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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w8e | ||||||
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タイトル | The structure of a CoA-dependent acyl-homoserine lactone synthase, BjaI, with the adduct of SAH and IV-CoA | ||||||
要素 | Autoinducer synthase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / acyl-homoserine lactone / coenzyme A / BjaI | ||||||
機能・相同性 | ADENINE / Chem-SXZ / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Dong, S.-H. / Nair, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Molecular basis for the substrate specificity of quorum signal synthases. 著者: Dong, S.H. / Frane, N.D. / Christensen, Q.H. / Greenberg, E.P. / Nagarajan, R. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5w8e.cif.gz | 65.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5w8e.ent.gz | 45.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5w8e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5w8e_validation.pdf.gz | 732.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5w8e_full_validation.pdf.gz | 735.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5w8e_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5w8e_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 25169.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 遺伝子: AF336_03940 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N0C224 |
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-非ポリマー , 5種, 218分子
#2: 化合物 | ChemComp-SXZ / ( |
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 化合物 | ChemComp-ADE / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.76 % |
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結晶化 | 温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 3.0 M sodium chloride, 0.085 M HEPES, pH 7.5, 15% v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月24日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 41676 / % possible obs: 99.15 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.8 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.937 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.632 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→25 Å
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拘束条件 |
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