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万見
- PDB-5w7a: Rabbit acyloxyacyl hydrolase (AOAH), proteolytically processed, S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w7a
タイトルRabbit acyloxyacyl hydrolase (AOAH), proteolytically processed, S262A mutant, with LPS (low quality saposin domain)
要素(Acyloxyacyl hydrolase ...) x 2
キーワードHYDROLASE / lipopolysaccharide / LPS / GDSL esterase / saposin
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide catabolic process / acyloxyacyl hydrolase / acyloxyacyl hydrolase activity / fatty acid metabolic process / cytoplasmic vesicle / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Acyloxyacyl hydrolase / GDSL lipase/esterase / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / SGNH hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / PHOSPHATE ION / Acyloxyacyl hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the mammalian lipopolysaccharide detoxifier.
著者: Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyloxyacyl hydrolase small subunit
B: Acyloxyacyl hydrolase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,39410
ポリマ－64,0072
非ポリマー1,3888
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area22780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.578, 123.199, 125.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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Acyloxyacyl hydrolase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acyloxyacyl hydrolase small subunit


分子量: 16384.969 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 23-153 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: AOAH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O18823, acyloxyacyl hydrolase
#2: タンパク質 Acyloxyacyl hydrolase large subunit


分子量: 47621.781 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 154-575 / Mutation: S262A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: AOAH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O18823, acyloxyacyl hydrolase

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 117分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-FTT / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / 3-HYDROXY-MYRISTIC ACID / (R)-3-ヒドロキシテトラデカン酸


分子量: 244.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細The author states that the protein was treated with trypsin, and the exact cut site is unknown but ...The author states that the protein was treated with trypsin, and the exact cut site is unknown but should be somewhere between K129 and R153.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: post-trypsin; 1 mM Triton X-100, 0.333 mM E. coli LPS Ra; 1 M sodium citrate pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97243 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97243 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 31484 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15 % / Net I/σ(I): 45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→34.686 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2615 1530 5 %
Rwork0.2401 --
obs0.2412 30589 97.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.686 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3821 0 85 111 4017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7465439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0552386
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004694
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3002-2.37440.34161100.31072093X-RAY DIFFRACTION78
2.3744-2.45920.30551390.29572627X-RAY DIFFRACTION98
2.4592-2.55770.27791390.28062648X-RAY DIFFRACTION100
2.5577-2.6740.29311410.28062680X-RAY DIFFRACTION100
2.674-2.81490.30811410.26812674X-RAY DIFFRACTION100
2.8149-2.99120.28551410.27212684X-RAY DIFFRACTION100
2.9912-3.2220.25071420.25072686X-RAY DIFFRACTION100
3.222-3.5460.24861410.23562687X-RAY DIFFRACTION100
3.546-4.05840.26821440.21372727X-RAY DIFFRACTION100
4.0584-5.11050.20861440.20062738X-RAY DIFFRACTION100
5.1105-34.690.24621480.21462815X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2498-0.50590.29271.7982-0.23050.4814-0.53591.16340.3615-1.18630.4113-0.2617-0.01240.29450.58751.1216-0.7144-0.09861.27920.38830.406127.001644.968426.3343
24.11931.2787-0.59442.8814-0.10931.2985-0.4488-0.22320.6642-0.30180.2184-0.018-0.23960.17010.25490.2245-0.0333-0.16830.0262-0.02240.294538.596848.998360.2929
34.16581.57780.43372.37020.35332.5709-0.4999-0.18030.3109-0.31320.1859-0.011-0.1528-0.31050.18560.15950.1084-0.07960.0919-0.02120.183128.920939.931460.2763
43.8041.93510.41871.25090.5282.1896-0.5441-0.26310.6363-0.15690.16760.3364-0.309-0.59850.25120.19930.0366-0.11350.269-0.0390.280718.470339.951958.2974
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 37:127 ) OR ( CHAIN B AND RESID 169:177 )A37 - 127
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 37:127 ) OR ( CHAIN B AND RESID 169:177 )B169 - 177
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 178:305 )B178 - 305
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 306:388 )B306 - 388
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 389:575 )B389 - 575

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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