4j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: fAb Light Chain

H: fAb Heavy Chain

ヘテロ分子

47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, fAb fragment of full length mAb

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.018, 58.014, 80.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 124.38, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-302- ZN
2	1	H-301- ZN

#1: 抗体	fAb Light Chain 分子量: 24089.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	fAb Heavy Chain 分子量: 22923.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1m MES pH6.5, 0.01M ZnSO4, 25% v/v PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 19210 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Χ²: 0.865 / Net I/σ(I): 20

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000	0.95	データ削減
SCALEPACK	2.2.0	データスケーリング
MOLREP	11.1.03	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→26.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 19.38 / SU ML: 0.396 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27956	1464	7.1 %	RANDOM
R_work	0.23089	-	-	-
obs	0.23431	19210	85.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.066 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.31 Å²	-0 Å²	-3.07 Å²
2-	-	15.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.25→26.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3214	0	10	47	3271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	3309
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.336	1.945	4508
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.912	3	6696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.346	5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.355	24.355	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.005	15	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.654	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	519
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.55	7.147	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.55	7.144	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.672	10.704	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.671	10.707	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.506	7.308	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.502	7.308	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.56	10.856	2352
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.895		12723
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.895		12722
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.427	94	-
R_work	0.431	952	-
obs	-	-	59.13 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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