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- PDB-5w7d: Murine acyloxyacyl hydrolase (AOAH), S262A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w7d
タイトルMurine acyloxyacyl hydrolase (AOAH), S262A mutant
要素Acyloxyacyl hydrolase
キーワードHYDROLASE / lipopolysaccharide / LPS / GDSL esterase / saposin
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide catabolic process / acyloxyacyl hydrolase / acyloxyacyl hydrolase activity / lipopolysaccharide metabolic process / fatty acid metabolic process / negative regulation of inflammatory response / cytoplasmic vesicle / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Saposin-like domain / Acyloxyacyl hydrolase / GDSL lipase/esterase / Saposin-like type B, region 2 / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / SGNH hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / 1,2-DISTEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / Acyloxyacyl hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the mammalian lipopolysaccharide detoxifier.
著者: Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyloxyacyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,24910
ポリマ－64,0341
非ポリマー2,2159
水11,566642
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.527, 98.590, 73.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Acyloxyacyl hydrolase


分子量: 64034.176 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 23-574 / 変異: S262A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aoah
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O35298, acyloxyacyl hydrolase

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糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 648分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PX8 / 1,2-DISTEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 703.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O8P
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.6, 15% PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 66110 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 24.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→38.703 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1815 2924 5 %
Rwork0.1524 --
obs0.1539 58482 88.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→38.703 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4218 0 143 642 5003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0326251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.42797
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007804
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.77870.3076640.24571239X-RAY DIFFRACTION41
1.7787-1.80940.2585810.23321521X-RAY DIFFRACTION51
1.8094-1.84230.2199910.22391738X-RAY DIFFRACTION59
1.8423-1.87770.25131050.2131991X-RAY DIFFRACTION67
1.8777-1.91610.24121150.20052204X-RAY DIFFRACTION75
1.9161-1.95770.23011310.19452470X-RAY DIFFRACTION83
1.9577-2.00330.21951440.17882731X-RAY DIFFRACTION92
2.0033-2.05340.20121530.18062913X-RAY DIFFRACTION98
2.0534-2.10890.1951560.17252955X-RAY DIFFRACTION100
2.1089-2.17090.20451540.16352949X-RAY DIFFRACTION100
2.1709-2.2410.19031580.15372995X-RAY DIFFRACTION100
2.241-2.32110.19821590.14082987X-RAY DIFFRACTION100
2.3211-2.4140.19061550.14222948X-RAY DIFFRACTION100
2.414-2.52380.17981540.13642986X-RAY DIFFRACTION100
2.5238-2.65690.16711590.13852967X-RAY DIFFRACTION100
2.6569-2.82330.17491550.1362976X-RAY DIFFRACTION100
2.8233-3.04120.16511570.14032976X-RAY DIFFRACTION100
3.0412-3.34710.16051580.14032989X-RAY DIFFRACTION100
3.3471-3.83110.1741580.1342998X-RAY DIFFRACTION100
3.8311-4.82530.12771570.12722976X-RAY DIFFRACTION100
4.8253-38.71280.18971600.16833049X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08190.0370.02520.21950.01060.27340.0548-0.0059-0.0680.1511-0.0328-0.19220.18830.1256-0.03840.16-0.011-0.02370.10260.00630.1109-6.078-35.1569126.067
20.0228-0.0935-0.00940.4873-0.11760.22210.11160.13440.00530.0379-0.0732-0.2286-0.01410.21710.05120.115-0.0015-0.02190.25340.04670.21013.9691-26.0165125.8106
30.44010.0216-0.07431.0423-0.28151.1340.0010.0559-0.0167-0.1363-0.0663-0.02860.07370.0346-0.0717-0.02890.01730.02490.0196-0.00260.0373-17.5101-16.6494100.6549
40.12480.0314-0.09390.63620.19340.3015-0.14110.00660.0414-0.37720.01260.3811-0.248-0.3257-0.285-0.14030.06250.06540.151-0.00450.0756-27.6249-9.6563101.4359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 99 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 176 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 177 through 487 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 488 through 574 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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