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- PDB-5w7b: Rabbit acyloxyacyl hydrolase (AOAH), proteolytically processed, S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w7b
タイトルRabbit acyloxyacyl hydrolase (AOAH), proteolytically processed, S262A mutant, with LPS
要素(Acyloxyacyl hydrolase ...) x 2
キーワードHYDROLASE / lipopolysaccharide / LPS / GDSL esterase / saposin
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide catabolic process / acyloxyacyl hydrolase / acyloxyacyl hydrolase activity / fatty acid metabolic process / cytoplasmic vesicle / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Acyloxyacyl hydrolase / GDSL lipase/esterase / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / SGNH hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / MYRISTIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Acyloxyacyl hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the mammalian lipopolysaccharide detoxifier.
著者: Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyloxyacyl hydrolase small subunit
C: Acyloxyacyl hydrolase large subunit
B: Acyloxyacyl hydrolase small subunit
D: Acyloxyacyl hydrolase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,33964
ポリマ－128,0144
非ポリマー11,32660
水8,071448
1
A: Acyloxyacyl hydrolase small subunit
C: Acyloxyacyl hydrolase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,07236
ポリマ－64,0072
非ポリマー6,06534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14290 Å2
ΔGint50 kcal/mol
Surface area23580 Å2
手法PISA
2
B: Acyloxyacyl hydrolase small subunit
D: Acyloxyacyl hydrolase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,26828
ポリマ－64,0072
非ポリマー5,26126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12140 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area23800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.522, 138.806, 89.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-867-

HOH

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要素

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Acyloxyacyl hydrolase ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Acyloxyacyl hydrolase small subunit


分子量: 16384.969 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 23-153 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: AOAH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O18823, acyloxyacyl hydrolase
#2: タンパク質 Acyloxyacyl hydrolase large subunit


分子量: 47621.781 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 154-575 / Mutation: S262A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: AOAH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O18823, acyloxyacyl hydrolase

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糖 , 4種, 8分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2- ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 560.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DKdopa2-6DGlcpNb1-6DGlcpNa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*N][a2122h-1b_1-5_2*N][Aad1122h-2a_2-6]/1-2-3/a6-b1_b6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpN]{[(6+1)][b-D-GlcpN]{[(6+2)][a-D-Kdop]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 10種, 500分子

#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 化合物
ChemComp-FTT / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / 3-HYDROXY-MYRISTIC ACID / (R)-3-ヒドロキシテトラデカン酸


分子量: 244.370 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#13: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#14: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#15: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細The authors state that the protein was treated with trypsin, and the exact cut site is unknown but ...The authors state that the protein was treated with trypsin, and the exact cut site is unknown but should be somewhere between K129 and R153.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: post-trypsin; 1 mM Triton X-100, 0.333 mM E. coli LPS Ra; 100 mM sodium MES pH 6; 34 % PEG 200; 5 % PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 106913 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / Net I/σ(I): 19.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→44.765 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2134 2713 2.03 %
Rwork0.1849 --
obs0.1855 133760 64.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8055 0 728 448 9231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98212245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9875402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93460.3497390.2821932X-RAY DIFFRACTION18
1.9346-1.97180.3163490.27222362X-RAY DIFFRACTION22
1.9718-2.0120.2902630.2542995X-RAY DIFFRACTION28
2.012-2.05580.2814760.24493767X-RAY DIFFRACTION35
2.0558-2.10360.3064950.2444485X-RAY DIFFRACTION42
2.1036-2.15620.28811040.23385139X-RAY DIFFRACTION48
2.1562-2.21450.24131140.22595480X-RAY DIFFRACTION51
2.2145-2.27970.21091250.21135832X-RAY DIFFRACTION54
2.2797-2.35320.23411210.20156138X-RAY DIFFRACTION57
2.3532-2.43730.21761370.19626465X-RAY DIFFRACTION61
2.4373-2.53490.22081360.19136957X-RAY DIFFRACTION65
2.5349-2.65030.20641600.18137632X-RAY DIFFRACTION71
2.6503-2.790.19681740.18248559X-RAY DIFFRACTION80
2.79-2.96480.2252030.19199855X-RAY DIFFRACTION92
2.9648-3.19360.21072240.176510674X-RAY DIFFRACTION100
3.1936-3.51490.20782230.171910687X-RAY DIFFRACTION100
3.5149-4.02320.20772210.160610725X-RAY DIFFRACTION100
4.0232-5.06770.19682220.155610706X-RAY DIFFRACTION100
5.0677-44.77740.19132270.205910657X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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