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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w6o | ||||||
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タイトル | Choline Kinase Alpha in Complex with TCD-717 | ||||||
要素 | Choline kinase alpha | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / enzyme / inhibitor / drug / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity / lipid transport / Synthesis of PC / cellular response to glucose starvation / lipid droplet / lipid metabolic process / protein tyrosine kinase activity / protein homodimerization activity / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Kall, S.K. / Lavie, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018 タイトル: Identification of a Unique Inhibitor-Binding Site on Choline Kinase alpha. 著者: Kall, S.L. / Delikatny, E.J. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5w6o.cif.gz | 163.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5w6o.ent.gz | 134.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5w6o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/5w6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/5w6o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44463.902 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 80-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHKA, CHK, CKI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P35790, choline kinase, ethanolamine kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 18% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→30 Å / Num. obs: 38250 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.88 % / Net I/σ(I): 13.35 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.35→89.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 13.012 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.832 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.35→89.54 Å
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拘束条件 |
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