PDB-5w9c: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain C381S, C417S, C530S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w9c

タイトル

Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain C381S, C417S, C530S in Complex with 4-hydroxytamoxifen

要素

Estrogen receptor

キーワード

TRANSCRIPTION / Breast Cancer / Selective Estrogen Receptor Modulator

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / mammary gland branching involved in pregnancy / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / steroid hormone receptor signaling pathway / androgen metabolic process / cellular response to estrogen stimulus / mammary gland alveolus development / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / steroid binding / 14-3-3 protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / negative regulation of miRNA transcription / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / nuclear estrogen receptor binding / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / transcription coactivator binding / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.802 Å

データ登録者

Fanning, S.W. / Greene, G.W.

引用

ジャーナル: Mol. Pharmacol. / 年: 2018
タイトル: Endoxifen, 4-Hydroxytamoxifen and an Estrogenic Derivative Modulate Estrogen Receptor Complex Mediated Apoptosis in Breast Cancer.
著者: Maximov, P.Y. / Abderrahman, B. / Fanning, S.W. / Sengupta, S. / Fan, P. / Curpan, R.F. / Rincon, D.M.Q. / Greenland, J.A. / Rajan, S.S. / Greene, G.L. / Jordan, V.C.

履歴

登録	2017年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.2	2018年7月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w9c.cif.gz	377.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w9c.ent.gz	309.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/5w9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/5w9c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5t1zC 5w9dC 6cbzC 5accS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fqp-1 5fqt-1 6vjd-2 5fqv-1 5fqs-1 6wok-2 6df6-2 6pet-2 2qxs-d 6vpf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (12) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (12)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Estrogen receptor

B: Estrogen receptor

C: Estrogen receptor

D: Estrogen receptor

ヘテロ分子

115 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Estrogen receptor

B: Estrogen receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
57.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Estrogen receptor

D: Estrogen receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.308, 58.308, 276.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1 分子量: 28373.242 Da / 分子数: 4 / 変異: C381S, C417S, C530S / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物	ChemComp-OHT / 4-HYDROXYTAMOXIFEN / 4-ヒドロキシタモキシフェン分子量: 387.514 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₉NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8K, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 56362 / % possible obs: 60.3 % / 冗長度: 1.6 % / Net I/σ(I): 0.024
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / % possible all: 52.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-2000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ACC

5acc

解像度: 1.802→19.628 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	2730	4.84 %
R_work	0.1968	-	-
obs	0.199	56362	57.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.802→19.628 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7164	0	116	386	7666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7435
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.739	10057
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.929	2689
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	1199
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1235

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8022-1.8333	0.3156	55	0.2573	1242	X-RAY DIFFRACTION	26
1.8333-1.8666	0.318	75	0.2547	1608	X-RAY DIFFRACTION	35
1.8666-1.9025	0.2721	96	0.249	1982	X-RAY DIFFRACTION	43
1.9025-1.9413	0.3324	114	0.2392	2275	X-RAY DIFFRACTION	48
1.9413-1.9834	0.2791	116	0.2452	2331	X-RAY DIFFRACTION	51
1.9834-2.0295	0.3144	123	0.2274	2253	X-RAY DIFFRACTION	49
2.0295-2.0802	0.3017	105	0.2286	2281	X-RAY DIFFRACTION	48
2.0802-2.1364	0.2817	127	0.2075	2244	X-RAY DIFFRACTION	49
2.1364-2.1992	0.2455	115	0.2093	2327	X-RAY DIFFRACTION	50
2.1992-2.2701	0.24	127	0.2026	2379	X-RAY DIFFRACTION	52
2.2701-2.3511	0.2377	146	0.2061	2507	X-RAY DIFFRACTION	54
2.3511-2.4451	0.2847	143	0.2021	2734	X-RAY DIFFRACTION	59
2.4451-2.5561	0.2395	154	0.2009	2957	X-RAY DIFFRACTION	64
2.5561-2.6906	0.2387	173	0.2087	3087	X-RAY DIFFRACTION	68
2.6906-2.8587	0.2595	164	0.2113	3339	X-RAY DIFFRACTION	72
2.8587-3.0786	0.2216	181	0.1967	3494	X-RAY DIFFRACTION	75
3.0786-3.387	0.2316	174	0.1982	3575	X-RAY DIFFRACTION	78
3.387-3.8738	0.2254	172	0.174	3705	X-RAY DIFFRACTION	79
3.8738-4.8683	0.2058	197	0.1626	3710	X-RAY DIFFRACTION	81
4.8683-19.6295	0.2397	173	0.1977	3602	X-RAY DIFFRACTION	78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9231	-1.8064	0.9531	5.1058	-0.268	1.5427	-0.4112	-0.3914	0.8293	0.7498	0.1722	-0.978	-0.5342	-0.0757	0.1111	0.2779	-0.1613	-0.0944	0.1547	-0.0936	0.4685	18.427	16.3768	-18.8908
2	3.3004	0.0729	0.1261	2.9468	-0.9445	2.7613	0.1464	0.6753	-0.2706	-0.6763	-0.3191	-0.0566	0.5796	0.0695	0.1549	0.0912	0.0059	0.0545	0.3202	-0.0006	0.2431	26.1533	-8.7078	-33.2209
3	3.1806	-1.2697	-0.9347	3.5356	0.5258	2.8112	-0.245	-0.4255	-0.3729	0.0988	-0.3959	-0.0506	0.5253	0.2257	0.1509	-0.0107	-0.0027	-0.0269	0.1778	0.004	0.1626	20.9376	-7.3602	-23.8351
4	2.1278	-0.584	-0.1086	1.1192	0.1203	5.1513	-0.0245	-0.1263	0.017	0.0629	0.0319	-0.0103	-0.0118	0.1558	-0.0265	0.0668	0.0051	-0.0217	0.1204	-0.0123	0.0963	12.8928	-0.7699	-18.2013
5	2.633	-0.3845	1.9627	1.7376	0.0616	2.4003	-0.2129	-0.1211	0.2393	-0.3769	0.167	-0.2562	-0.3556	0.3963	-0.2439	0.1353	-0.0039	0.0827	0.4816	0.0644	0.1481	18.8198	-2.0126	-39.3572
6	3.3337	-0.6185	0.2381	2.5193	0.1301	2.44	-0.1576	0.569	-0.8099	-0.4673	-0.2237	0.5859	0.6106	-0.1726	0.2793	0.3209	0.0125	0.0224	0.4023	-0.1002	0.3509	14.2707	-12.3256	-41.5946
7	3.67	0.4959	-0.5815	6.7134	-0.0787	5.434	0.0763	0.3685	0.0783	-0.681	-0.4202	-0.0488	0.0082	0.2245	0.1943	0.136	0.0404	-0.0019	0.2619	0.0228	0.0797	7.9992	-1.066	-38.4827
8	2.4751	-0.3904	-0.3638	3.0315	0.6152	4.4262	-0.0361	-0.0894	0.1741	0.049	0.0423	-0.0295	-0.1021	-0.0098	-0.0955	0.1052	-0.013	-0.02	0.1011	0.0042	0.1538	8.7249	5.8788	-21.7862
9	1.9807	-0.6801	-0.0755	2.6069	-0.1504	1.8338	-0.0972	-0.2566	0.3541	0.0402	0.0997	0.0271	-0.2749	0.25	0.0227	0.2346	-0.0533	-0.0588	0.109	-0.0587	0.1734	6.7823	13.9141	-16.6021
10	2.3193	-1.2929	0.2635	6.926	-0.9428	1.3925	-0.0781	0.0606	-0.08	-0.0037	0.0299	-0.1823	-0.0456	-0.0231	0.0124	0.0847	-0.0226	0.0015	0.1443	0.0173	0.0596	3.7742	1.1001	-28.5448
11	2.4703	0.8075	0.7007	3.8123	2.1551	2.3649	-0.3603	-0.7031	-0.9377	0.5766	0.9062	-0.2367	0.6171	0.8562	-0.1405	0.6288	0.3185	-0.1336	0.5699	-0.0093	0.0601	17.2558	-11.815	-12.481
12	2.052	2.0461	-0.5831	5.4061	-0.8436	2.4067	-0.1215	0.1624	0.3806	0.127	0.2455	0.3694	-0.1783	-0.6037	-0.1592	0.1203	0.0996	-0.001	0.2844	-0.0392	0.2251	-23.0726	2.2647	-24.5042
13	3.0098	0.9756	-0.2875	1.6162	-0.039	2.3391	-0.0707	-0.0347	-0.0397	-0.016	-0.0446	0.0884	-0.0916	-0.4222	0.0654	0.0628	0.0006	-0.0073	0.1193	-0.0016	0.1195	-16.6348	-3.0854	-27.3459
14	5.8646	3.2171	-0.5768	4.6499	-0.3233	1.9655	0.3093	-0.7933	-0.7516	0.6897	-0.6468	-0.5137	0.0301	0.0427	0.1682	0.1931	-0.0127	0.0264	0.3863	0.0574	0.13	-10.353	-5.4335	-11.688
15	1.5948	1.0838	0.3874	2.9356	-0.4525	3.3011	-0.0738	0.2302	0.2985	-0.1102	0.0509	0.0995	-0.1662	-0.0177	0.0445	0.1238	0.048	-0.0378	0.1415	0.0446	0.1898	-7.6159	10.2791	-32.3158
16	2.3966	-0.1383	0.0453	1.3617	-1.5226	2.862	-0.2487	0.1342	-0.2731	-0.5276	0.4092	-0.1591	0.3024	-0.1919	-0.0974	0.1169	-0.0255	0.0046	0.1815	-0.0209	0.0716	-7.4489	-2.994	-26.8991
17	2.2041	0.8775	-1.1843	3.914	-0.2863	1.375	-0.0846	-0.0879	-0.2174	0.0189	0.0737	-0.1962	0.2946	0.3514	0.0505	0.1349	0.089	0.0197	0.1431	0.0114	0.1682	9.3018	14.2317	21.2761
18	0.5955	-0.0159	-0.0482	2.0424	-0.0018	2.7108	-0.0023	0.1282	-0.0659	-0.3122	-0.0519	0.0385	0.1034	0.1876	0.0656	0.2134	0.0592	0.0044	0.1233	-0.0002	0.1305	4.2401	21.0971	16.5206
19	1.6859	0.7907	0.4531	2.5677	-0.4375	3.386	0.0084	-0.0674	0.0041	0.1609	-0.0463	-0.3452	-0.0215	0.2409	0.0031	0.0963	0.0026	-0.0357	0.1438	0.0223	0.1485	12.9329	32.1273	26.8733
20	1.5132	-0.1603	0.5583	2.573	0.6649	2.5141	0.3056	-0.1248	-0.0718	0.511	-0.1887	0.2581	0.3147	-0.0313	-0.0452	0.1887	0.0324	-0.0194	0.1291	0.0037	0.0797	1.2913	24.636	23.2532
21	3.4931	-0.2592	0.5114	1.3956	1.1047	1.5444	0.066	-0.1129	0.1471	-0.0584	-0.1712	-0.0228	-0.5554	-0.1982	0.0472	0.2382	0.0294	-0.0352	0.1244	0.0291	0.14	-12.7745	52.0217	20.4369
22	2.1932	-1.0221	-0.5682	1.6159	0.5836	5.1191	-0.1689	-0.1994	0.0291	0.2472	0.034	0.0947	-0.1392	-0.1058	0.1262	0.114	0.0202	-0.0114	0.0747	-0.0044	0.1167	-8.9906	43.262	25.5177
23	2.8528	0.6156	-0.1716	1.7467	-0.3793	2.3724	0.0126	0.0532	0.1971	-0.2696	-0.0898	-0.2623	-0.5446	0.1031	0.0145	0.1759	-0.0294	0.0271	0.0909	0.0515	0.1787	5.3817	46.0608	14.4182
24	2.0382	-0.4834	-1.0824	1.9248	-0.7927	2.4348	-0.042	0.6187	-0.3151	-0.0289	0.0694	0.0652	-0.1813	-0.243	0.0331	0.1537	0.0507	0.0123	0.1307	-0.0232	0.0899	-5.0799	38.5965	19.8687

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 309 through 321 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 322 through 339 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 340 through 363 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 364 through 394 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 395 through 407 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 408 through 421 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 422 through 437 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 438 through 465 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 466 through 496 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 497 through 528 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 529 through 547 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 307 through 341 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 342 through 407 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 408 through 438 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 439 through 496 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 497 through 545 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 309 through 363 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 364 through 437 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 438 through 496 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 497 through 547 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 308 through 363 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 364 through 438 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 439 through 496 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 497 through 544 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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