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- PDB-5w94: Crystal structure of Scc4 in complex with Scc2n and Ctf19n -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w94
タイトルCrystal structure of Scc4 in complex with Scc2n and Ctf19n
要素
  • Ctf19n
  • MAU2 chromatid cohesion factor homolog
  • Sister chromatid cohesion protein 2
キーワードCELL CYCLE / Cohesin / kinetochore / centromere
機能・相同性
機能・相同性情報


SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / mitotic cohesin loading / 2-micrometer circle DNA / COMA complex / tRNA gene clustering / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / rDNA chromatin condensation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / establishment of protein localization to chromatin ...SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / mitotic cohesin loading / 2-micrometer circle DNA / COMA complex / tRNA gene clustering / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / rDNA chromatin condensation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / establishment of protein localization to chromatin / kinetochore binding / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / chromosome, centromeric region / protein localization to chromatin / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / double-strand break repair / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / cell division / chromatin binding / chromatin / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromatid cohesion factor MAU2 / Cohesin loading factor / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Sister chromatid cohesion C-terminal domain / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Putative AMP-binding domain signature. / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MAU2 chromatid cohesion factor homolog / Inner kinetochore subunit CTF19 / Sister chromatid cohesion protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.193 Å
データ登録者Hinshaw, S.M. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: The Kinetochore Receptor for the Cohesin Loading Complex.
著者: Hinshaw, S.M. / Makrantoni, V. / Harrison, S.C. / Marston, A.L.
履歴
登録2017年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAU2 chromatid cohesion factor homolog
B: Sister chromatid cohesion protein 2
C: MAU2 chromatid cohesion factor homolog
D: Sister chromatid cohesion protein 2
E: Ctf19n
H: Ctf19n


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,8236
ポリマ－185,8236
非ポリマー00
水00
1
A: MAU2 chromatid cohesion factor homolog
B: Sister chromatid cohesion protein 2
E: Ctf19n


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9113
ポリマ－92,9113
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area32910 Å2
手法PISA
2
C: MAU2 chromatid cohesion factor homolog
D: Sister chromatid cohesion protein 2
H: Ctf19n


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9113
ポリマ－92,9113
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12020 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area32520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.969, 172.969, 145.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 MAU2 chromatid cohesion factor homolog / Sister chromatid cohesion protein 4


分子量: 72226.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SCC4, YER147C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40090
#2: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein 2


分子量: 19810.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SCC2, YDR180W, YD9395.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04002
#3: タンパク質・ペプチド Ctf19n


分子量: 874.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02732*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 6 / 詳細: 8% PEG4000, 80 mM PIPES, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 63 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→39.94 Å / Num. obs: 40688 / % possible obs: 99.11 % / 冗長度: 10.6 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 24.37
反射 シェル最高解像度: 3.19 Å / Rsym value: 1.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4XDN

4xdn


解像度: 3.193→39.94 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 1996 4.91 %
Rwork0.2088 --
obs0.2112 40629 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.193→39.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11738 0 0 0 11738
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111962
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41616142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9574490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691813
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082030
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1927-3.27250.43411260.38172476X-RAY DIFFRACTION88
3.2725-3.36090.39091440.34312747X-RAY DIFFRACTION100
3.3609-3.45980.40191480.32442791X-RAY DIFFRACTION100
3.4598-3.57140.351390.30252746X-RAY DIFFRACTION100
3.5714-3.69890.34911450.30372790X-RAY DIFFRACTION100
3.6989-3.84690.32351410.26122764X-RAY DIFFRACTION100
3.8469-4.02180.29031410.23572792X-RAY DIFFRACTION100
4.0218-4.23370.26541440.20762756X-RAY DIFFRACTION100
4.2337-4.49860.23761480.19532764X-RAY DIFFRACTION100
4.4986-4.84540.26751400.17662801X-RAY DIFFRACTION100
4.8454-5.3320.23141410.17822769X-RAY DIFFRACTION100
5.332-6.10120.24711430.19392807X-RAY DIFFRACTION100
6.1012-7.67790.25341450.21612802X-RAY DIFFRACTION100
7.6779-39.94380.19331510.15492828X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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