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- PDB-5wa3: Pyridine synthase, TbtD, from thiomuracin biosynthesis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wa3
タイトルPyridine synthase, TbtD, from thiomuracin biosynthesis
要素Pyridine synthase TbtD
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / pyridine synthase / Diels-Alder / thiopeptide / thiomuracin
機能・相同性Thiopeptide-type bacteriocin biosynthesis domain / Lantibiotic biosynthesis dehydratase C-term / Thiopeptide-type bacteriocin biosynthesis domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermobispora bispora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Cogan, D.P. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into enzymatic [4+2] aza-cycloaddition in thiopeptide antibiotic biosynthesis.
著者: Cogan, D.P. / Hudson, G.A. / Zhang, Z. / Pogorelov, T.V. / van der Donk, W.A. / Mitchell, D.A. / Nair, S.K.
履歴
登録2017年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridine synthase TbtD
B: Pyridine synthase TbtD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6412
ポリマ－80,6412
非ポリマー00
水00
1
A: Pyridine synthase TbtD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3211
ポリマ－40,3211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pyridine synthase TbtD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3211
ポリマ－40,3211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Pyridine synthase TbtD
B: Pyridine synthase TbtD

A: Pyridine synthase TbtD
B: Pyridine synthase TbtD

A: Pyridine synthase TbtD
B: Pyridine synthase TbtD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,9236
ポリマ－241,9236
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area11690 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area82010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.830, 155.830, 165.239
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Pyridine synthase TbtD


分子量: 40320.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobispora bispora (バクテリア)
株: ATCC 19993 / DSM 43833 / CBS 139.67 / JCM 10125 / NBRC 14880 / R51
遺伝子: Tbis_0552 / プラスミド: pRARE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D6Y504
配列の詳細TbtD in the NCBI database: WP_050760415.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.4 M NaH2PO4, 1 M KH2PO4 pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→55.08 Å / Num. obs: 34569 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 10

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W98

5w98


解像度: 2.8→104.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 11.451 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24167 1729 5 %RANDOM
Rwork0.19748 ---
obs0.19967 32840 93.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 88.879 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→104.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4874 0 0 0 4874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0195007
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.871.956822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.179310655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8095612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.69220.453243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.01115748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4861574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021187
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.8938.8162460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.8878.8152459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.36413.1923068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.36313.1943069
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.7139.1322547
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.7129.1332548
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.13813.4973755
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.2745585
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.2735586
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 142 -
Rwork0.323 2600 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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